1995年3月-2001年2月在八一足球队，获得甲B联赛第2名。李鲲早期效力于八一队时，出任前锋，随后转会到厦门蓝狮，在该队效力期间，李鲲凭借出色的身体条件被主教练改造成一名出色的中后卫，2008年初厦门队解散，队员全体上榜，他被武汉光谷买进，由于武汉队在2008赛季最后阶段，退出了中超联赛，这样李鲲连同其他球员被武汉队集体挂牌。2009年加盟中甲球队安徽九方。2010年11月安徽九方宣布解散,至此他曾经效力过的四个足球俱乐部全部以解散而告终。因曾亲历过四次球队解散，李鲲也被人们冠以“解散哥”之名。

在安徽队中，李鲲成为后防线的核心，但因为脚踝受伤，他缺席了2009赛季的后半段比赛。经手术治疗后，他重新回到绿茵场上，但在本赛季与湖北队的第一场联赛开始前，他在训练中脚踝再度受伤。这次受伤，彻底让他绝望了。这个赛季，基本上没有在队中看到他的人影。