1992年执导由周星驰主演的无厘头喜剧电影《审死官》。该片于1992年7月2日上映，以4988万的票房打破香港电影票房纪录，成为香港电影年度票房冠军和年度十大卖座片之一。

1993年杜琪峰推出了好莱坞类型的漫画英雄式电影《东方三侠》。同年杜琪峰还执导《东方三侠》的续集《现代豪侠传》。这部电影融合了科幻、灵异、警匪、女侠等各种元素。

1994年在为不同公司制作了大量各种不同类型的电影后，杜琪峰决定重新思考自己的导演之路。于是他休整了一年。1995年，杜琪峰执导由刘青云主演的电影《无味神探》。这部电影打破黑白对立的传统警匪模式，是杜琪峰电影生涯中重要的转折点。

1996年杜琪峰和韦家辉、游乃海等人合组了银河映像电影公司。同年他拍摄了银河映像团队的创业作《十万火急》。这部电影以消防队员的故事为主题，由杜琪峰执导并监制，并且获得了第17届香港电影金像奖最佳导演提名。

1998年杜琪峰凭借电影《真心英雄》获得了第5届香港电影评论学会大奖最佳导演奖。1999年杜琪峰执导了黑帮电影《枪火》。该片是杜琪峰导演生涯的一次突破，标志了杜氏风格的成熟。凭借这部电影杜琪峰获得了第19届香港电影金像奖、第37届台湾电影金马奖和第5届香港电影金紫荆奖最佳导演奖。

2000年杜琪峰凭借电影《暗战》获得了第19届香港电影金像奖最佳导演提名。之后杜琪峰入主中国星集团并担任营运总裁，专门负责影片的制作和发行，并联合徐克、林岭东和陈嘉上等人成立一百年电影公司。同年他还与韦家辉共同执导了爱情喜剧电影《孤男寡女》。2001年和韦家辉共同导演执导喜剧电影《钟无艳》。同年他还执导了由刘德华和反町隆史主演的动作片《全职杀手》。2002年与韦家辉共同执导由梁咏琪、金城武领衔主演的爱情片《向左走，向右走》。

2003年执导动作剧情片《PTU》，该片是杜琪峰纯粹为自己拍摄的理想电影，本人凭借该片获得第23届香港电影金像奖最佳导演奖；同年，执导由刘德华、张柏芝、张兆辉主演的《大块头有大智慧》，并获得第23届香港电影金像奖最佳导演提名。

2004年杜琪峰拍摄的《柔道龙虎榜》是一部向黑泽明致敬的作品。同年执导由任贤齐、陈慧琳、张家辉联合主演的警匪片《大事件》，杜琪峰将这部电影拍成了写实片。该片不仅参加了戛纳影展，还让杜琪峰获得第42届台湾电影金马奖最佳导演奖。

2005年杜琪峰执导了对香港黑社会进行全景式描述的写实电影《黑社会》，并凭借该片获得第25届香港电影金像奖最佳导演奖、第12届香港电影评论学会大奖最佳导演奖、第42届台湾电影金马奖最佳导演提名。

2006年执导黑帮题材的电影《放逐》。该片不仅入围第63届威尼斯国际电影节竞赛单元，还让杜琪峰获得了第12届香港电影金紫荆奖最佳导演奖、第13届香港电影评论学会大奖最佳导演奖。

2008年杜琪峰历时四年拍摄的电影《文雀》入围了第58届柏林国际电影节竞赛单元。同年担任第65届威尼斯国际电影节评委。2010年担任电影《报应》的监制，同年他还执导了都市爱情电影《单身男女》。

2011年执导由刘青云、任贤齐主演的犯罪题材的电影《夺命金》，凭借该片杜琪峰获得了第49届台湾电影金马奖最佳导演奖、第12届华语电影传媒大奖最佳导演奖、第3届中国电影导演协会年度港台导演奖；同年担任第64届戛纳国际电影节评委。

