6、《杨度日记》，新华出版社2000年版

7、《新史学：多学科对话的图景》（主编），中国人民大学出版社2003年版

8、《雪域求法记—一个汉人喇嘛的口述史》（与张健飞联合笔述），三联书店2003年版

9、《昨日之我与今日之我 当代史学的反思与阐释》，北京师范大学出版社2005年版

10、《再造“病人” 中西医冲突下的空间政治（1832—1985）》，中国人民大学出版社2006年版

11、《区域社会史的比较研究》，（与行龙联合主编）社会科学文献出版社2006年版

12、《新史学（第一卷）：感觉图像 叙事》（主编），中华书局2007年版

13、《梧桐三味》北京大学出版社2006年版

14、《“五四”九十周年祭：一个“问题史”的追溯与反思》世界图书出版公司2009年版

15、《何处是江南？清朝正统观的确立与士林阶层精神世界的变异》，三联书店2010年版

16、《新史学（第五卷）：清史研究的新境》主编，中华书局2011年版

17、《儒学地域化的近代形态》（增订本），三联书店2011年版

18、《“感觉主义”的谱系：新史学十年的反思之旅》，北京大学出版社2012年版

19、《问道：一部全新的中国思想史》，重庆出版社2023年版

1、巴林顿·摩尔《民主与专制的社会起源》（与拓夫、张东东、刘鸿辉合译），华夏出版社1986年版

1、《西方视野里的中国形象》系列译丛（与黄兴涛联合主编），时事出版社1998年版

1985年

1、《蔡锷与梁启超关系初探》，《云南社会科学》1985年第6期

2、《历史研究要用结构分析法》《文史知识》1985年第12期

1986年

3、《杨度佛学思想与后期思想转变》《求索》1986年第6期

4、《从佛学到唯物史观：杨度思想转变探源》《未定稿》1986年第7期

5、《打破和谐：杜维明先生儒学第三期发展说驳议》《青年论坛》1986年第1期

1987年

6、《沟通历史与未来的桥梁》，《读书》1987年第3期

7、《传统文化与中国近代史学》，载张立文等主编：《传统文化与现代化论文集》

1988年

8、《近代中国知识分子参政的三种模式》，《广州研究》1988年第2期

9、《孙中山与梁启超历史观比较论》，《近代史研究》1988年第1期

10、《儒学的地域化与近代中国知识分子人格的二重取向—兼论两个地域文化群落的比较研究》，《走向未来》第三卷第四期，1988年12月

1989年

11、《佛教神秘主义：＜大同书＞的逻辑起点》，《广东社会科学》1989年3月号

12、《两个轴心的失落与五四文化选择》，台湾《中国论坛》1989年5月号

13、《知识群体的失落与传统理性的复归：五四悖论研究》，《广州研究》1989年第6期

1990年

14、《有形的与无形的》，《读书》1990年第4期

1991年

15、《知识分子改革中国的模式》，《二十一世纪》1991年第6期

16、《书生襟抱本无垠》，《读书》1991年第1期

1993年

17、《地域文化冲突的近代缩影—时务学堂之争再评析》，《中国社会科学季刊》1993年2月号

18、《权力凝聚的象征—湖湘书院与区域文化霸权》，《中国社会科学季刊》1993年第3期

1994年

19、《杨度和帝王之学》，《二十一世纪》1994年2月号

20、《感情历史的诠释：停滞的帝国与中西文化的比较观》，《中州学刊》1994年2月号

21、《梧桐三味》，《读书》1994年第11期

22、《宗教功能的本土化诠释—杨庆坤“中国社会中的宗教”读后》，《中国23、书评》1994年11月号

24、《空余高咏满江山》，《读书》1994年第4期

25、《我看曾国藩现象》，《二十一世纪》1994年12月号。

1995年

26、《甲午战争前后中国知识群体类型的演变—一个知识社会学的考察》，载27、《甲午百年祭》，知识出版社1995年1月版

28、《士大夫的流产变革》，载许纪霖等主编：《中国现代化史》（第一卷），上海三联书店1995年版

29、《“市民社会”研究的一个中国案例：有关两本汉口研究著作的论评》,《中国书评》1995年月号

30、《近代中国研究中的市民社会—方法及限度》，《二十世纪》1995年12月号，又载张静主编：《国家与社会》论文集，浙江人民出版社1995年12月版。

31、《近代“岭南文化中心说”典型述论》，《现代与传统》（第九辑），岭南美术出版社1995年版

32、《思想与学术岂能如此二分：就九十年代学风质疑于朱学勤、陈少明两先生》，《中国书评》1995年7月号

33、《构造非儒的纵横家形象》，《中国书评》1995年12月号

1996年

34、《“应然态民主观”的现代范本—评邓小军新著的历史逻辑与现实逻辑》，《中国社会科学季刊》1996年11月号

35、《在神秘叫魂案的背后》，《读书》1996年第8期

36、《晚清今文经学崛起的社会史理路：读艾尔曼新著》，《二十一世纪》1996年4月号

