1955年，任四川省农业厅厅长兼四川省农业科学院院长。

1956年，加入中国共产党。

1962年，兼任四川农学院（现四川农业大学）院长；同年农业部批准他在四川农学院建立数量遗传实验室，由他兼任室主任，他呼吁高等学校发扬学科比较齐全的优势，逐步把数量遗传学研究普及应用于各种作物和动物育种之中。

1963年，被评为一级教授。

1970年8月，在新育成的品种正准备鉴定验收之际，杨允奎积劳成疾突发急病住院，在病榻上杨允奎一再叮嘱：“要好好管理，我病好后去收获考种。”9月14日，杨允奎因病在成都逝世，骨灰安放在磨盘山烈士陵园。

1978年，中国共产党第十一届中央委员会第三次全体会议后，组织上治他平反昭雪，骨灰进入成都烈士陵园。

1936年，杨允奎在主持四川省稻麦改进所工作期间，开展了遗传育种研究。他根据1935年返川后的实际考察，发表了《四川省稻麦改进之途径》的文章。此后，在全国稻麦改进所资助下，在四川盆地组织了大规模的水稻地方品种资源普查，根据52个县的普查结果，汇编成《四川水稻品种检定调查初步报告》，分上、中、下三篇。与此同时还对小麦、玉米、豌豆、油菜等大田作物的地方品种进行了调查研究。1938年在其学生、助手张连桂的合作下，撰写了《玉蜀黍农家品种改良及推广纲要之刍议》一文，论述了四川玉米农家品种适应性及其利用前景，并提出适应当时盆地间、套、连作的育种目标，即早熟、大粒和抗倒伏。这些基本情况的调查为后来开展玉米育种和栽培研究奠定了基础。

杨允奎注意引进国外优良品种的研究与应用。1936年，他从美国农业部B·Y·莫里森（Morrison）教授那里得到一批原产路易斯安那州、得克萨斯州的优良玉米品种，如“可利”（Creole）“得克西”（Dexi）等；1944年6月，美国先锋种子公司创建人、美国副总统华莱士访华时，送给他一批玉米育种材料。这些引进品种或种质都在其后的玉米育种中发挥了作用。1941年秋，杨允奎应聘到国立四川大学农学院任教后，就有计划地开展了小麦、玉米、豌豆的遗传育种研究。他从调查农民生产经验中得出，四川盆地内旱地间、套、连作多熟制是具有现实意义的种植制度。同时了解到以小农经济为主体、贫穷落后的农村社会经济技术条件，限制了某些先进技术的推广。以玉米品种改良而论，当时欧美已在广泛推广效益高的双交种，但他从当时四川农村实际出发，认为在农民贫困、缺乏技术人员、没有健全的良种繁育推广系统的条件下，配制综合杂交种比双交种更有实用价值。因为综合种可由农民自行留种，不需要技术人员辅导制种。此外，他考虑到川中丘陵区实行间套作多熟制需要早熟丰产品种，便以“201”自交系（江油玉米/可用的杂种后代选育而成）为母本，用来自川中丘陵区地方品种自交分离或地方品种间杂交后代或地方品种与引进种“可利”杂交后代选育的9个优良自交系为父本，进行混合授粉，育成了秋玉米综合杂交种“川大201”。该品种在成都东郊种植，春播生育期94天，秋播84天，其单产分别比当地主栽品种增产19%和40%。

杨允奎重视开展与育种实践密切有关的理论研究。他认为，没有理论指导的盲目实践固然不可取，而脱离实际的理论研究更易使人误入歧途。只有两者紧密结合才有利于提高育种理论水平和育种效率。他结合玉米、小麦、豌豆育种工作开展一些性状遗传研究，发表了《玉米杂种优势涉及株高与雌花期之研究》（载于美国《农艺学杂志》上）等多篇有影响的论文。同时杂交育成小麦新品种“川大101”、豌豆新品种“川大红花豌”（又称红早豌），建国前已在成都市郊推广。此外，他还从地方豌豆品种“资中大白豌”中纯系选育成“川大无须豌”。这些早期成果，对中国相对薄弱的豌豆育种来说，都是可贵的史料。

