1997年06月至1998年06月，担任哈尔滨医科大学基础医学院院长。

1998年06月至2001年06月，担任哈尔滨医科大学副校长。

2001年06月至2018年10月，担任哈尔滨医科大学校长、党委副书记。

2009年12月，当选为中国工程院院士。

2022年7月，任中国工程院第八届主席团成员。

杨宝峰带领团队通过对50余种作用于心脑血管系统疾病药物的研究，发现抗心肌缺血、心律失常药物作用离子通道的特点和规律，并提出离子通道靶点学说，编入《离子通道药理学》和本科生教材《药理学》。发现离子通道、非编码RNA及M3-R等相互作用对心脏结构重构、电重构致心脏功能紊乱的机制。揭示作用于心血管系统疾病药物如β受体阻滞剂以及丹参、大黄等中药有效成分的心脏保护机制，阐明三氧化二砷等药物对心脏毒性作用的机制并提出防治措施。研发降脂、防术后粘连等药物并投入临床使用。

截至2019年6月，杨宝峰共发表SCI收录论文118篇，被引用3000余次。其研究成果分别发表于Nature Medicine（自然医学）、Cardiovascular Research（心血管研究）和BJP（英国药理学杂志）等杂志。

截至2019年6月，杨宝峰为国家重大心脏疾病研究“973”项目首席科学家，先后承担国家1035重大项目和国家自然科学基金等重大攻关课题16项。

杨宝峰认为：浪费时间是最容易的事，又是最难改正的毛病，因为它不像地板上扔垃圾那样让人一眼就能看出来。他经常说“做人、做事、做学问”，作为一名医学生首先要学会做人，医者父母心，首先要有仁心。其次，要学会为人处世，学会与他人的交流沟通。只有在这种前提下才能安心做学问、搞科研，才能在学科领域取得大的成就。

杨宝峰认为：“我们要给大师十年磨一剑，甚至三十年磨一剑的环境，给他们时间和空间，不要让他们今天写项目，明天填表格，再后来接受审核，整天将时间和精力消磨于此，人才也容易忙碌和浮躁。日本在1990年选择100名科技工作者，不评估、不审计、不检查，这是20年后他们频频获得诺贝尔奖的一个原因。”

杨宝峰主编的卫生部规划教材《药理学》（第六版、第七版）获全国医药优秀教材一等奖。

2007年杨宝峰指导的博士生董德利的毕业论文《心血管、肿瘤及胃肠道钾通道的药理学意义研究》获得全国优秀博士学位论文。

杨宝峰院士作为中国著名药理学家、中国工程院院士，在哈尔滨医科大学辛勤工作了30多年，把人生最美好的年华和最真挚的感情奉献给了学校，为学校发展、学科建设和科研成果转化做出了卓越贡献。（黑龙江省委组织部副部长、省人才办主任张义龙评）

杨宝峰带领哈尔滨医科大学研发团队在创新药物和大健康产品研发领域披荆斩棘，为黑龙江省医药大健康产业输送了大量产品、提供了强大的科技支撑平台，拥有雄厚的创新实力和卓越的科研成就。（哈尔滨医科大学评）

2011年8月，《生物化学期刊》（JBC）刊登撤销声明称，应作者要求，撤销加拿大蒙特利尔大学教授王志国课题组与中国工程院院士、哈尔滨医科大学教授杨宝峰课题组合作的两篇与心脏研究有关的论文。

蒙特利尔心脏研究所（MHI）与蒙特利尔大学（University of Montreal）开始着手进行相关调查。据加拿大广播公司（CBC）报道，王志国等人称之所以撤销这两篇文章，是因为用于说明实验数据的图片被“混淆”了，而论文其余数据正确无误，实验结果也是可以重现的。