1937年秋参加广东文化界救亡工作协进会，当选为常委。1938年4月至10月，任中共广州市委常委兼宣传部长。同年10月广州沦陷后，撤退到香港，任中共东南特委宣传部长。1940年10月任中共香港市委书记，兼管澳门地下党组织工作。1941年12月香港沦陷后，到东江抗日游击区，投身抗日武装斗争。参加抢救被困在香港的文化人和民主人士的“秘密大营救”行动。1942年2月任广东人民抗日游击总队副政治委员兼政治部主任、东江军政委员会委员，改名为杨康华。1943年12月任广东人民抗日游击队东江纵队政治部主任。1943年秋，参与组织指挥粉碎日军对大岭山抗日根据地的万人“扫荡”。

1945年7月，在中共广东省临委干部扩大会议（罗浮山会议）上被选为中共广东区委委员。1945年8月与王作尧、林锵云（珠江纵队司令员）组成粤北指挥部，任中共广东区委粤北党政军委员会书记，率领东江纵队和珠江纵队部分主力挺进粤北，开拓五岭根据地。1946年6月底，与曾生等率东江纵队主力北撤山东。1946年7月5日，广东北撤部队抵达山东烟台。随后进行了两个月的休整。10月，军队干部编入华东军政大学学习。杨康华同时被任命为华东军政大学第五大队政治委员，军大党务委员会委员。1947年2月调任中央城市工作部第二室主任。1948年1月任中国人民解放军两广纵队政治部主任，转战冀鲁豫地区。1949年参加解放广东战役。

全国解放后，杨康华任广东军区政治部副主任，珠江军分区副政治委员，中共珠江地委副书记兼组织部长。1952年调广东省工作，先后任广东省教育厅副厅长、中共华南分局宣传部副部长、省委文教部部长、中共广东省委委员、广东省副省长、省委统战部部长、省政协第一副主席。1964年任暨南大学校长兼党委第一书记。杨康华是第三届全国人大代表，中国人民对外友好协会广东分会会长，中国对外文化协会广州分会会长。

“文革”期间，杨康华受到冲击。1971年任广东省革命委员会政工组副组长。1973年任广东省科教办公室主任、党委书记。1978年任广东省革委会副主任兼广东省体委主任、常委书记，后兼任广东省科委主任、党组书记，暨南大学校长、党委书记，主持暨南大学复办工作。1979年复任广东省副省长，并任中共广东省委党史研究委员会副主任。1982年任中共广东省顾问委员会副主任。

杨康华最后10年是在忙碌的党史研究工作中度过的。为了搞好党史的研究和编写工作，他倾尽了全部心血。他认为这是一项“留得正气在人间”的十分有意义的工作。在一次党史座谈会上，他讲了长期以来所感受的体会：搞党史，是为了总结历史的经验、教训，以教育我们自己、教育后代。他还动情地念了自己写的两句诗：“拼将正气垂千古，莫教邪风伴骨眠。” 在杨康华以及其他老同志的关怀和支持下，广东省党史、武装斗争史、青运史的研究和编纂工作开展得有声有色，取得了显著成绩，曾受到中央和省委的表扬，他本人也受到中央表扬。

正当他集中精力从事党史研究工作之时，与他同甘共苦、并肩战斗数十年的战友和妻子张逸不幸病逝。杨康华强忍悲痛，又埋头于他的研究事业。后来，他与广州市青运史办公室主任刘智莹在共同的工作中建立了深厚感情，于1985年结为夫妻。此后，在智莹的帮助和照顾下，康华更专注地投入党史工作中。

1991年10月31日，杨康华在广州病逝。