2011年3月31日凌晨，杭州东站扩建工程站场既有线8道成功转入新线路3道，标志着东站工程年内第一次转线任务完成。4月16日前夕，杭州东站扩建工程既有9道成功转入新建4道，标志着杭州东站站场原既有轨道转线任务全部完成。4月18日上午，沪杭高铁东站线最后一片梁板铺设完成，至此，上海虹桥至杭州东站高铁全线合龙。

2013年3月20日，杭州东站挂起标识牌。6月30日上午8点，杭州东站正式对外售票并对社会开放，同日，地铁火车东站站开通运营。7月1日，随着G7503次列车缓缓驶出站台，杭州东站正式投入运营。

2014年1月1日，杭州东站西广场投入使用。7月15日上午10点，杭州萧山国际机场火车东站航站楼投入使用。

2019年9月25日，浙江杭州东站枢纽铁路换乘地铁开启“免检模式”。杭州东站枢纽地铁安检处正式上移至铁路到达层大厅层，乘客从高铁出站后可免安检直接进入地铁站乘车，实现无缝对接换乘。11月12日起，杭州东站启动电子客票应用实施推广工作。

2020年6月20日起，杭州东站全面实施电子客票。

杭州东站位于中国浙江省杭州市上城区全福桥路2号。

截至2019年12月，杭州东站总用地面积40公顷（600亩），总建筑面积32万平方米。东站设有东、西两大广场，占地488亩，广场建筑总面积81.3万平米；其中东广场占地185亩，地上建筑面积16万平米，地下建筑面积21万平米；西广场占地300亩，地上11万平米，地下33万平米。杭州东站开通时只启用了东广场，西广场主体部分于2014年1月1日投入使用，环站北路、新塘路、天城路三个下穿铁路隧道以及西广场公交枢纽也同步开通。

杭州东站的站房设计以“钱江潮”的建筑形式为主题，以此体现出杭州“精致和谐、大气开放”的城市形象和从“西湖时代”迈向“钱塘江”时代的时代特征。“动车”的外形，塑造了一个充满动感的、具有鲜明时代特征和未来感的新型车站。在车站站房功能设计上，杭州东站遵循以人为本的原则，注重流线组织，缩小换乘距离，旅客进站和出站的流线简介顺畅、短捷，站内导向直观明确，把最大的空间、最便捷的通道、最好的环境留给旅客，室内高空间、雨棚开敞通透，建设投入与维护成本兼顾，确保一百年不落后。整个东站依靠96根斜顶梁柱支撑起来，其中36根位于候车大厅内，60根位于候车大厅外，每根斜柱都是由4至6厘米厚的钢板卷制，基本上每根钢管都有98吨重，东西出入口正对候车广场的4根大柱更是每根超过百吨。整个东站工程各种钢制部件加起来共有8万多吨，焊接的焊缝数十万条，在制作过程需运用到两台1100吨的轨道吊车和15台380吨大吊车，和上千名焊接技工。

候车大厅的采光形式和空调方式是内部空间设计的重点。屋顶通过均匀分布的采光天窗提供均匀柔和的自然光线。整个主站房共装点了13275盏灯，其中在候车大厅，天花板上的灯共有5400多盏。空调送风与回风系统根据大空间的布置采用更灵活的方式，隐蔽在结构体系之中，不设单独风塔。

杭州东站分五层结构，地上2层，地下3层。其中地上一层为火车站台层；地上二层为高架出发层，由3条双向4车道的城市高架组成，可以实现车辆在东、西广场、站房的互通；地下一层为出站层（出站大厅），旅客可以在此直接坐出租车出站；地下二、三层（地铁部分为地下一、二层）分别是杭州地铁1号线与杭州地铁4号线的站厅层和站台层，乘客可以在此坐地铁离开。

杭州东站采取上进下出的模式，到站内候车需要到地上二层的高架层，从一楼到二楼，步行可以通过扶手电梯；如果开车则要走车行通道，整个候车大厅都围绕有车行通道及落客平台。候车大厅共有28个检票口以南北各半分布，共服务28个站台（15个站台面），每个检票口供两个站台使用。杭州东站支持站内换乘，换乘旅客到站后可手持车票根据指示牌和工作人员指引，直接由检票口逆向进入候车室。候车室的东西侧设有两个夹层，内设有办公室和洗手间，夹层上方是商业区域：有各类快餐、便利店企业进驻。候车层有3个售票厅，共计有12个人工售票窗口和51台自动售票机分布在候车层的南北两侧，能照顾到来自各个方向的旅客。

地下一层即为出站层，乘客到达目的地后从站台通道便可下到出站层。这一层预留了出租车候客区，在出站大厅南北两侧的位置，另外在东广场方向设立公交车换乘点，乘客不出站就能够换乘公交车或出租车，实现零换乘。此外，杭州地铁也在到达层设置了火车东站站的出入口。到达层设有两个铁路售票处，乘客可以在此进行车票的购买和互联网购取票服务。到达层东西两侧各设交通换乘中心，可根据指示牌换乘不同交通工具。

