长祥匿丐人舟中，入绍兴城。居数日，事益急，复遯至奉化，依平西伯朝先。朝先亦蜀人，得其助，复合众於夏盖山，晋兵部左侍郎。请合朝先之众，联络沿海，以为舟山卫。张名振忌之，袭杀朝先，长祥仅免。舟山破，亡命江、淮间，总督陈锦捕得之，安置江宁。

时金陵才女姚淑（钟山秀才）倾慕李长祥之名，私往其处论诗问艺，于是郎才女貌，一见钟情，形影不离。看守者谓长祥有所恋矣，稍事懈怠，两人即于永历十六年（1662年）逃离南京，由吴门渡秦邮，走河北，遍历宣府大同，复南下百粤。天下大定，方迁居毗陵（今江苏省常州市），筑读易台，作文赋诗，以抒情怀，高风劲节，流露其间，所作《天问阁文集》传世。吴三挂起兵，又应邀赴滇，后客死广东。

李长祥的著作除《天问阁文集》（一称《天问图集》），还有《杜诗编年》、《易经参伍错综图》及诗集等。这些著作，或存或亡，述之于下。

清代著名史学家全祖望《给传享文集·前诗郎达州李公研斋行状》就是记载李长祥的事迹。其中云；“研带李公《天问阁集》四卷，皆丙戌以后之作也。”又说这个四卷本是“杭人张君南摊，得之吴估书肆”的，这是记录《天问阁集》最早的文字。在其所著《鲒埼亭文集外编》中，用详实而生动的笔墨，大量地描述了明末的忠义之士。今读《天问阁文集》卷二《陈氏浩敕亭碑》云；“今乙酉春，史臣李长样来武进，陈氏因属之作碑”，整个集子除此一篇作于丙戌之前一年。

赵之谦云：李长祥“以文墨书生，处军旅中，几十余载，间关万里，戎马俊他，亦奇人也”（《天问阁集跋》）。傅增湘云：李长祥“智略绕魂，才带纵横，询晚明之奇杰也”《以天问阁文集跋》）。

李长祥，字研斋，达州人。崇祯癸未进士。初以诸生练乡勇助城守，后选庶吉士，吏部荐备将帅之选。或曰：“天子果用公，计安出？”叹曰：“不见孙白谷往事乎？今惟有请便宜行事，虽有金牌，亦不受进止。平贼后，囚首阙下受斧钺耳！”闻者咋舌。贼日逼，上疏请急令大臣辅太子出镇津门，以提调勤王兵。不果行，而京师溃，为贼所掠，乘间南奔。

福王立，改监察御史，巡浙盐。鲁王监国，加右佥都御史，督师西行，而江上师又溃。鲁王航海去，长祥以馀众结寨上虞之东山。时浙江诸寨林立，四出募饷，居民苦之。独长祥与张煌言、王翊三营，且屯且耕，井邑不扰。监军鄞人华夏者，为之联络布置，请引舟山之兵，连大兰诸寨，以定鄞、慈五县，因下姚江，会师曹娥，合偁山诸寨以下西陵。佥议奉长祥为盟主，刻期将集，而为降绅谢三宾所发，引兵来攻。前军张有功被执，死。中军与百夫长十二人，期以次日缚长祥为献。晨起，十二人忽自相语：“奈何杀忠臣？”折矢扣刃，偕誓而遯。

长祥匿丐人舟中，入绍兴城。居数日，事益急，复遯至奉化，依平西伯朝先。朝先亦蜀人，得其助，复合众於夏盖山，晋兵部左侍郎。请合朝先之众，联络沿海，以为舟山卫。张名振忌之，袭杀朝先，长祥仅免。舟山破，亡命江、淮间，总督陈锦捕得之，安置江宁。未几，乘守者之怠，逸去。由吴门渡秦邮，奔河北，遍历宣府、大同，复南下百粤。晚岁，始还居毗陵，筑读易堂以老