1870年(同治九年) 中举人。以祖荫得知县，历官内阁中书、户部员外郎、总理衙门章京。八国联军侵入北京后，杨保彝在肥城花园（现名杨家花园）筑眉园，退隐蛰居，居于陶南山庄。复出任山东通志局会纂，兼任山东优级师范学堂教务长。“海源阁”藏书楼，收藏有20多万卷图书。继祖、父之业，使海源阁所藏古籍、金石、书画更加宏富。晚年将其所藏禀报地方政府备案，意在“勿为子孙毁弃”。编纂《海源阁书目》6册，著录四部书共3 336种，208 300余卷；有《海源阁宋元秘本书目》4卷，分经、史、子、集4部分，共书464种，计11328卷。还编著《海源阁金石书画目录》5册。

藏书印有“保彝私印”、“陶南布衣”、“归瓻斋”、“聊城杨氏三世守藏”、“眉园”、“杨保彝藏本”、“陶南山馆”、“传家清白昔无恧”、“杨氏伯子”、“四陶居”、“聊城杨保彝鉴藏印”、“先都御史公遗藏金石书画印”、“海源残阁”等。卒后，由继子杨敬夫所管，因战乱，损失大半，所余残编，归山东济南图书馆、天津图书馆、河南新乡市图书馆等。著《归瓻斋诗词抄》。