因岛村上家在南北朝时期曾经被北方的小早川家（就是后来毛利元就三子隆景入嗣家）

攻陷，但是因为小早川家在因岛上的行政苛刻，因岛村上水军趁机将其赶出了因岛。

来岛村上家因为紧邻伊予河野家，并且村上一族从前期就与河野氏保持了亲密的友好关

系，不但曾经并肩作战，还互相通婚。因此来岛村上家演变成为村上家、河野氏家臣的

双重身份。

能岛(能岛是一座夹在伯方岛、大岛之间全长731米的小岛。岛周暗礁纷布、潮流能达到时速10公里。就连最熟练的水夫也不能保证航行的安全。岛上建有城塞，与其它小岛还有桟桥相连，确实易守难攻，但也不是绝对。战国时期的村上武吉离弃毛利家后，小早川隆景曾率毛利家水军来攻。村上家以守岛的战略对峙。隆景先是将村上水军的补给岛盐饱诸岛攻陷。包围能岛后将船点火，使之顺着风向漂向能岛，因此大破村上水军)

能岛村上水军是三家中唯一保持绝对独立的。因为地处最优越的濑户内海的航路要隘，

靠收取往来船只的“帆别费”（就是买路钱），就能保证势力的稳步扩大。因此能岛村

上家成为了三岛村上水军之首。进入战国时代后，能岛村上家当主村上武吉将村上家带

到了一个史无前例的鼎盛期。其所辖折换成石高有十五万石，所能动员的兵力将近一万

人，是当时最强的水军力量。但在1578年被织田水军的铁甲船大败后，逐渐开始衰落，

以后随着秀吉、家康的禁海令的实施，村上水军终于在江户初期走到了尽头。

三岛水军的本拠地是濑户内海中部的众多岛屿，其中又以三大拠点最为有名：能岛、因岛、来岛。“三岛水军”之名由此而来，是村上水军的别名。村上水军一族据说出于清和源氏赖信流。由于在前九年之役中立下军功，村上氏被允许在伊予筑城，但是后来由于部将间的私斗事件，村上一族被流放到信浓国更级郡村上乡各地。平治之乱后，村上海贼又回到了父祖曾经居住过的地方——越智大岛，从村上定国开始直到第七代孙义弘，为前村上氏时代。南北朝时代，根据地在来岛海峡附近的安芸、伊予诸岛的村上义弘是属于南朝一方的河野氏麾下的船大将，被称为“海贼方的栋梁、河野十八家大将之一”。村上义弘于应永三年（1374年）死去，信浓村上氏的师清继承了村上氏的家脉，成为后村上氏之祖。师清卒后，义显继任家督。应永二十六年（1419年），村上义显的三子分立三家，分别以上述的三个岛屿为统治中心，长男雅房居在能岛、二男吉丰在因岛、三男吉房在来岛，是为三岛村上水军的先端。

由于濑户内海的这些岛屿土地面积狭小，土壤贫瘠，并不能够给岛民提供充分的粮食，更不用说向当地领主村上氏交纳租税。所以，村上氏便带领当地的岛民干起了名为保护实为海贼的勾当。他们在岛屿上设立私关，向过往船只征收“帆别钱”，也就是征收船只所装载货物价格的十分之一，有时甚至把部分船只所装载的货物直接没收。而濑户内海中部岛屿分布的密集程度，为他们的这一活动提供了有利条件。

村上海贼有时也为雇佣他们的船主、大名提供护航，防止其它海贼的袭扰。有时还担任探索航道、引水等工作，当然也收取一定的费用。在战争时期他们就作为“水军”参加支持的大名一方。

能岛村上一族的村上义有就曾经在上关筑城，私立关所。而上关是大内氏属下海贼的势力范围。天文二十年（1551年），大内义长向室町幕府交纳米2000石，取海路，由大内方的宇贺岛海贼（屋代岛水军）护卫准备经过上关。他们拒绝向村上义有支付帆别钱，并且使用武力手段强行通过上关。当时的能岛村上海贼当主村上武吉得知这一消息，立即在蒲刈濑户等待伏击大内船队。结果宇贺岛海贼战败，船上运载的2000石大米全部被村上武吉夺走。

村上武吉是通过内部斗争，夺取了村上义益的家督之位，当上能岛村上氏的当主。他热衷于海外贸易、海盗活动和走私，但是和其它没有改变“恶党”习气的水军武将不同，村上武吉性格沉着冷静、重视礼仪、行为端正，临战之时也勇猛果敢。

