1938年3月，杨裕民满怀爱国激情，毅然投笔从戎，和子女杨效昭、杨效棠（永进）同到冀东，投入了党所领导的起义暴动，踏上了新的革命征程。他住在遵化县地北头村洪麟阁家，在李楚离的指导下，和洪麟阁秘密策划起义事宜，亲自到滦县、乐亭、丰润等县参加秘密动员工作，并参加了中共冀热边特委在丰润县田家湾子召开的军事会议。他和当时冀东党的负责人李运昌、李楚离、胡锡奎及爱国人士洪麟阁、民团头目高志远等一起，研究暴动前的准备工作和暴动后的有关问题。后在滦县多余屯开会，成立冀东人民抗日联军，公推高志远为司令，李运昌、洪麟阁为副司令，杨裕民为洪麟阁部的第一路军政治部主任。

由于地北头村汉奸刘秉忠向敌人告密，丰润县沙流河伪警民团突然包围了洪麟阁的家，进行“围剿”查抄。洪麟阁、杨裕民指挥暴动队员击退伪警，然后将队伍转移到玉田县的小狼山。1938年7月7日，丰润、玉田的日伪军千余人将洪麟阁和杨裕民领导的暴动队包围在小狼山。当时，洪、杨只带百余人，因预定7月16日起义，队员们分散隐蔽在各县、村，仓促中无法通知集中。时值暴雨，杨裕民掩护洪麟阁带少数警卫员突围去玉田十里坨，找到李楚离、杨效昭和二总队杨受青，带队应援小狼山。杨裕民送走洪麟阁后，与敌人周旋战斗，坚持到深夜，转移到鲁家峪。敌人尾随紧迫，丰润、玉田、遵化三县日伪军1500余人将杨裕民围困在鲁家峪。第三天，洪麟阁带二总队赶到援救，才于深夜冲出重围。杨裕民认为已经暴露，于是决定于7月9日提前起义。

为提高抗联战士的政治素质和学习八路军的游击战术，杨裕民积极抓紧对抗联部队的政治思想建设，选派抗联干部50余人到八路军第四纵队司令部受训，使这支农民武装队伍的政治素质与战斗力不断提高。

9月底，杨裕民主持在窝洛沽召开会议，传达八路军四纵队在九间房召开的军事联席会议精神。参加会议的有李楚离、洪麟阁和杨受青等。杨裕民说：“青纱帐已倒，会议决定抗联部队到平西整训。”在抗联部队奉命西进到平西整训途中，在蓟县马伸桥附近的台头村遭到敌重兵袭击，洪麟阁壮烈牺牲。杨裕民幸获脱险，部队继续转移，迂回向平西挺进。行至潮白河时，西进的路被敌人切断了，第三路军指挥部决定杨裕民带连以农、马溪山等二十几名干部，从另一条秘密路线去平西。

1939年春，杨裕民受朱德总司令电召赴太行山八路军总部从事军事工作。同年夏，日军分九路向八路军总部大举进攻，杨裕民跟随总部转移。途中他的胃病老毛病再次复发，而且比历次都严重，只好躺在担架上跟随警卫部队在太行山的浊漳河一带和敌人兜圈子。由于长时间的跋山涉水，风餐露宿，得不到很好的休息和医疗，又时逢盛夏酷暑、阴雨连绵的季节，他的病情日益恶化。7月2日，因感冒而转心脏麻痹病，处于昏迷状态，在病中呓语，尽为赞扬抗日军队、痛骂日军汉奸、反对磨擦之片断词句。朱德、彭德怀和左权等总部首长对他关怀备至，在敌情万分紧张和工作十分繁忙的情况下，每日都要探望他的病情。总部首长对他无微不至的关怀，使他感动至极，也深深感到革命志愿未竟，抗日救国的伟大事业正在蓬勃发展，正是祖国和人民需要他的时候，他却辗转于担架病床之上，心急如焚。朱德了解到他在病重时还念念不忘回冀东的心情，就安慰他说：“不要回冀东去了，在哪儿都是抗战。就留在总部吧！”让他在总部搞工业。

1939年7月21日下午6时，杨裕民随部队转移到太行山黎城县上遥镇附近，与前来“扫荡”的敌寇遭遇。当时，正是滂沱大雨，这里是个山湾子，河床狭窄，水流湍急，由警卫部队掩护到浊漳河岸边，经激战，涉过了河，处于重病垂危的杨裕民，在担架上经不起激烈的颠簸和摇摆，心脏停止了跳动，为抗日救亡战斗到最后一口气。杨裕民舍身为国，鞠躬尽瘁，积劳病殁，终年50岁。他在临终前，还反复嘱咐连以农、冯于九：“你们要紧紧地跟共产党走！抗日的意志不能消沉，共产党、八路军叫我们干啥就干啥。中国若没有共产党、八路军，日本鬼子是打不出去的，也告诉在‘抗大’学习的那几个人，好好学习、工作！”

妻：司湘云

子：杨效棠（杨永进）、杨津生

女：杨效昭（中国人民解放军中国协和医学院医务部干事，丈夫李楚离）、杨效莲（田茵）、杨晓田、杨晓苓

侄：杨秀峰、杨效贤（杨介人）

杨裕民病逝后，八路军总部为了表彰杨裕民对中华民族的解放事业坚贞不渝的高贵品德，在襄垣县土河村召开了追悼大会，由朱德总司令主持，彭德怀副总司令致悼词。悼词中说：杨裕民的逝世，使我军失去了一位亲密合作的忠实朋友，使冀东人民失去了他们的抗日领袖，使我们国家失去了一位爱国热情极高的科学家。杨裕民是广大知识分子、科学教育工作者的榜样。

重庆文化教育界知名人士和八路军驻重庆办事处于1938年9月18日在沙坪坝南渝中学礼堂为杨裕民召开了追悼大会。追悼会的发起人有韩举贤、高韶亭、张伯苓、刘清扬、张中庸、于树德、魏明初、王仙槎、董必武、叶剑英等，董必武、叶剑英代表十八集团军参加了追悼会，董必武在会上讲了话，称赞杨裕民对抗战有功，有爱国正义感。

全国解放后，1950年10月2日人民政府将杨裕民遗骨移葬于邯郸晋冀鲁豫烈士陵园。1950年10月21日，晋冀鲁豫烈士陵园落成，举行了安葬左权左权将军暨杨裕民等烈士公祭大会，杨裕民教授被安葬在左权将军墓旁。

2014年9月，杨裕民名列第一批300名著名抗日英烈和英雄群体名录。

毛主席题送的挽联：

国家在风雨飘摇之中，对我辈特增担荷；

燕赵多慷慨悲歌之士，于先生犹见典型。

朱总司令题送的挽词：

渤海毓雄，民族之杰；

霭霭风仪，异质挺特；

冀东义起，倭奴气慑；

瞻彼真容，彪炳日月。

董必武、叶剑英等共同署名的祭文中，赞扬杨十三:

入狐鼠之窟穴，导义民而张卷，扫魂虞如落叶，扬国威于幽燕。

死有重于泰山。

中国化学会敬送的挽联：

是真抗日英豪虽死犹生惭愧群儒空论学,

祈愿雄风厚被振聋发聩岂徒本会沾殊荣。