此后草堂屡兴屡废，其中最大的两次重修，明弘治十三年（1500）和清嘉庆十六年（1811），基本上奠定了今日草堂的规模和布局。

明末，张献忠农民起义军入川，草堂毁于兵火。

清代，康熙、雍正、乾隆、嘉庆朝均对成都草堂进行了重建和修缮。

民国后期，地方军阀混战，草堂成为军队马厩和伤病者医疗的病院，这段时期对杜甫草堂的破坏很大，祠宇门窗、亭台水榭均被拆毁，所悬挂楹联匾额损失殆尽，多被官兵取下当柴禾烧了；工部祠内的杜甫塑像遭到风吹雨淋，不得已，草堂寺的僧人给雕像戴上斗笠。

1952年，杜甫草堂又经全面整修后，正式对外开放。

1955年，成立杜甫纪念馆。

1958年3月7日，毛泽东在参加成都会议的闲暇时间，参观了杜甫草堂。

1959年，由李劼人主持过杜甫草堂的大规模修建，当时他是成都主管文化的副市长，为修建杜甫草堂组织了一个筹委会，成员多为文化名流，博学鸿儒；修缮主旨为“注重杜甫的人民性，不能将草堂修得富丽堂皇，雕梁画栋，要突出建筑的古朴和园林的幽静之美”。

1961年3月，被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位。

1984年，更名为杜甫草堂博物馆。

1985年5月，成立杜甫草堂博物馆。

1997年2月，政府又拔出专款，借鉴川西民居的特点，重建了杜甫的茅屋。

1999年，建成“杜诗书法木刻廊”，陈列着百余件杜诗书法木刻作品。

2005年，重建“万佛楼”，复原了历史文化名城成都“东有崇丽阁，西有万佛楼”之风貌；成为杜甫草堂又一标志性建筑。

2006年12月，博物馆被国家旅游局评为国家AAAA级旅游景区。

2008年5月，博物馆被国家文物局评为首批国家一级博物馆。

2019年4月，与成都武侯祠博物馆等8家单位联合发起西南旅游景区联盟。

成都杜甫草堂博物馆内珍藏有各类资料3万余册，文物2000余件。包括宋、元、明、清历代杜诗精刻本、影印本、手抄本以及近代的各种铅印本，还有15种文字的外译本和朝鲜、日本出版的汉刻本120多种，是有关杜甫平生创作馆藏最丰富、保存最完好的地方。杜甫草堂收藏的“杜甫诗意画”在中国画坛成为一个专题画类，全国各大博物馆多有收藏。现代大家齐白石、徐悲鸿、傅抱石、潘天寿、刘海粟、吴作人、李苦禅、王雪涛等也多以杜诗画意为题材创作出风格各异的精品。

成都杜甫草堂因诗名扬天下，借诗圣而后世流芳。

2001年，成都杜甫草堂博物馆在铺设地下管道施工中，分别在草堂正门西侧和工部祠东北面发现唐代灰炕和唐代民居遗址，出土了大量陶瓷器皿，建筑构件以及墙基、水井、水沟、灶台等民居遗存。它们的年代与杜甫在成都生活的时期很接近。杜甫草堂唐代遗址是成都平原最重要的唐代文化遗存之一，它展现了唐代成都地区的社会生活风貌，印证了杜甫对其居住环境及其生活情景的描写，为杜甫草堂的历史沿革提供了实物佐证。

成都杜甫草堂博物馆在宋元明清历代都有修葺扩建，已演变成一处集纪念祠堂格局和诗人旧居风貌为一体，建筑古朴典雅、园林清幽秀丽的著名文化圣地。草堂完整保留着清代嘉庆重建时的格局，总面积近300亩。园林是非常独特的“混合式”中国古典园林。

博物馆按功能区分为：文物景点游览区（草堂旧址）、园林景点游览区（梅园）和服务区（草堂寺）。草堂旧址内，照壁、正门、大廨、诗史堂、柴门、工部祠排列在一条中轴线上，两旁配以对称的回廊与其它附属建筑，其间有流水萦回，小桥勾连，竹树掩映，显得既庄严肃穆、古朴典雅而又幽深静谧、秀丽清朗。工部祠东侧是“少陵草堂”碑亭，象征着杜甫的茅屋，已成为杜甫草堂的标志性景点和成都的著名景观。

成都杜甫草堂博物馆核心文物区内，有照壁、正门、大廨、诗史堂、柴门、工部祠等景点。

“草堂人日”活动是每年农历正月初七在成都杜甫草堂博物馆举行的文化活动。“人日游草堂”是成都市民春节期间的重要风俗，每年“人日”，人们来杜甫草堂凭吊诗圣、吟唱诗歌、赏梅祈福。

人日源于杜甫的好友高适于公元761年的人日题诗《人日寄杜二拾遗》寄赠杜甫，表达对朋友的思念。公元770年，飘泊于湖湘的杜甫一天偶翻书帙，重读高适这首诗时，高适早已亡故，睹物伤情，遂写下《追酬故高蜀州人日见寄》一诗，以寄托哀思。从此，高杜人日唱和的故事便传为诗坛佳话。