他的博士学位论文《甜玉米伪淀粉与玉米生长势之关系》就是以玉米为研究材料。1949年在四川大学农艺系任教时，他已育成一批早、中熟自交系，并且合成了早熟综合杂交种“川大201”。50年代中期又选育出多果穗的优良自交系“可36”（可利品种自交分离系）、“D0039”（得克西品种与川中地方品种杂种后代分离系）等，并利用这批自交系配制成顶交种“金可”（金皇后/可36）、“门可”（门福5号/可36）等，在川西北丘陵山区推广，获得大面积增产，第一次在四川省开创了利用顶交种生产玉米的新局面。

1958年杨允奎从“美国13”（U·S·13）杂种后代中发现少数分离不育株。杨允奎以优良自交系“可36”、“金57”，“门—5—2”等为父本进行测交，至1961年秋，终于实现了“三系”配套。他的办法是一年种两季，连续选株回交，结果在回交4代中获得不育性稳定的不育系“可36甲”、“金57甲”等，并发现了强恢复力的自交系“0—14”。1962年春，他在国内首先报道了《利用玉米雄性不育特性制造杂种的研究》结果。在1958—1962年期间，他和助手们以5年种10季的加速度，完成了利用雄性不育系配制杂交种所必需的基本研究，为中国玉米生产上利用该项技术迈出了可贵的第一步。同时在理论上揭示：“雄性不育的特性，不仅受细胞质的影响，而且受细胞核与细胞质间的相互影响，视个体整个遗传组成的不同而有差别，这些差别又因玉米生长发育的环境条件不同而再有相异的表现”、“雄性不育与恢复特性的遗传方式，呈“剂量效应的现象”。

1962年，杨允奎为检验前一阶段所获的研究结果，他继续开展了玉米自交系选育和双交种、三交种的组配工作。在1963—1966年这一短暂的时间里取得了比较丰富的结果。他指出：果穗数、百粒重没有显著的杂种优势，而产量、株高、果穗长在杂交组合中呈显著优势的颇多，抽丝期也呈现有杂种优势；杂种优势值因年度不同而有差异，在同年度内也因播种迟早而异，早春播较晚夏播者为大。就其涉及的各种遗传因素效应值而论，显性效应最大，居首位，次为上位性效应，再次为加性效应；在年度间，前两者又较后者变异大。可见玉米杂种优势是比较复杂的遗传现象，其构成分量有多种而不是单一的。在这段时间里，他利用从马里共和国引进的早熟、矮秆、大穗品种进行自交分离，育成了极早熟的自交系“马里1”、“马里2”、“马里3”，并组配了四川省首批双交、三交杂种，如“双交1号”，“双交4号”、“双交7号”、“矮双苞”、“矮三交”等，在雅安、温江、乐山地区的山区县大面积推广，发挥了显著增产效果。他又一次为四川省玉米生产上大面积使用双交种、三交种打开了局面。

专著遗稿：《数量遗传与育种》

讲义：《玉米制种》《遗传原理述要》

杨允奎.甜玉米伪淀粉与玉米生长势之关系（英文）[C].哥伦布市:美国俄亥俄州立大学出版社,1933.

杨允奎.对于离均差法新公式之建议[J].河北农学院学报,1935.

杨允奎.简阳甘蔗及糖业调查（一、二、三）[J].国立四川大学周报,1936,(4):21-24.

杨允奎.四川稻麦改进之途径[J].四川省建设厅,1937.

杨允奎.玉蜀黍农家品种改良及推广纲要之刍议[J].中华农学会21届年会宣读论文,1938.

杨允奎.杂种优势各家臆说[J].四川大学农学院新农林,1942.

杨允奎.小麦杂种性状之遗传研究[J].四川大学农学院新农林,1945.

杨允奎.杨（开渠）先生任教十周年[N].中央日报,1946-5(26).