在来岛水军一方，也曾经和大内氏有过对抗。来岛村上氏的四代目当主村上通康，又叫来岛通康，他是伊予国守护河野氏的当主河野通直的女婿，因此来岛一族一直都支持河野家。在村上通康二十岁左右的时候，大约在天文九年（1540年），河野氏向西出击，在陆上与讃岐国的细川氏对抗，在海上则和周防国的大内氏作战。村上通康指挥河野氏麾下诸将，多次击退大内氏水军的进攻。因为通康战功卓越，河野通直居然想让女婿来继承河野家。但由于村上氏源自源氏，河野氏源自越智氏，两家本姓不同，因而遭到了众家臣们的强烈反对，他们进而发动政变，拥立河野氏分家的通政为次期当主，并且攻击主君通直的居城汤筑城。通直落荒逃走，到村上通康的居城来岛避难。这段历史被称为“来岛骚动”。后来，家臣们与主君达成和议，河野通直回到汤筑城。家臣推举通政为正式当主，通政改名为河野春通。可是春通在翌年突然去世，由其弟通宣继任当主。但是通宣尚且年幼，河野通直作为前代当主再度处理政务，村上通康也接受了通直之命再次奔赴战场。

毛利方和大内方的对抗在海上转变成了宇贺岛海贼和村上海贼的势力之争。弘治元年（1555年），即河野通直去世之后，安芸国的毛利氏和夺取了大内氏实权的陶氏开始了交战。水军实力较为薄弱的毛利氏向三岛村上氏发出了求援。因岛村上氏很早就已经加入了毛利氏一方，编入了小早川水军。而能岛村上氏当主村上武吉在会见了毛利氏方的使者、小早川水军武将、因岛水军首领村上吉充的家臣浦（乃美）宗胜后，表示要看来岛村上氏的意向来决定方针。作为河野氏臣下的村上通康，因为主家河野氏表示要支持毛利氏，所以自然同意了支持毛利，受到了毛利元就的恩赏。村上武吉这才答应为毛利方派遣水军。

同年十月一日，在严岛地域，毛利氏和陶氏之间爆发了著名的“严岛合战”。陶晴贤总势二万人，而毛利方只有三千五百，但是由于得到了三岛村上水军的支持，特别是村上武吉的三百只船，毛利氏掌握了制海权，最终通过奇袭战胜了陶氏。之后，河野氏和毛利氏结盟，来岛村上水军还协同毛利氏参与防长攻略战，特别是成功阻止了陶氏的傀儡当主大内义长逃亡九州。村上通康因此受到恩赏，被赐予周防大岛（屋代岛），但是村上通康也因此和能岛村上氏产生了分歧。

永禄十年（1567年），来岛村上氏当主村上通康去世，他的四子村上通总继任五代目当主。

永禄十二年（1569年），功入九州的毛利氏和大友氏在筑前国展开攻防拉锯战。村上通总协助毛利方，率领来岛村上水军参战。然而，本应同属毛利方参战的村上武吉率领的能岛村上水军突然反叛，无视毛利氏的一切命令。船队停泊在了周防国的上关。在海上孤军奋战的来岛村上水军陷入了苦战。虽然这次战斗最后有惊无险，但从此以后，村上通总和村上武吉便彻底反目成仇了。

元龟二年（1571年），毛利元就授意小早川水军、因岛水军、来岛水军包围了村上武吉的居城能岛。这时小早川大军攻灭能岛村上氏可以说是易如反掌。但是小早川隆景却只身上岛，对村上武吉进行说服。武吉大为感动，以后就对毛利氏，特别是小早川隆景忠心不二。

天正四年（1576年），受到织田信长的包围，笼城数年的摂津国石山本愿寺向毛利家发出求援。毛利氏答应了本愿寺的请求，并准备从海上输送救援物资，要求三岛村上水军为此组织八百只规模的大船队出征。能岛村上氏原本就是一向宗（浄土真宗）的热心门徒，所以爽快地答应了毛利氏的要求，出发救援石山本愿寺。虽然来岛村上氏信奉的是曹洞宗，但也服从了毛利氏的命令。

