民国成立后，1913年7月16日杨敬修被授予海军上校。1914年10月9日给予四等嘉禾章，10月25日任“应瑞”巡洋舰舰长。1916年元旦晋给三等嘉禾章，10月9日给予二等文虎章。1917年11月27日晋授海军少将。1918年10月18日晋给二等嘉禾章。1920年1月16日加二等大绶嘉禾章，12月22日任海军租船处监督。1921年8月12日署理海军练习舰队司令。1922年1月30日给予二等宝光嘉禾章，11月5日授予勋五位。1923年9月6日转任厦门海关监督，12月1日任闽粤海疆防御使，后任福建盐运使。1927年8月27日任国民政府财政部闽海关监督。1929年8月30日任国民政府海军部少将候补员。1938年1月任海军总司令部少将候补员。1950年病故，享年76岁。