骑士团从东方退出时，被邀请进驻波兰，于是条顿骑士团在波兰西北部维斯杜拉河的索伦(或译托伦)建立基地。1233年，骑士团开始向东邻信奉异教的普鲁士扩张，并实行半个世纪的征服行动。暗中为建立一个独立的日耳曼教会国家而忙碌。骑士团的迅速扩展使波兰感到威胁，转而鼓动普鲁士暴乱，以牵制和削弱骑上团。骑士团依靠波希米亚、勃兰登堡和哈布斯堡等统治者的援助，实行征讨，形成长达10年的战乱。在1261—1283年间，骑士团消灭了当地大批普鲁士人，发展至涅曼河流域，顺利实现基督教化，建立了对普鲁士的牢固统治。