1999年7月，杨晨以131万马克的转会费正式转会德国法兰克福足球俱乐部，创造了当时中国球员转会记录。

2000年3月10日，1999-00赛季德甲联赛第24轮比赛中，杨晨终于攻入了本赛季的首粒进球，这颗关键进球助力法兰克福以2-0的比分战胜了斯图加特。随后的比赛，杨晨更是状态神勇，连续在第31轮和第32轮两场比赛中破门得分，助力法兰克福以3-0和4-0的大比分战胜了汉堡和沃尔夫斯堡。特别是在对阵沃尔夫斯堡的比赛中，他更是独中两元。

杨晨在这场比赛中的卓越表现也赢得了广泛的认可，他成功入选了德国《踢球者》杂志评选的德甲32轮最佳阵容。法兰克福在联赛最后阶段凭借杨晨的出色发挥，连续两场胜利获得的6分，最终成功保级。该赛季，杨晨总共在德甲赛场上出场27次，打入了4个进球，并贡献了5次助攻。

2000-01赛季初，由于伤势，杨晨错过了前四轮联赛。直到2000年9月16日，联赛第五轮法兰克福主场以1-0战胜慕尼黑1860的比赛中，他才完成了该赛季的首秀。然而，在2000年12月联赛第15轮对阵波鸿的关键比赛中，在法兰克福人手紧缺的情况下，杨晨以头疼为由拒绝出场，引起了时任主教练马加特的强烈不满。此事之后，杨晨遭到队内“封杀”，球队宣布在2000年剩余的三场联赛中，杨晨将不会获得出场机会。经过一段时间的冷静和反思，2001年1月4日，法兰克福终于解除了对杨晨的“封杀”，他得以重返一线队伍进行训练。

重返赛场的杨晨在2001年2月16日联赛第22轮客场对阵慕尼黑1860的比赛中，打入了该赛季的首个进球，帮助法兰克福以2-2战平对手。然而，2001年5月，为了参加2002年韩日世界杯预选赛，杨晨选择回国，因此错过了法兰克福赛季的最后两轮比赛。球队在保级大战中1胜1负，最终降入德乙联赛。尽管如此，杨晨在该赛季中的表现仍然可圈可点，他在德甲出场了15次，打入4球，并贡献了3次助攻。

2002年8月，杨晨与前一赛季刚从德甲联赛降级的圣保利俱乐部签约，合同期为2年。2002年8月28日，杨晨在德国杯首轮比赛中为圣保利队贡献了加盟后的首个进球，助力球队以2-1的比分战胜了达比柏林。2002年9月11日，在德乙联赛第四轮比赛中，杨晨为圣保利队打入了个人联赛首粒进球，帮助球队以7-1的大比分战胜了布伦瑞克。在10月4日的第8轮对阵奥伯豪森队的比赛中，杨晨在拼抢中与对手球员发生碰撞，不幸受伤离场。由于这次伤病的影响，杨晨在该赛季的各项赛事中仅出场了21次，打入3球，并贡献了1次助攻。

赛季结束后，圣保利在德乙联赛中的排名为第17位，降入德丙联赛。随着圣保利的降级，杨晨选择离队，结束了5年的德国留洋生涯。在德国留洋期间，杨晨在各项赛事中总共出场了120次，打入了26球，并贡献了20次助攻。

2003年春天，杨晨结束5年的留洋生涯回到国内，加盟深圳健力宝。在深圳健力宝队，杨晨场上从前锋后撤到了后腰位置。2003年7月2日，在末代甲A联赛的第7轮比赛中，深圳健力宝主场迎战重庆力帆，这场比赛成为了杨晨归国后的首秀。开场仅仅3分钟，杨晨就迅速进入了状态，他在禁区前一脚精准的远射，皮球在击中重庆力帆球员后发生折射，最终飞入网窝，为深圳健力宝打入了归国后的首粒进球。正是凭借杨晨的这粒进球，深圳队以2-1的比分战胜了重庆力帆。转型后腰后，杨晨在2003赛季的甲A联赛中仅打入1球，但他的防守和组织能力对球队的贡献不可忽视。在杨晨的帮助下，深圳健力宝最终取得了联赛第四名的佳绩。