2013年7月4日，执导的电影《盲探》在内地和中国香港同步公映；同年，执导由孙红雷、古天乐领衔主演的警匪电影《毒战》，该片是其首部破亿的影片，同时该片打破了中国内地警匪电影的票房纪录。

2014年10月，凭借电影《毒战》获得了第14届华语电影传媒大奖最佳导演奖。

2015年，执导由周润发、张艾嘉、陈奕迅主演的剧情片《华丽上班族》；该片上映5天取得4300万的票房成绩。

2016年，与韦家辉联合执导魔幻大片《天师捉妖》，由巩俐、刘德华和向佐主演。

2017年，出任平遥国际电影展艺术顾问。

2018年10月，获得第2届平遥国际电影展2018卧虎藏龙东西方交流贡献荣誉奖。

2019年9月，因与电影投资方的制作合约所限，辞去第56届台湾电影金马奖评审主席工作。

2023年2月1日消息，将出任第73届柏林电影节主竞赛单元评委。

2024年8月2日，新浪电影讯，担任第37届东京国际电影节主竞赛单元评审。

1978年，杜琪峰与黄宝玲结婚，他的妻子很少在公共场合露面，两人并未育有子女。

2015年4月23日，杜琪峰亮相第五届北京国际电影节闭幕式。

杜琪峰是香港为数不多认真拍电影的导演之一。他的创作是一以贯之的，大的来说就是黑色、暴力、动静、宿命。人们喜欢、欣赏杜琪峰电影，除了他的黑色哲学、简约手法和对暴力诠释的审美态度以外，最重要的是因为他的电影总能够给予观众视觉以外的男性感喟。杜琪峰的电影里最让人侧目的是《枪火》。这部电影不但大胆突破了黑帮江湖电影的局限，同时也奠定了“杜氏美学”的基础（《南都娱乐周刊》评）。

杜琪峰是一个电影风格很明显的导演，并且偏向黑色电影。杜琪峰和银河创作组的关系也密不可分。他和韦家辉合作的作品都很经典。韦家辉不与杜琪峰合作的作品却很乱，说明了杜琪峰有严格的掌控力。他的创作组给予了故事更多的内涵、情节转折。杜琪峰有工匠的一面，也有自我掌控和创作的一面（崔汀评）。

通过多部电影的拍摄，杜琪峰形成了他所特有的杜氏格调：细腻而充满张力的动作场景，设计精巧却水到渠成的故事桥段，老道稳健的正统风味和奇峰迭起的鲜明影像（腾讯网评）。

杜琪峰的电影纯正而多变、硬朗且细腻，他执导的一百部电影有一百种“香港制造”的标签：《阿郎》的温情是英雄末路时的眉间苍凉，《枪火》的冷峻带着子弹出膛的灼热金属味，《黑社会》的阴冷是史诗般的浓墨重彩；还有疏朗洒脱的《暗战》、沉郁含蓄的《PTU》等等（腾讯网评）。

杜琪峰在故事创作以及气氛营造上的坚持不仅为他的作品赢得了不错的口碑和票房，更让他成功地继吴宇森之后在20世纪90年代开启了香港黑帮电影的崭新一页，形成了一个杜式独有的金字招牌。拍完《黑社会1》和《黑社会2》之后的杜琪峰俨然进入了一种总结回溯的状态。这两部片子不仅是对他个人多年江湖情意结的一次回顾，更是对整个香港黑帮发展历程的一次全面大起底。在《黑社会2》中，杜琪峰明显是跳到了一个更广博的社会历史角度去推进故事的发展，在对香港人处于现实状态下的心态描摹上更达到了一种露骨的真实（搜狐网评）。。

杜琪峰是一个睿智的人，有的人觉得他非常严厉，但是他在生活当中是一个非常和善的人（郭涛评）。

杜琪峰外冷内热，细心柔软。他很在乎每个演员的感受，也对朋友兄弟特别仗义，无论作品还是现实里都很有“大哥风范”。他对电影是痴狂热爱的，戏品如人品，他的电影也大多是重情重义的（李冰冰评）。