杨允奎.川大玉米试验报告——综合品种之育成[J].四川大学农学季刊,1949.

杨允奎.应用间接法测算遗传中之交换值[J].中华农学会报,1949.

杨允奎.玉米杂种优势涉及株高与雌花期之研究（英文）[J].美国农艺学杂志,1949.

杨允奎.豌豆开花习性的研究[J].农业学报,1950.

杨允奎.几年来四川省农业生产的巨大成就[J].四川农业,1957.

杨允奎.关于小麦、水稻的密植与施肥[J].四川农业,1959.

杨允奎.增加夏熟作物的比重[J].四川农业,1959,(10).

杨允奎.原子能在农业上的应用[J].四川农业,1959,(11).

杨允奎.论四川省水稻、小麦、玉米育种的基本目标[J].四川农业,1960,(2).

杨允奎.利用玉米雄性不育特性制造杂种的研究[J].作物学报,1962,(1):35-42.

杨允奎.论四川地方品种与自然条件的关系[J].中国农业科学,1962,(3):16-17.

杨允奎.论四川粮食作物传统栽培经验对自然条件之适应[J].中国农业科学,1962,(9):1-4.

杨允奎.利用雄性不育特性制造玉米杂交种的研究续报[J].作物学报,1963,(2):297-302.

杨允奎.玉米自交系数量性状遗传研究初步报告[J].四川农学院学报,1983,(1).

杨允奎.玉米果穗数量遗传的初步研究[J].遗传,1979,(2).

作为学者和教育家的杨允奎，治学严谨，注重实践，注意提高理论素养，倡导民主学风。在科研工作中，从课题总体设计、田间布置、播种、管理、收获、直至考种，都要事必躬亲。他常说：“什么是科学？科学就是一丝不苟，马马虎虎不是科学。”

他刻苦读书，不断提高理论素养。为了追踪科技发展的前沿和生长点，总是千方百计挤时间自学。直到60年代中期，他仍坚持每日凌晨5—7时阅读有关科技文献。他经常对初学者说：“读书贵在精而不在多，食而不化者是得不到科学营养的。”他要求读重要经典著作，系统掌握其内容，深刻理解其精髓，然后再广泛阅读，扩大知识面。他反对一览而过的读书方法，并风趣地说：“我的治学方法，就是一个‘笨’字。”实际上，这里面包涵着循序渐进、刻苦钻研、独立思考、实践检验等层次的学习劳动在内，正是他治学经验的总结。

他提倡民主学风，反对学术上的门户之见。他是一位令人敬畏的严师，但在进行学术讨论时，却是青年教师和学生的忘年益友。他撰写的论文总要请一些青年教师提意见。有一位刚毕业的年轻助教，在实践过程中发现杨允奎提出的研究方案有个环节不太符合实际，于是向他提出修改原方案的建议，他听后不仅欣然同意，并鼓励那位助教说：“你做得对，从事科学研究工作，就是要不唯上、不唯书，要面对实际，善于独立思考。”

杨允奎极为重视学术梯队建设，他认为事业要发展，必须后继有人，因此他在学校有意识地将留在身边工作稍久的助手和那些刚留下来的更年轻的助教组合成一支结构合理、老中青相结合的学术梯队。杨允奎曾说过“得天下英才而教之，不亦乐乎！”。