毛利水军和三岛村上水军的联合舰队在木津川口遭遇织田水军。村上水军使用焙烙、火箭等等各种火器大败织田水军，成功地将物资运入石山本愿寺。这就是“第一次木津川口海战”。织田方在战败之后开始了对村上水军的离间活动。

天正六年（1578年），毛利氏和织田氏之间的“第二次木津川口海战”爆发。但是这次海战的结局和上次完全不同，织田方九鬼水军建造的六只“铁甲船”击溃了拥有优势兵力的毛利水军。

天正十年（1582年）三月，村上通总受到羽柴秀吉的劝诱，脱离了主家河野氏。毛利氏惟恐能岛和因岛的村上氏也和来岛村上一样离反，于是和下属的两村上氏订立了良好关系维持的誓约。同时能岛、因岛、毛利氏联合军向来岛村上氏的居城和各地所领开始大举进攻，同年六月，对来岛发起了总攻击。来岛水军的村上通总处在风雨飘摇之中，他的目光投向了秀吉。通总来到京都，秀吉让他将村上姓改作以居处为姓——“来岛”。

天正十二年（1584年），织田信长死后，在内部斗争中获胜的秀吉因为和毛利氏不再继续对抗，所以他命令伞护下的来岛通总归国，回到伊予。高兴的通总在翌年秀吉的四国征伐中担当先锋，和他继承了得居家的长兄得居通之在小早川隆景的指挥下作战活跃。在灭亡了河野氏之后，来岛通总以鹿岛为居城，受领风早郡和旧领野间郡共一万四千石，其兄得居通之也领有风早郡三千石。“海贼”来岛氏终于也有了正式的名分。

然而在天正十六年（1588年），《海贼停止令》颁布，禁止各海岛私立关所、征收帆别钱。

村上武吉率领的能岛村上氏一族强烈反对这个法令，由此遭到了秀吉的憎恶，被命令自尽。秀吉在小早川隆景的一力恳求下，免去了武吉的死罪，改为放逐濑户内海的处分。武吉此后就隐居在长门国大津，开始执笔写作《村上舟战要法》。而得到正式名分的来岛通总则率领来岛水军追随秀吉，历经九州征伐和小田原征伐，转战各地，立下战功。

天正十三年（1585年）统一了日本并担任关白的丰臣（羽柴）秀吉，准备向大陆的明国出兵，制定了所谓“入唐”方针。当时朝鲜半岛的李氏朝鲜政权对明朝采取“事大主义”，丰臣秀吉要求朝鲜借道让他入侵明国，打着“假道入明”的幌子，实际上就是要吞并朝鲜，这一无理要求当然遭到了拒绝。但是，由于刚刚统一了日本全国的成果让秀吉头脑发热，他立即就组织了对大陆的侵攻，命令西国大名集合了总数为十六万人的大兵团，首先对李氏朝鲜展开了进攻。

文禄元年（1592年）四月十三日，即明朝万历二十年，日本军越过对马海峡，在朝鲜半岛东南端的釜山登陆，战斗开始。这就是日本所称的“文禄之役”，朝鲜方则称为“壬辰倭乱”。

因岛的村上吉充被转封到筑前，但他的水军还是从因岛出兵，包括在小早川氏的军团内。能岛村上氏武吉的两个儿子元吉、景亲兄弟也从福冈出兵。来岛通总和兄长得居通之指挥的七百人被编在福岛正则、户田胜隆、长宗我部元亲、蜂须贺家政、生驹亲正这些四国诸大名构成的五番队内渡海。

其他的水军，那些很早就在织丰政权下的九鬼氏、藤堂氏、胁阪氏、加藤氏水军都在一万人以上，并且指挥藤堂氏、胁阪氏、加藤氏水军的武将都任大将格。而来岛兄弟仅仅指挥了七百人的小队伍，他们的工作也只是为输送人马和兵粮担任警卫。秀吉到底还是看不起海贼出身的三岛村上氏，无视他们的能力。

同年五月七日，侵朝日军和李氏朝鲜全罗左道水军节度使李舜臣所率的水军之间爆发“玉浦海战”。日本水军以数十只舰船沉没的结局惨败。李舜臣水军的朝鲜火炮在威力上处于压倒性优势，日本水军的大筒和铁炮的威力及射程均不如对方。五月二十九日，李舜臣水军的著名军舰——“龟船”登场，给了侵略军极大的震慑，双方作战船只的火力和防护的差别不可同日而语，日本水军连续战败。