截至2021年1月，杭州东站设有15座站台，其中侧式站台2座，岛式站台13座，共28个站台面，包含4条正线在内共有28条到发线，包含2条独立正线共30条股道，设有三个车场，自西向东分别为：1～13站台及站线为宁杭甬场，上行引入宁杭高速铁路和艮山门动车所出库线，下行引入杭深铁路；14～25站台及站线为沪杭长场，上行引入沪昆高速铁路沪杭段和艮山门动车所出库线，下行引入沪昆高速铁路杭长段；26～28站台及站线为普速场，引入沪昆铁路，沪昆铁路独立正线设在27、28站台股道中间，另外在普速场东面还规划预留沪杭磁悬浮3台4线。

杭州东站的自动售票机分布在候车层、出站层和站台层。其中，候车层的南北两侧，设有51台自动售票机，能照顾到来自各个方向的旅客。出站层的两个自助取票处，设有37台自动取票机，这两个自助取票处分别位于出站层的东西两侧。站台层（地面1楼）东面换乘大厅的“1F铁路售票处（东）”售票处，设有28台自助售（取）票机。

候车大厅设旅客服务中心，并提供导乘及咨询、重点旅客、公安制证、失物招领等服务，提供红帽子有偿行李搬运服务。换乘大厅咨询服务台提供咨询和导乘服务，为乘客免费提供针线包、指甲钳、妇女用品、急救药品、手绘杭州地图、东站枢纽明信片、借用轮椅、婴儿车的服务，以及有偿接驳车服务。

在火车东站，可到二层“北2售票处7号窗口”办理临时身份证，需提供一张一寸照和身份证号码。如果没有随身携带一寸照，可到二层“北2进出口”处拍照。

候车室的东西侧设有两个夹层，夹层上方是商业区域：有各类快餐、便利店企业进驻。

旅游集散中心位于杭州东站的西广场，于2016年7月7日正式启用，是集旅游交通集散、旅游信息咨询和旅游服务于一体的城市旅游公共服务平台，为零散旅游客流提供“集聚—扩散”的平台。

在火车东站，乘客从高铁下来，可以免安检，直接进入地铁站，实现“无缝换乘”。如果乘客经由外部进入东站枢纽，需要在火车东站乘坐地铁，仍需要经过安检通道才能入站乘车。

2013年暑运，杭州东站日均开行列车143.5对，累计发送旅客378.2万人。

2016年，杭州东站全年发送4834.73万人次，同比增加22.15%。

2017年端午假期首日，杭州东站发送旅客23.35万人次。

2019年杭州东站发送旅客7190万人次。其中，4月5日发送30.7万人次，创历史新高，五一假期五天发送132.6万人次，暑运62天发送旅客1364万人次，首次超过上海虹桥站，成为华东地区铁路客运量最大的车站。中秋小长假4天共发送93.13万人。

2020年，杭州东站全年共发送旅客约4650万人次，客运总量首次超越上海虹桥站，居中国铁路上海局集团有限公司第一位。其中，春节期间日均发客量仅为1万人次左右；清明假期期间最高单日发送旅客量为11.48万人次；五一小长假首日发送旅客20.3万人次；中秋国庆假期11天累计发送旅客237.3万人次，发送量位列长三角铁路客站首位，最高峰10月1日发送旅客27.2万人次，创下疫情以来该站的发客量新高。

2021年，杭州东站年全年旅客发送量5274万人次，排名华东地区第一位。其中，春运共发送旅客400.04万人次，客发量位列长三角地区首位。暑运累计发送旅客942.55万人，发送量位列长三角地区铁路客站首位。国庆11天发送旅客228.42万人次。

2022年春运，杭州东站发送旅客363.23万人次。暑运62天，杭州东站累计发送旅客902.3万人次，发送量位列长三角地区铁路客站首位。国庆小长假9月28日至10月8日累计发送旅客189.6万人次，最高峰10月1日当天发送旅客26.1万人次。

2023年春运，杭州东站发送旅客579.7万人次，发送量位居长三角铁路客站前列。暑运62天累计发送1409.6万人次。9月27日至10月8日累计发送284.3万人次。

2024年春运，杭州东站发送735.8万人次。4月4日发送26.2万人次。

截至2022年9月，杭州东站设4条地铁线路，分别位于杭州东站站房下方的火车东站站和杭州东站东广场的火车东站（东广场）站。

杭州长运公路汽车站位于杭州火车东站东广场，于2014年1月15日启用，从2015年9月1日起火车东站公路汽车站新增乌镇、西塘等多趟班车。具体的方向、班次如下：

在杭州东站的地下一层即为出站层，预留了出租车候客区，在出站大厅南2以及北2两侧的位置，旅客到达后可在到到达大厅南3以及北1两侧出租车候车点候车，乘客不出站就能够换乘公交车或出租车，实现零换乘。

杭州东站标识方案由杭州东站枢纽建筑外观幻化而来，简洁、沉稳；整体看过去又形似莲蓬，代表江南意蕴；建筑下方的地平线采用书法枯笔，虚实结合，更具动感，寓意列车飞驰而过。右上以“东”字起首章为点缀，画龙点睛，代表杭州东站。

杭州东站是杭州的东大门，上海、宁波进入杭州主城的必经之路。根据杭州市城市总体规划，城东新城位于“一主三副六组团”总体布局结构的几何中心，南接钱江新城，东联下沙副城，是杭州实施“决战东部”战略的核心平台。