在杨允奎的参与建议下，数量遗传研究正式列入《1956—1967年全国科学发展规划》。他于1965年招收研究生，为国家培养中青年数量遗传教学、科研队伍。

杨允奎曾任第一、二届四川省人大代表，第三届全国人大代表，四川省科协副主席，省作物学会理事长，中国农学会理事，四川省农业科技鉴定委员会主任委员等职。

中华人民共和国成立以后，他虽肩负四川省农业厅厅长、省农科院院长、四川农学院院长三大重任，依然过着“粗茶淡饭布衣裳”的生活，没有官架子，保持着人民干部的公仆本色。他十分关注对现实生产中的经验教训和传统农业技术的科学总结。在1957—1962年间，曾亲自撰写发表了许多有针对性的文章，如《关于小麦、水稻的密植与施肥》、《增加夏熟作物的比重》、《论四川省水稻、小麦、玉米育种的基本目标》、《论四川省粮食作物传统栽培经验对自然条件之适应》等，对克服“大跃进”期间农业技术推广工作的盲目性，调整作物生产结构，端正作物育种方向，正确评价和利用地方品种，合理继承传统农业技术等方面，都起了直接指导作用。作为领导干部，他总是兢兢业业地工作，唯恐有渎职守，尤其在任用干部和延聘教师上，始终坚持德才兼备标准，从不徇私情。一位与他过从甚密，私交很深，从事工作多年的学生，在患病时，他与夫人曾深夜掌灯在田野中为之寻采中草药，但当这位教师要求延聘自己为农艺系专任讲师时，他按该同志的实际业务水平，只同意聘为兼任讲师。1963年，杨允奎被评聘为一级教授后，认为人民给自己的报酬太多了，便坚持将晋升之工资全部作为党费交还给人民。

杨允奎从小勤奋好学，每晚母亲纺线到深夜，他也读书到深夜。1921年，品学兼优的他考上了北京清华学堂留美预备部，1928年获“庚子赔款”资助留美。

杨允奎从小便为祖国的贫穷落后痛心，因此他为国求学的目的十分明确。最初他想学医，以治病救人，但后来有人劝他：“在今日之中国，请得起医生的还是少数的有钱人，广大的中国人吃饭穿衣都有问题，还是学农吧！”这话对他震动很大，家乡农民们一年到头辛勤劳作，但仍食不果腹的景象深深地印在他的脑子里，经过深思熟虑后，他改变了初衷，进入俄亥俄州立大学农学系学习。

俄亥俄州立大学优越的学习条件使他欣喜若狂，他大部分时间都泡在图书馆和实验室里，但在玉米生长季节，他常开着一辆旧车不远千里到美国玉米带实地考察，老师们非常喜欢这个来自东方聪慧勤奋的青年。因此，1932年当他获得博士学位后，他的导师尽力挽留他在美国从事科研和教学工作。但杨允奎婉谢了导师的好意，怀抱为国兴农之志，毅然回到贫穷的祖国。

二十世纪30年代中后期，杨允奎主持稻麦改进所工作时，有次省府下了一道“训令”，杨允奎认为不合实际，便叫人退回去。后来有人告诉他，省府的“训令”带有命令性，不能由下级退回，杨允奎听后也一笑置之。

“大跃进”时，杨允奎对当时违背规律的做法很有看法。一次他因公出差，顺路回家，时值仲秋，社员在田里栽晚稻，他立即招呼乡亲：“起来歇歇，白露都过了，栽上也没收成。”社员回答说：“这是上面布置的，不种不行！”杨允奎立即返回县城，向县里领导说明情况，随后给社里调去了一批红苕作种，使很多乡亲度过了灾荒。

毋庸置疑的是，四川作为全面抗战时期对前线输送粮食数量最多的省份，恰是源自于杨允奎、杨开渠等为代表的国立四川大学农学院等机构的农业科研人员，在抗战时期“打通一条血路”的努力工作。正是他们在民族危亡之际各守其道而殚精竭虑，以教民稼穑之术换来四川粮食增产，才确保了中华民族在日寇铁蹄入侵之际能够有充分的底气与敌周旋决战，直至最后胜利。（四川省地方志工作办公室评）

