1901年，入淡水北新庄车埕书房启蒙，老师为长兄杜生财；

1909年，第一名毕业于沪尾公学校，获台北厅长优等赏。以高分考取台湾总督府医学校，因体检丙下，险被拒入学；

1911年，与医学校同学翁俊明、苏樵山、曾庆福、蒋渭水、等常至和尚洲（芦洲）秘密集会，讨论中国时局，并募款寄往大陆，作为革命经费。和蒋渭水等人在公园口设一店铺“东瀛商会”，贩卖文具、图书、杂货；

1913年，与翁俊明携带细菌潜赴北京，策划暗杀袁世凯，但徒劳无功；

1914年，以第一名毕业于医学校，任台湾总督府研究所雇员，研究细菌学；

1915年，赴日本京都帝国大学医科大学，研究内科学；

1920年，受聘总督府医学校讲师；

1921年，任医学校助教授兼总督府中央研究所技师，叙高等官七等；

1922年4月1日，升任医学院教授。五月二十日，与林双随结婚。十二月十六日京都帝国大学授医学博士学位；

1925年12月，受命为台湾总督府在外研究员，派遣往美、加、英、德、义六国进修；

1929年，升叙高等官四等。四月受台湾总督府专卖局嘱托，研究鸦片烟膏及鸦片副产物的性质及反应等实验研究。六月前往朝鲜、东北及上海调查毒瘾除瘾问题。八月向台湾总督府题出“鸦片瘾者矫正治疗医院设置建议书”年底，任总督府警务局嘱托，领导从事鸦片瘾矫正治疗；

1930年1月15日，“台湾总督府台北更生院”成立，出任医局长。纠合施江南、朱江淮、王超英、杨庆丰等留日研习理工、医科人员成立台湾理工学会；

1937年2月6日，受任为台北帝国大学教授，担任药理学讲座。七月一日升叙高等官二等。八月，因对鸦片瘾及慢性Morphine类慢性中毒的统计及实验研究，获日本学术协会赏。九月叙五等瑞宝勋章；

1944年，出版《药理学概要》。八月十五日往上海主持爱女淑纯与林衡道结婚典礼。

1945年4月1日，受命台湾总督府评议会员。十一月被派令台湾省戒烟所所长。十二月，被聘为台大医学院院长；兼附属医院主任及热带医学研究所所长；

1946年2月9日，被推选为台湾医学会会长四月当选为台湾省科学振兴会理事长七月当选台湾医学会会长九月六日当选为国民参政会会员；

1947年3月1日，任“二二八事件处理委员会”委员。四月，担任台湾省政府委员；

1948年12月7日，受托为台湾大学代理校长至次年1月19日止；

1953年7月31日，卸任台湾大学医学院院长职务；

1954年，卸省府职务；七月创办私立高雄医学院，当任该校院长；

1967年，受教育部派遣，考察日本及欧美医学教育。3月30日被推举为第六届亚细亚及大洋洲医学师会连合总会会长。“杜聪明奖学金委员会”成立。

1968年，妻林双随去世。12月15日，日本天皇赠二等瑞宝勋章；

1972年，著《杜思牧家言》《杜聪明言论集》第三集出版；

1973年8月，《回忆录》出版，由杜聪明博士奖学基金管理委员会出版；

1977年8月，出版《杜聪明言论集》第四集；

1983年，《杜聪明言论集》第五集出版；

1986年2月25日病逝，终年93岁。

杜聪明一生动敏好学，早年投身民主革命，后以一农村青年跻身日本帝国学术殿堂，成为台湾医界泰斗，已属不凡；更以所学回馈台湾社会，实为台湾人知识分子的典范，足以为有志向学之淡水青年的最佳榜样。

“药学至上，研究第一”是杜聪明一生的座右铭。著有《药理学教室论文集》、《杜聪明言论集》、《中西医学史略》等。