2004赛季，中国职业联赛迎来了中超元年。该赛季深圳健力宝队进行了一系列的引援动作，特别是引进了多名前卫球员，增强了中场的实力。这一变化使得杨晨的位置再次发生调整，他从后腰位置重回前锋线。

2004年4月10日，中国足协杯首轮比赛中，杨晨打入了全场唯一的进球，帮助深圳健力宝1-0淘汰西安安馨园。这个进球也是杨晨归国后代表深圳队打入的第二个进球。5月16日，深圳队客场与沈阳金德队展开激战。比赛中，杨晨与对方球员汪强发生了冲突。在一次争顶过程中，汪强的身体与杨晨发生了接触，杨晨随即反应激烈，将汪强推倒在地，引发了两队球员的冲突。幸运的是，在深圳队长李玮峰和金德队的于波等球员的劝解下，冲突最终得以平息。5月23日，联赛第二轮主场对阵辽宁队的比赛中，他在上半场就打入一球，帮助深圳队以3-0的比分战胜对手。11月24日，中超联赛的第20轮比赛，深圳健力宝在主场以3-1的比分战胜了上海申花，提前两轮夺得了首届中超联赛的冠军。这也是杨晨职业生涯中的第一个联赛冠军。遗憾的是，由于当时杨晨正在北京治疗脚伤，他并未能参加这场关键的比赛，也错过了赛后与队友们的庆祝活动。

然而就在这个辉煌的赛季背后，深圳队却爆出了欠薪事件。直到2004年底，俱乐部仍拖欠着杨晨大约10个月的薪水，这无疑给这个原本完美的赛季蒙上了一层阴影。

2005年3月9日，当赛季亚冠联赛揭幕战中，杨晨作为首发球员亮相，助力深圳队在主场以1-0的比分战胜了日本杯赛冠军磐田喜悦。而在国内联赛，作为卫冕冠军的深圳队表现并不理想。直到赛季第10轮，他们才在客场以1-0战胜沈阳金德，收获了赛季首场联赛胜利。7月20日的联赛第15轮，杨晨终于打进了个人本赛季的第一个联赛进球，帮助深圳队以3-0战胜重庆力帆，取得了一场久违的大胜。尽管受到欠薪问题的困扰以及开局9轮不胜的阴霾，深圳队最终还是以联赛第12名的成绩完成了保级任务。在杨晨效力深圳健力宝的两个赛季里，他总共出场39次，打入了4个进球。

2006年1月，由于无法接受深圳队的大幅降薪提议，经过双方协商，杨晨最终以200万元的转会费转投厦门蓝狮队。加入厦门后，杨晨被委以重任，担任球队队长，并转型为中后卫。然而，2006中超赛季初，杨晨领衔的厦门蓝狮队表现并不理想，16轮联赛后仅取得1场胜利。好在联赛后半程，球队逐渐找回状态，最终厦门蓝狮以38个积分成功保级。

进入2007赛季，厦门蓝狮再次面临保级的严峻挑战，球队赛季初11场联赛不胜，直到联赛第12轮才获得赛季首场胜利。遗憾的是，在联赛第29轮客场0-2不敌青岛中能后，厦门蓝狮提前一轮降入中甲联赛。这一结果对杨晨和球队都是沉重的打击。2007年底，杨晨做出了重要决定，宣布结束自己的球员生涯，正式退役。

1998年12月，杨晨作为中国国奥队的一员，参与了曼谷亚运会。在与越南的第二场比赛中，他完成了在国家队的首秀，凭借出色的头顶脚踢技术攻入3球，助力中国队以3-0的比分战胜柬埔寨队。12月19日，中国男足在铜牌争夺战中以3-0的比分战胜了东道主泰国队，杨晨也随队赢得了铜牌。

