1998年1月，晋升为中国矿业大学（北京）教授。

1998年1月—2000年11月，担任中国矿业大学（北京）党委常委、党委组织部长兼统战部长。

1999年1月，担任中国矿业大学（北京）现代爆破技术应用研究所所长。

2000年3月—2000年6月，在国家高级教育行政学院中青干部培训班学习。

2000年11月—2003年5月，担任中国矿业大学（北京）校长助理、党委常委、党委组织部长兼统战部长。

2003年5月—2008年3月，担任中国矿业大学（北京）党委常委、副校长。

2008年3月—2014年1月，担任中国矿业大学（北京）党委书记。

2014年1月，担任中国矿业大学（北京）校长。

2017年4月，担任中国矿业大学（北京）校长、党委副书记。

2018年7月，担任北京科技大学校长、党委副书记。

杨仁树持续开展了岩石爆破基础理论和应用技术研究，研发出研究岩石爆破机理新的实验方法，揭示了爆炸应力波与裂纹相互作用机理、爆炸应力波与爆生气体对岩石的不同破坏作用规律；开发出定向断裂控制爆破、深孔掏槽爆破和爆破振动控制技术；解决了钻爆法施工中“周边成型差、炮孔利用率低、围岩损伤严重”等关键技术难题，实现了岩石井巷安全、高效、精细化控制爆破。

截至2018年10月，杨仁树先后出版著作4部，在中国国内外学术期刊上发表论文130篇，其中SCI、EI收录81篇。

截至2018年10月，杨仁树先后主持和承担了70多项科研项目，其中包括：国家重点研发计划、国家“十一五”科技支撑计划、国家863计划目标导向项目、教育部“跨世纪人才培养计划”、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目、高等学校博士学科点专项科研基金及多项校企合作项目。

截至2018年10月，杨仁树先后获得国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖2项、省部级技术发明/科技进步一等奖10余项。获授权国家发明专利36件。

杨仁树担任中国矿业大学（北京）校长期间，中国矿业大学（北京）研究决定从2016级本科生开始，全面实施本科生全程导师制，将“全程导师制”作为“十三五”期间深化本科教育综合改革一项系统工程推进实施。下面围绕“全程导师制”的三大核心问题，即什么是本科生全程导师制、为什么要实施、以及如何实施好，他有自己的看法。他认为：本科生导师制就其实质而言是一种以人才培养为根本出发点的卓越的教学方式，须在准确把握导师制精髓实质的基础上，结合校情来理解和定位“全程导师制”，即贯彻学校精英教育教学理念，结合培养高素质创新人才目标定位，融合办学优势，塑造有学校特色的“全程导师制”。

杨仁树谈到，本科教育是青年学生成长成才的关键阶段，以本为本是世界高等教育发展的共识和趋势。北京科技大学实施本科生全程导师制，坚持全过程、全覆盖的原则，构建起“导师主导、授课教师主教、班主任和辅导员辅助、研究生协助、高年级本科生参与”的“六位一体”的本科生全程导师制组织模式，协同“三助一辅”机制，实现了教书与育人、教学与科研、本科教育与研究生教育的有机融合，形成了立体、多圈层育人氛围。

杨仁树同志政治过硬，大局意识强，思维敏捷，视野开阔，领导经验丰富，熟悉高校运行规律，工作有思路、有魄力、有担当，作风务实，为人正派，团结同志，廉洁自律。（时任教育部副部长朱之文评）

杨仁树同志长期担任高校主要领导职务，熟悉高等教育教学规律，组织领导能力强，管理经验丰富，工作魄力大。（时任北京市委教育工委副书记、市人民政府教育督导室主任唐立军评）