顺治十六年（1659年），郑成功抗清部队撤离浙东后，清朝廷制造了“通海案”，杨越因探狱以解友难，被遣戍宁古塔。

康熙元年（1662年）二月十一日，杨越同妻子范氏告别老母和两个幼子杨宾、杨宝，赴宁古塔戍所。对于塞外荒凉诡异的景象，同路的难友中有的人吓得面目失色甚或大声恸哭，而杨越却神色自若。

到戍所后，康熙三年（1664年），因沙俄入侵黑龙江，杨越在这年的二月被征编入伍，充当水兵。兵役结束后，他见当地土著旗人主要从事渔猎，而“耕者绝少”，于是首倡“满汉人耕与贾”。

杨越一面传播汉族先进的知识和技术，一面将自己所携带的布匹等拿来与当地居民交换鱼皮等物品，使之知道市集交换的方法、知识。他还教土著民族以造屋取暖之术（火炕）；同时教以《四书》《五经》《史记》《汉书》等儒家经典，传播中原文化。