2000年9月，杨晨入选中国国家队，出征黎巴嫩亚洲杯。10月16日对阵印度尼西亚的小组赛中，杨晨打入了确保胜利的第三球，帮助中国队以4-0大胜。而在10月23日的亚洲杯1/4决赛中，他再次打入关键的第三球，使中国队以3-1淘汰卡塔尔晋级。半决赛对阵日本时，他在下半场开场不到三分钟就打入一球，使中国队以2-1反超比分，虽然最终中国队以2-3失利，但杨晨在该届亚洲杯上的表现令人瞩目，他共出战6场，打入3球。

2002年，杨晨入选中国队出征韩日世界杯的大名单。在小组赛第一场对阵哥斯达黎加的比赛中，他首发出场，完成了自己的世界杯首秀，尽管中国队最终以0-2失利，但杨晨在比赛中获得了射门机会。

2004年2月，杨晨连续未能入选阿里汉执教的中国队集训名单。感受到自己在国家队中已沦为替补，杨晨在5月主动提出了离队申请，结束了他在国家队的生涯。

2008年，杨晨顺利通过了教练员资格培训。2009年，取得教练员资格证的杨晨加盟江苏舜天担任助理教练。迈开了作为教练员的第一步。2011年，舜天时任主教练柯西安因成绩不佳下课的情况下，杨晨一度成为临时主帅。德拉甘到来后，杨晨成为其助手，担任江苏舜天足球俱乐部领队兼助理教练。2010年，杨晨选择去德国学习，参加国际A级教练员进修。

2013年12月，杨晨同贵州人和俱乐部签约，担任领队及第一助理教练。2014年10月4日，贵州人和在客场以0比1不敌广州富力，此役过后，人和陷入联赛五轮不胜的尴尬。此外，人和主帅朱炯因在下半时第80分钟左右时抱怨裁判而被罚上看台，领队杨晨出席了赛后的新闻发布会。

2015年，杨晨回归北京，出任北控足球俱乐部的领队和助理教练。2015年10月，北控在足协杯半决赛首回合客场2比3惜败上海申花。上半场结束前，北控领队杨晨被罚上看台。

2018年，杨晨出任中国U25国家男子足球队副领队兼助理教练；2020年，杨晨出任中国U22国家男子足球队领队兼助理教练。2021年4月6日，杨晨出任中国U16国家男子足球队主教练。2022年2月，中国足协公布U17国家队（2006年龄段）2022年第一期集训名单，杨晨担任主教练。

2024年5月20日—2024年9月4日，任河南足球俱乐部副总经理。

2006年，杨晨迎娶舞蹈演员刘珊珊。刘珊珊是一名舞蹈演员，工作于总政文工团。其实早在06年中秋节时，杨晨的女友就亮相厦门，并参加了蓝狮队中秋博饼的活动。当时记者曾希望拍下杨晨与女友在一起的照片，但杨晨一再交代，不要让自己的女友曝光，让读者错过了一睹杨太太的机会。在活动现场，杨晨的女友看起来非常年轻，身材苗条，性格活泼，杨晨对女友关爱有加，两人十分亲密。杨晨的儿子2007年出生。

2015年11月，詹俊搭档杨晨在新浪解说亚洲冠军联赛决赛。

2016年欧洲杯期间，杨晨曾出任央视解说嘉宾。

2018年5月15日，中央电视台公布2018年俄罗斯世界杯解说阵容，五名解说员分别是贺炜、洪钢、朱晓雨、刘嘉远和曾侃。两名前国脚徐阳和杨晨将作为嘉宾。

杨晨的特点是速度快，技术好，头球好，但在射门技术上有所欠缺。此外，他球风偏软，在给队友传球的时候力量不够，容易被对方断球。（艾曼.特劳特评）

杨晨的速度快，球技好，是一个技术全面而且十分优秀的球员。（杨晨前经纪人福尔克·施拉普纳评）

杨晨，一个闪光的名字，犹如一道闪电划破中国足球昏暗的夜空。（媒体人董路评）