六月六日，日本船队和李舜臣水军再次遭遇。当时，日军一名乘坐大船指挥作战的衣着华丽的海贼大将，身中十余箭而亡。这就是来岛通总的兄长得居通之。由于连续遭受失败，在朝鲜京城附近转战的日本水军主力部队向釜山撤退，结果又被李舜臣军袭击。装备的差距、日本水军内部的不和，还有水军士兵的素质是他们失败的主要原因。和海上相反，陆上的日本军给李氏朝鲜军和援朝的明军以很大的压力，但是由于失去了制海权，补给跟不上，原本气势汹汹的势头也被遏制住了。文禄二年（1593年）六月，日本军和明军之间进行和谈，暂时处于休战状态。然而直到文禄三年（1594年）十月，海上的战争还在时断时续，朝鲜和明国给侵略军以军事上的压力，从而在和谈中取得优势的地位。文禄四年（1595年），来岛通总叙任从五位下出云守。

庆长二年（1597年）一月十三日，明朝万历二十五年，和谈失败，“庆长之役”开始，朝鲜称“丁酉倭乱”。来岛通总和长宗我部元亲、藤堂高虎、池田秀氏、中川秀成、菅达长编制成六番队，这次通总又率领了六百人出动。

可是在这时候，李氏朝鲜发生了内部的权力斗争，抗战的英雄、统括指挥三道水军统制使李舜臣被加以莫须有的罪名下狱。闻知朝鲜水军失去了栋梁。日本水军士气大振，之后的海战接连胜利。

同年七月，李舜臣将军终于被朝鲜的统治者官复原职，重新担任三道水军统制使。同年九月十六日，“鸣梁海战”爆发。当时，日本水军乘着海潮上涨的时机，出动三百三十只的大船队对朝鲜水军发起了攻击。在战斗过程中，海潮突然出现逆流，李舜臣水军立即利用这一绝佳的机会，用火炮重创十二只日本军船，击沉三十只，日本军大败而退。

这次战斗，日本水军大将中的一名——来岛通总中箭而亡，享年三十七岁。落入海中的来岛通总的遗体被朝鲜舰船捞了起来，朝鲜水军由于对侵略军极为憎恨，在确认了他的身份以后，对他的尸体斩砍了数刀。这次海战日本水军的失败，象征着以中心切入、接舷作战为基本战术的“海贼”时代的最终结束。在朝鲜侵略战争中，来岛水军的两名大将全部战死。

来岛通总的遗骸被要回之后，和他的兄长得居通之、父亲村上通康一样被安葬在风早郡曹洞宗的寺院大通寺。来岛氏由通总的次子康亲继承。而得居氏在通之战死后没有继承人，丰臣秀吉认为得居氏没有存在的价值，遂令来岛村上的这一分支断绝。

庆长五年（1600年），关原之战爆发。来岛氏在关原之战中原本属于西军，后来倒向了东军。然而德川家康为了报复来岛氏一时从属西军的行为，在庆长六年（1601年）将来岛氏转封到丰后国森藩，知行一万四千石。这是一片内陆土地，来岛氏作为水军从此不复存在了。能岛、因岛水军由于属于和德川方敌对的毛利辉元属下，随着辉元从中国八国被减封到只剩周防、长门二国，他们也失去了原有的领地。69岁的村上武吉追随辉元去了周防，居住在大岛和田，由于儿子元吉在关原之战中阵亡，他在三年后也郁郁而终。因岛水军的首领吉充则在庆长十三年（1608年）去世。

能岛、因岛水军作为毛利藩水军御船手组而存续，阿月的浦（乃美）景继和大岛的长崎和泉守担当组头。至此，从古时延续下来的濑户内海的三岛村上“海贼”的历史完全落幕。

能岛村上氏

村上景广（????～????）

村上隆重之子。通称八郎左卫门，别名成丰。天正三年（1575年）将军足利义昭在备后鞆期间，担任过警护任务。

村上亮康（????～????）

将军义昭滞留备后鞆之时，警护备后国的大可岛城。

村上隆重（????～????）

弘治年间修筑了备中笠冈山城，严岛合战以后，归属于小早川隆景麾下。

村上武吉（1533～1604）

村上义忠之男。大和守。伊予能岛城主。弘治元年（1555年）的严岛合战中，他率领能岛水军作为毛利方参阵。天正十年（1582年）三岛水军大三角的一角——来岛村上通总离反，以村上水军总头领自居的村上武吉，和毛利氏一同攻击来岛村上氏，使得村上一族再度团结，期间他也发挥了优良的政治才能。天正十六年（1588年），丰臣秀吉颁布了海贼禁止令，村上水军的势力激减。武吉因此与秀吉不和，在海贼禁止令颁布后被迫离开了能岛城。文禄元年（1592年）的文禄之役中随同小早川隆景渡海作战。庆长九年（1604）年死去，享年72岁。