1997年

37、《儒学内在批判的现实困境：余英时现代儒学论简评》，《二十一世纪》1997年4 月号

38、《礼物交换的本土精神》，《读书》19997年第2期

39、《西医传教士的双重角色在中国本土的结构性紧张》，《中国社会科学季刊》1997年5月号

40、《学术空间与权力话语》，《读书》1997年第6期

41、《唯理主义的社会改造设计和文化传统》，《中国社会科学季刊》1997年8月号

42、《历史记忆之鉴》，《读书》1997年第11期

43、《基层教化的转型：乡约与中国治道之变迁》，《学人》（第11辑），浙江文艺出版社1997年11月版

44、《“地方感”与西方医疗空间在中国的确立》《学人》（第12辑），浙江文艺出版社1997年12月版

1998年

45、《想象中的真实 真实中的想象》《博览群书》1998年第1期

46、《社会福音派与乡村建设运动的理论与组织基础》，《道风山汉语神学学刊》1998年春季号

47、《论维新时代关于“习性”的构想及其意义》，《浙江社会科学》1998年第5期

48、《我为什么选择了走向边缘？》《开放时代》1998年10月号

49、《从知识／权力的互动关系看书院功能的演变：以湖湘书院为例》，《中国书院》（第二辑）湖南教育出版社1998年12月

50、《中国历史上的正统观及其蛮性遗留》，《学术思想评论》（第四辑），辽宁大学出版社1998年12月版

51、《杨念群谈“儒学地域化”概念的使用》，《中华读书报》1998年7月1日

52、《什么是思想的原创性》，《中华读书报》1998年9月2日

53、《知识论与历史研究》《中国书评》1998年2月号

1999年

54、《女人会说话吗？》，《读书》1999年第1期

55、罗威廉《晚清帝国的市民社会问题》（与邓正来合译），载《国家与市民社会》论文集，中央编译出版社1999年版

56、《常识性批判与中国学的困境》，《读书》1999年第2期

57、《为中国的十八世纪立“传”》，《中华读书报》1999年6月2日

58、《福柯：思想界的恐怖分子》，《好书》1999年7、8号

59、《兰安生模式与民国初年北京的生死控制及空间转换》，《社会学研究》1999年第4期

60、《传统到底是怎么了？》《中国图书商报·书评周刊》1999年9月28日

61、《历史研究如何人类学化？》，《中华读书报》1999年9月28日

62、《中国视野里的西方思想》《中国图书商报·书评周刊》1999年11月16

63、《东西思想交汇下的中国社会史研究：一个问题史的追溯》，《学述思想评论》（第7辑）辽海出版社2000年版

2000年

北京档案史料》2000年第1期

66、《美国中国学研究的范式转变与中国史研究的现实处境》《清史研究》2000年第4期

2001年

67、《“辜鸿铭现象”的起源与阐释：虚拟的想像抑或历史的真实？》《浙江社会科学》2001年第2期

68、《华北青苗会的组织结构与功能演变》《中州学刊》2001年第3期

69、《从“资治”到“反思”：中国社会史研究的新转向》《天津社会科学》2001年第4期

2002年

70、《过渡期历史的另一面》《读书》2002年第6期

71、《从科学话语到国家控制：缠足由美变丑历史进程的多元分析》《北京档案史料》2001年第4期

2003年

72、《中国现代史学传统的变异与整合》，载《中国人文社会科学论坛2002》,中国人民大学出版社2003年版。

73、《中国人文社会科学发展研究报告2002》,中国人民大学出版社2003年版。

74、《后现代思潮在中国》，《开放时代》2003年6月号。

75、《防疫行为与空间政治》，《读书》2003年7期。

76、《防疫的空间政治学》《现代思想》（日本）2003年7期

77、《理论旅行状态下的中国史研究：一种学术问题史的解读与梳理》，载《新史学》，中国人民大学出版社2003年版。

78、《梁启超的“过渡时代论”与“过渡期历史观”的构造》，《史学月刊》2003年第6期

2004年

79、《儒学作为传统中国“意识形态”合法性的历史及其终结》，载赵汀阳主编：80、《年度学术2003：人们对世界的想象》，中国人民大学出版社2004年版

81、《民国初年北京地区“四大门”信仰与“地方感觉”的构造—兼论京郊“巫”与“医”的近代角色之争》，载孙江主编：《事件记忆 叙述》，浙江人民出版社2004年版。

82、《为什么要重提政治史？》《历史研究》2004年第3期

83、《地方性知识，地方感与跨区域研究的前景》，《天津社会科学》2004年6期。

《当代中国历史学何以引入中层理论》，《社会观察》2004年11月。

84、Disease Prevention,Social Mobilization and Spatial Politices，The Chinese Historical Review Volume 11,2004,Fall

