1635年，各路起义军会师于河南荥阳，共13家，72营，在一起共商对敌之策。

崇祯元年七月，王嘉胤、杨六、不沾泥等在陕西府谷等地首举义旗，全陕响应。

崇祯元年至三年间，高迎祥、张献忠、李自成等先后起义，陕境共有义军100余部。千部官军边兵，因缺饷哗变，亦加入义军，并成为骨干。此时义军作战，自发性、盲目性强。明廷令三边总督杨鹤采用“剿抚兼施、以抚为主”的战略。但明廷无力养活大批饥民，已就抚者，纷纷再起。杨鹤为此入狱，洪承畴继督陕西，改用“以剿坚抚，先剿后抚”方针，集中兵力进攻陕西义军。各部义军先后东进，

崇祯四年至六年，活动中心移至山西。作战亦由极度分散，各自为战发展为相对集中，互相呼应。高迎祥、张献忠、李白成、罗汝才等部20余万人，号称36营，一度破大宁、隰州、泽州、寿阳等城。

崇祯六年冬，高迎祥等24营10余万人突破官军包围，转进至豫西楚北，以郧阳为中心，分部来往穿插于豫楚川陕之间，利用官军分兵守境，互不协同的弱点，进行游击性质的流动作战。明廷为改变“事权不一、相互观望”之被动局面，改用“集中兵力，全面围剿”方针。

崇祯七年，以陈奇瑜为五省总督，统一指挥陕晋豫川及湖广官军，由四面分进合击，企图一举尽歼各部义军。义军相继转进汉中，围剿落空。明思宗朱由检撤陈奇瑜，以洪承畴继任五省总督。当其调动官军入陕，重新组织围攻时，除李自成仍坚持流动于陕甘外，其他各部再次转进河南。洪承畴率主力出关追击。

崇祯八年初，分三路分进：一部西返陕西，一部北进山西，一部东入凤阳(参见凤阳之战)，焚毁皇陵。洪承畴军三月间至河南时，义军已大部又集中于陕西。洪承畴匆匆回军关内。李自成在宁州、真宁两歼官军，破咸阳，逼西安。高迎祥、张献忠等乘官军被牵制于陕之机，三度进入河南。明廷认识到在义军流动作战情况下，全面围剿，势难成功，又改用分区负责，重点进攻的方针。以卢象升为五省总督，专治中原；洪承畴专治西北，各自负责，相互协同。

当年冬及九年春，高迎祥、张献忠在河南连续失败，兵力损失过半，残部再返陕西。此时，李自成在兴平等地亦多次失利。明廷为加强陕西攻势，令孙传庭全力进攻汉中的高、张各部，令洪承畴专力进攻陕北的李自成等部。七月，高迎祥在整厔(今陕西周至)被俘杀，余部走归李自成。此时，清军入边，破昌平等16城，朱由检急调卢象升率军驰援，中原压力减轻。张献忠乘机复起，联合罗汝才等部20余万人，沿江东进，分散活动于蕲州、霍山一带。

崇祯十年，朱由检再命熊文灿为五省总理，并增派禁军1200人，组织新的围剿。李自成进军四川，一度破城10余座，但在十一年返陕时，在洮河一带遭洪承畴及孙传庭军袭击，败走岷州。与此同时，张献忠在南阳亦为左良五军击败，负伤退谷城。熊文灿遂改围剿为招抚。刘国能、张天琳、张献忠、罗汝才，先后降明或就抚。李自成率残部活动于川陕边境山区，农民起义陷入低潮。九月，清军两路入边，京师戒严，洪承畴、孙传庭率军入卫，西北官军减少。

崇祯十二年，张献忠、罗汝才、张天琳等先后再起，破房县、保康，在罗猴山痛歼左良玉军。朱由检杀熊文灿，派兵部尚书杨嗣昌督军进剿。十三年初，罗汝才曾在香油坪击败官军，但不久与张献忠先后败于玛瑙山及夔州，被迫转进四川。杨嗣昌率主力追击入川。李自成乘机于十一月进入河南，迅速发展为数万人。农民军首义至此时，优势官军始终处于战略进攻地位，农民军则处于反围剿、求生存的地位。各部时分时合，忽东忽西，寻找空隙及薄弱点进行袭击，以调动疲惫敌人，在有利时机，形成战役战斗上的局部优势，出其不意打击削弱敌人，在战斗中保存并发展自己。

经过13年的游击流动的作战，逐渐集中，至十三年底，汇合为以李自成、张献忠、罗汝才为首的几支农民军。在多次反复起伏的战争实践中，渐趋成熟。特别是李自成，吸取知识分子意见，开始实施“行仁义，收人心”，“据河洛，取天下”的战略。政治上实施“免粮”、“安民”、“平买平卖”政策并大力开展瓦解敌人的宣传工作，形成“民皆附贼而不附兵”的局面，军事上实施运动流动作战，开始向盲军战略要点进行机动进攻。十四年初，攻占洛阳。张、罗联军在四川大败官军于开县黄陵后，以一夜300里之速度，摆脱追击官军，于二月间返楚袭破襄阳(参见襄阳之战)，杨嗣昌畏罪自杀。罗汝才因意见不合走附李白成。张军在信阳战败，转进安徽。李自成在十四至十六年间，三攻开封(参见开封之战)，五歼官军主力，攻破襄阳，并在汝州之战中全歼孙传庭主力：破潼关，入西安，尽占秦、陇全境及晋西山区，并收编大部三边官军。此时，张献忠亦已攻下汉阳、武昌。战略形势发生质变，农民军开始转入战略进攻。十七年初，李自成在西安建立大顺政权后，即向北京进军。二月入山西，仅在宁武一战，即破太原等地。三月，大同、宣府、居席降，迫至京师城下。十七日，官军三大营先降，十八日，守城太监开门献城，十九日，破皇城，朱由检自缢，明王朝的统治终于被农民起义推翻。张献忠部亦于当年八月攻占成都，建立了大西政权。

李自成进京后，面临的形势是如何消灭明朝残余势力，其中力量最强的是盘踞在山海关的宁远总兵吴三桂。吴三桂本待归降大顺，四月初，忽闻大顺军在北京逮捕明勋戚大臣严刑追赃助饷及自身家眷被拘的消息后，击走唐通，部署防御，并向关外清军乞兵。与清军联合镇压起义军。四月，李自成亲率大军攻打吴三桂，在山海关激战(参见山海关之战)。在满汉军队联合进攻下，李自成失败，撤回北京。二十九日匆忙称帝，建国大顺，次日退出北京。李自成撤出北京后，有计划地实施战略退却，经山西平阳、韩城进入西安。

清军在清顺治元年（1644年）冬分兵两路进攻西安，次年二月潼关失守，李自成从西安经襄阳进入武昌，五月，李自成在湖北通山县南九宫山遭到地主武装袭击，壮烈牺牲。顺治三年（1646年），清军由陕南入川，攻打大西军，张献忠于次年七月撤离成都，北上与清军作战，十一月牺牲在凤凰山（今四川南溪县北）。李自成、张献忠牺牲后，农民军余部继续坚持战斗，大顺农民军分为两路，一路由郝摇旗、刘体纯等领导，活动在洞庭湖以东地区；另一路由李过、高一功领导，活动在洞庭湖以西地区。大西农民军在孙可望、李定国率领下转入川贵，坚持抗清斗争。清军集中兵力镇压义军，李过病逝，高一功、刘体纯、郝摇旗等战死，孙可望降清，李定国兵败。到顺治十五年（1658年），明末农民军余部完全失败。