他是中国数量遗传育种的拓荒者，是利用细胞质雄性不育系配制玉米杂交种的开拓者，另外他也是四川杂交小麦的奠基人之一，对豌豆的遗传育种也颇有研究。（四川农业大学评）

杨允奎教授是我省农业科教界的泰斗，科教兴国的先驱。领导我院26年之久，他领导下的科研工作硕果累累,他培养的人才桃李满天下，他对四川农业生产、农业教育和农业科研事业的发展，作出了不可磨灭的贡献，他的开创精神、学术思想和道德情操与世长存。他不仅传道授业解惑,而且以身作则，言传身教，为我们做事做人树立了光辉榜样。我们要继承和发扬他的爱国主义精神，“三严”的科研作风，高尚的道德情操。他具有远大的理想，即富强祖国，振兴中华。他含辛茹苦，呕心沥血，数十年如一日地为实现这一理想而奋斗，即使身处逆境，乃至生命的最后一息都不曾动摇。他深入实际，亲自实践，诚实劳动，不断在科学技术方面做出高水平的创造。他具有高尚的道德情操，甘为人梯，廉洁奉公，大公无私，不计个人名利得失，光明磊落，肝胆照入。我们继承和发扬这些精神，可以鼓舞全面建设小康社会的积极性，在科研上取得丰硕成果。他是我们学习的榜样，他的高尚情操与世长存。（四川省农业科学院评）

杨允奎教授是中国作物数量遗传学科的奠基者和创始人之一，也是著名的玉米育种专家。他为中国、尤其是为我省的农作物生产和研究贡献了毕生精力。杨允奎一生刚直不阿，人格高尚。他是一位只唯实、不唯上的正直科学家。他刚直不阿、襟怀坦荡的高尚人格，热爱祖国、献身事业的崇高精神和大力扶持青年、提携后进的高尚品质，已成为我们宝贵的精神财富。杨允奎从一个爱国主义者转变成一个共产主义战士，始终不渝地忠于人民事业，忠于社会主义。他那奋力拼搏、无私奉献的精神风貌，永远是我们学习的榜样。功高不自傲，位高不自居，名高不自恃。他谦虚谨慎，心怀坦汤，光明磊落，始终保持一个学者的实事求是的作风。晋人傅玄在《烛铭》中有几句讴歌蜡烛的诗赋予杨允奎是十分恰当的：“照彼玄夜， 炳若朝阳，焚形尽世，无隐不彰。”鞠躬尽粹，死而后已。（中国农业科学院作物研究所研究员佟屏亚评）

杨允奎是我国著名的农业科学家和农北教育家。他一生致力于农业科研和教育工作，从（二十世纪）30年代初即从事玉米育种的研究，在长期的实践中.对玉米的遗传育种自交、杂交，造诣极深,培育出不少的玉米良种在全省范围内大面积推广，为夺取粮食增产作出了重大的贡献。（安岳文化馆馆员杨烈光评）

四川农业大学在雅安独立建校以来的第一任院长杨开渠、第二任院长杨允奎和第三任院长杨凤——“三杨”为代表的数代川农大人的薪火传承和实践升华逐渐形成“川农大精神”。他们长期把兴农报国作为第一选择，而不把物质享受放在第一位。正是以他们为代表的一代代川农大人，不仅仅是教师和科研人员，也包括管理岗位和后勤战线的广大职工，满怀振兴中华之志，团结拼搏，艰苦创业，自强不息，默默耕耘在农业科教第一线，才在艰苦的条件下为国家培养了大批人才，创造出了非凡的业绩，为国家做出了巨大贡献。

1936年，杨开渠提出在川省试植双季稻的计划后，杨允奎佩服他的真知灼见，便提请国立四川大学农学院院务讨论，由时任院长曾省拍板决定开展在川双季稻栽培试验。该计划获得时任国立四川大学校长任鸿隽的大力支持，在杨允奎及杨开渠的带领研究下，四川双季稻研究结出了累累硕果，并获得了大面积推广。杨允奎当时主持四川农业改进所，同时又在国立四川大学农学院任教，因此两家机构常常合作开展农业科研。正是在两家机构通力协作下展开的农业科研攻关基础上，川省全面抗战时期的水稻、玉米、小麦等农产品产量都有很大的提升。1945年，时任四川省政府主席张群称，八年全面抗战中，四川征购捐献粮食7100万石，居全国各省之首。1946年，蒋介石在还都南京前的演讲中也称：“四川同胞的输财输粮征工征粮的数量和成绩，都在各省之上，这在将来中华民族复兴史上，必将永垂不朽。”