村上元吉（????～1600）

村上武吉之子。关原之战中属于西军。和河野残党在伊予对加藤嘉明的攻击战中败死。其子村上元武后从属于毛利氏，移居周防三田尻，担任船手方。

村上义忠（1505～1535）

属于河野氏麾下，却是拥有很大自由行动权利的能岛村上一门。

因岛村上氏

村上吉房（????～????）

因岛幸崎城主，活跃于永正年间。

村上吉充（1534～1608）

村上吉尚之子。通称新藏人。“吉”来自头领能岛村上氏的头领武吉的偏讳。严岛合战时，作为三岛村上水军的因岛方协助毛利氏，吉充派遣了家臣末长景通参战。战后领有了备后向岛。还参与了毛利家防长进攻战的关门海峡封锁，以及丰前门司城攻防战。对信长的第一次木津川口海战中，因在歼灭织田水军的作战中起了很大作用而著名。

永禄十年（1567年），村上吉充移居到了因岛村上氏的最后拠点——向岛立花的余崎城，属于小早川氏的旗下。然而天正十六年（1588年）的海贼禁止令使因岛水军的势力大为衰退。关原合战后随着毛利氏退至防、长二国。进入江户时代以后，作为毛利氏的船手方而存在。

来岛村上氏

（村上）来岛通总（1561～1597）

伊予来岛城主。出云守。来岛通康的四子，来岛水军五代目。母亲是河野通直（弹正少弼）之女。

原本从属于河野氏，天正十年（1582年）被织田信长寝返，遭到能岛、因岛村上氏及毛利氏联军的围攻逃往京都，后来再度回到伊予。天正十三年（1585年）担任丰臣秀吉四国征伐的先锋，因为战功被赐予一万四千石知行，以后随秀吉转战各地。

在庆长二年（1597年）的侵朝战争庆长之役中，和兄长得居通年一同出阵，在全罗鸣梁战死。

（村上）来岛通康（1519～1567）

伊予来岛城主。出云守。河野通直（弹正少弼）的女婿。是河野水军实质上的头领，忠诚于河野氏，在许多战斗中作战活跃。原本通直想让他继承河野家，但是由于其它家臣的反对而作罢。

永禄十年（1567年）通康在汤筑城病死。他的死，是由水军力量支撑起的河野氏的重大损失。

（村上）来岛康亲（1582～1612）

伊予来岛城主。通总之子。庆长二年（1597年）父亲死后，继承了伊予一万四千石领地。

关原之战中属于西军，守备淀川河口。然而后来加入了东军。战后，被除去了原来的所领，而被转封到了丰后。

（村上）来岛吉清（????～????）

来岛通康之次子。通称彦右卫门。庆长五年（1600年）的关原之战中也属于西军，在伊势和九鬼氏作战。以后，先后出仕过黒田氏、福岛氏、纪州徳川家。

得居通年（????～1597）

伊予恵良城主。来岛通康的长子，但是继承了得居氏的家督之位。天正十三年（1585年），与弟弟来岛通总一起作为丰臣秀吉军的先锋参加侵朝战争。庆长二年（1597年），在庆长之役中也和其弟一同在全罗鸣梁战毙。

村上吉乡（????～????）

越前守。来岛氏家臣。来岛通康死后，辅佐年幼的通总。天正十一年（1583年），因为河野通直（伊予守）之命，来岛通总隠居，他被迫切腹。

村上吉継（????～????）

伊予甘崎鸟阪城主。助右卫门尉、河内守。来岛氏家臣，河野氏奉行人。来岛通康死后，他也作为老臣辅佐通总。永禄十一年（1568年），在宇都宫、西园寺、一条、长曽我部联合军的围攻下，一直坚守到援军的到来。天正十一年（1583年），因为河野通直（伊予守）之命，来岛通总隠居，他也被迫切腹。