崛河天皇时，曾经有过“左右大臣、左右大将、源氏同时相并例、未有此事”的议论，而后又有“近代公卿廿四人、源氏之人过半欤、未有如此事欤”这样的说法，可见村上源氏在室町时代之前是可以与摄关家相对抗的高门。村上源氏一直世袭源氏长者的称号，直到足利义满将源氏长者夺到足利家，才失去了这个称号。

镰仓时代之后，村上源氏改苗字为久我，并分出了诸多分家，成为堂上家最多的源氏家族。其堂上家都有：久我家、久世家、中院家、六条家、岩仓家、千种家、东久世家、梅溪家、爱宕家、植松家。并且出了北畠、赤松两个武家的著名姓氏。