85、The Eatablishment of Modern Health Demonstration Zones and the Reguation of Life and Death in Early Republican Beijing，East Asian Science,Technology,and Medicine，Number22,2004

2005年

86、《何谓“东亚”？ 近代以来中日韩对“亚洲”想象的差异及其后果》《大东文化研究》（韩文）2005年6月

87、《医疗史，“地方性”与空间政治想象》，载黄东兰主编：《身体心性 权力》，浙江人民出版社2005年版。

2006年

88、《生活世界中的象征替代》，《社会学家茶座》2006年第3期。

89、《危机意识的形成与中国现代历史观念的变迁》，王笛主编：《新社会史3：时间 空间 书写》，浙江人民出版社2006年版。

90、《学术规范化问题讨论路径的再反省》，邓正来主编：《中国书评》2006年第4辑，广西师范大学出版社2006年版。

91、《康有为的乌托邦世界》，《光明日报》2006年9月11日。

92、《亲密关系变革中的“私人”与“国家”》，《读书》2006年第10期。

2007年

93、《文字何以成狱 清初士人逃隐风格与江南话题》，《新史学：感觉图像 叙事》第一卷，中华书局2007年版。

94、《“在地化”研究的得失与中国社会史发展的前景》，《天津社会科学》2007年第一期。

95、《中国历史学需要一种“感觉主义”》，《读书》2007年

2008年

96、《从文质之辩看清初士林与帝王思想的趋同与合流》，《清史研究》2008年第五期。

97、《残山剩水之喻与清初士人的出处选择》，《新史学》第二卷，中华书局2007年版。

98、《如何从“医疗史”的视角理解现代政治》，《中国社会历史评论》2008年4月号。

99、《“道统”的坍塌》《读书》2008年11期。

100、《章学诚的“经世观”与清初“大一统”意识形态的建构》《社会学研究》2008年第5期。

101、《通往意象之途 中国史学的未来宿命？》，《电影艺术》。

2009年

102、《中国历史学如何回应时代思潮（1978—2008）》《天津社会科学》2009年1期。

103、《我看“大一统”历史观》《读书》2009年4期。

104、《“社会”是个关键词：五四解释学反思》《开放时代》2009年第4期

105、《文质之辨与中国历史观的构造》，《史林》2009年12期。

106、《纠葛于两个概念之间的中国历史学》，陈春声、苏力主编：《中国社会科学三十年》论文集，三联书店2009年版。

2010年

107、《作为话语的“夷”字与大一统历史观》，《读书》2010年第1期。

108、《重估“大一统”历史观与清代政治史研究的突破》，《清史研究》2010年第3期。

109、《中国“文化史”研究的结构性缺陷及其克服》，《中华读书报》2010年4月23日。

110、《“儒学地域化”概念再阐释》，《清华大学学报》2010年第5期。

111、《什么才是真正的文化重建？》，《读书》2010年第七期。

112、《清朝正统观之确立》，《明清论丛》第十辑，紫禁城出版社2010年8月版。

2011年

113、《英雄史观的回归？》，《读书》2011年第1期。

114、《从世界史到全球史》，《读书》2011年第4期。

115、《超越“汉化论”与“满洲特性论”：清史研究如何走出第三条道路》，《中国人民大学学报》2011年第2期。

116、《何为“东亚”： 近代以来中日韩对“亚洲”想象的差异及其后果》，《清华大学学报》2011年。

117、《清史研究的点、线与面》，《新史学》第五卷。

118、《清朝帝王的“教养观”与“学者型官僚”的基层治理模式：从地方官对乾隆帝一份谕旨的执行力说起》，《新史学》第五卷，中华书局2011年版。

119、《中国艺术表达中的隐喻传统与历史写作》，《天津社会科学》2011年第六期

2012年

120、《中国的“另一个近代”》《读书》2012年第1期

121、《革命叙述与文化想象》《读书》2012年第5期。

122、《“整体”与“区域”关系之惑：关于中国社会史、文化史研究现状的若干思考》《近代史研究》2012年第4期。

123、《清帝逊位与民国初年统治合法性的阙失》《近代史研究》2012年第5期

124、《“新典范”与“旧史学”的冲突与调适》，《中国人民大学学报》2012年第6期

125、《“中层理论”应用之再检视：一个基于跨学科演变的分析》《社会学研究》2012年第6期。