“锦水春风公占却，草堂人日我归来”。清咸丰年间，时任四川学政的何绍基在果州（南充）返成都的途中拟成以上对联。他熟知高杜人日唱和的典故，抵蓉后特宿于郊外，等到初七人日这天，才进草堂题就此联。此联一出，文人墨客竞相效仿，于每年人日云集草堂，挥毫吟诗，凭吊诗圣。此后便成为成都人高品味的文化生活。辛亥革命以后，此俗渐衰，直到1992年，杜甫草堂博物馆为弘扬民族优秀传统文化，首倡恢复“草堂人日”活动。

成都杜甫草堂博物馆每年春节举办梅展。梅花展突出杜诗梅艺，采取主题统一，基调以梅花、贴梗海棠为主，配以各种四川传统花木玉兰、茶花杜鹃和时令花卉等分点布景，烘托传统园林景点，并结合杜诗咏梅之意境，主次结合，达到万树花开、斑斓相间的效果，使整个草堂满园百花争艳、万树花开，一片春天的色彩。

荷花艺术展源自杜甫描写荷花的诗句——“风含翠筱娟娟净,雨裛红蕖冉冉香。”草堂荷花历史悠久，为更好地再现杜甫笔下的诗情画意，草堂人凿池引水，养鱼植荷，使草堂荷花成为一道亮丽风景。为很好地延续这种传统，宣传草堂的园林特色，杜甫草堂将在每年夏季举办一届荷花艺术展，将此作为一个重要的花卉展览活动，以吸引更多的游客前来草堂参观游玩。

杜甫在《月夜忆舍弟》中写到：“露从今夜白，月是故乡明。”；《月夜》一诗中写道：“今夜鄜州月，闺中只独看。”表达了他在月夜对亲人的思念和盼望，诗意委婉曲折，字字感人。同时，诗圣杜甫乃琴中雅士，诗琴结缘，古往今来历代诗歌圣贤无不具有“诗增琴趣，琴催诗文”的风雅情怀。正是诗人这种琴趣给我们留下了万世留芳、旷世绝响的诗歌文化瑰宝。“嗜酒益疏放，弹琴视天壤”、“风波空远涉，琴瑟几虚张。渥水出骐骥，昆山生凤凰。”……这些都是杜甫当年在美妙的琴声中所吟咏的诗句。

中秋“草堂听琴”活动于2007年开始每年举办，活动以古琴演奏为主线，诗歌的清雅唱和为特色，展示草堂赋予古琴音韵丰厚的文化内涵，让来宾在佳音绕梁、风雅古韵的环境里，静心体会到走进草堂安宁的意蕴。

“走近诗圣·品悟草堂”博客征文大赛是杜甫草堂博物馆利用新媒体弘扬中华民族优秀文化传统的一次新的尝试，大赛自2009年5月18日开赛以来，至2010年2月1日止，历时 9个多月，分成四个赛段和总决赛，大赛官方网站浏览量达到21万多人次，注册人数3000余人，四个阶段共计收到博文180余篇，其中不乏美文精诗。博客大赛颁奖项目有24 个，门类齐全，既有分阶段奖，又有总评奖；既有文学分类奖，又有图片奖，还有博客美观奖和移动博客奖，每一赛段分设一二三等奖及优胜奖。

成都杜甫草堂博物馆藏品文物保护，先后被授予“国家一级博物馆”“全国古籍重点保护单位”称号，以及“可移动文物技术保护设计乙级资质”和“可移动文物修复二级资质”。与四川省图书馆合作，成立了古籍联合修复室，开展了四川省国家级古籍修复中心的申报工作。除修复本馆藏品外，已展开馆外文物的修复工作。建立藏品数据库，于2008年被成都市文化局评为“2007年文物调查及数据库管理系统建设工作先进单位”。完成诗史堂、柴门、杜陵春、塔院等文物建筑灾后维修工作；万卷楼文物库房维修和新库房土建工程已完成。重视古树名木保护，馆区部分古楠已连续多年开花结籽，并成活了部分实生苗，且具有自繁能力。

成都杜甫草堂博物馆于2010年推出了“博物馆馆藏传世书画名迹高仿真精品展”，对海峡两岸9家文博单位和艺术机构近百件高仿真馆藏书画精品进行集中展览和销售。2010年开始筹划长期举办馆藏文物精品陈列。

成都杜甫草堂博物馆通过精品陈列、图书专著、专题纪念日、主题文化活动等多种方式向社会大众展示文化成果，并结合博物馆免费开放制度造福大众。2008年至2015年，杜甫草堂博物馆累计免费接待观众245万人次，年均免费接待60余万人次，产生了显著的社会效益。

到达成都杜甫草堂博物馆的城市公交线路众多，有19路、35路、58路、82路、151路、165路、170路、309路、319路。博物馆还具有自己的旅游专线，分别是杜甫草堂—武侯祠、杜甫草堂—金沙遗址、杜甫草堂—永陵。

2020年3月，为感谢全国医护人员的坚守奉献，博物馆对抗疫一线医护人员及其家属实行年内免费。