1940年4月，浙江省英士大学医学院附设高级护士、助产两职业科单独划出，成立浙江省立杭州高级护士助产职业学校，校址在天台东乡坑边村，校长由原医专校长王佶教授兼任。

1943年，学校增设药剂科，由教师王钦华负责筹建，并将学校改名为浙江省立杭州高级医事职业学校。

1946年春，学校回迁杭州，时设助产、护士、药剂、卫生四个专业。

1948年2月1日，校本部迁入教仁街新址。

1952年下半年，学校更名为浙江省杭州卫生学校，学科设置发生了很大变动，助产科与护士科划出。

1956年夏，学校迁至老浙大校址办学。

1960年9月，成立杭州医学院，中国科学院院长郭沫若为院牌题词。招收医疗系、卫生系、中医系及药专等新生，中专调整为药剂、检验、放射、卫生等四个专业。

1961年5月，杭州医学院撤销，医学院学生转入浙江医学院及杭州卫生学校医士专业。

1962年上半年，杭州药材学校、浙江省卫生干部进修学校、杭州卫生学校三校合并，学校对内一套班子、对外二块牌子（杭州卫生学校、浙江省卫生干部进修学校）。

1964年，卫生部将该校列为全国8所重点联系学校之一。

1971年4月，学校停办。

1974年10月，学校复办，更名为浙江省卫生学校。

1981年8月，浙江省人民政府决定将浙江省卫生学校和浙江省卫生干部进修学校两校合并为一个领导班子、两块牌子，承担中专、干训两项教学任务。

1992年，浙江省卫生厅成立了全省乡村医生培训总校，挂靠在该校。

1993年，学校通过办学水平评估，被国家教委、卫生部和浙江省人民政府确定为省部级重点中专学校。

1999年12月，浙江省人民政府批准学校筹建浙江医学职业技术学院。

2000年，浙江省人民政府同意通过土地置换方式，学校迁址杭州滨江高教园区，升格筹建浙江医学职业技术学院。

2002年7月，由浙江医学职业技术学院（筹）更名为浙江医学高等专科学校（筹）；同年9月，学校迁入滨江高教园区。

2004年5月，经教育部批准，学校正式升格并更名为浙江医学高等专科学校。

2012年11月，入选卓越医生教育培养计划。

2014年1月，浙江省人民政府批准将滨江校区置换给浙江中医药大学。

2016年3月，经教育部批准，升格并更名为杭州医学院。

2018年，临安校区启用，普通本专科新生均在临安校区报到、就读；同年11月，与浙江中医药大学签订滨江校区移交协议。

2019年9月，浙江省人民政府批复同意，杭州医学院与浙江省医学科学院合并组建新的杭州医学院。

2022年12月10日，担任浙江省新医科发展联盟副理事长单位。

截至2024年4月，学校设有14个教学单位，开设24个招生专业。

截至2024年4月，学校在职教职员工1073人，有中国科学院院士2人，中国工程院院士1人，有“百千万人才工程”国家级人选、国家有突出贡献中青年专家、国家“万人计划”科技创新领军人才等9人次，国家卫生健康突出贡献中青年专家、享受国务院政府特贴、科技部创新人才推进计划中青年科技创新领军人才、国家自然科学基金优秀青年基金获得者、省有突出贡献中青年专家、省高等学校钱江学者特聘教授、省“万人计划”杰出人才（科技创新领军人才、青年拔尖人才）、省“新世纪151人才工程”（第一层次、第二层次）、省杰出青年科学基金获得者、省高等学校教学名师等75人次。有全国先进工作者1人，全国“五一”劳动奖章获得者、全国卫生系统先进工作者、省劳动模范、省最美教师等14人，全国、全国科技系统、全国卫生健康系统抗击新冠肺炎疫情先进个人4人，浙江省抗击新冠肺炎疫情先进个人18人。

截至2024年4月，学校有三个一级学科硕士点，三个专业学位硕士点；建有1个国家临床重点专科；1个省一流学科（A类），4个学科为省一流学科（B类）；有2个浙江省医学重点学科群，17个厅局级重点学科（支撑学科、创新学科）。

截至2024年4月，学校有国家级一流本科专业建设点3个、省级一流本科专业建设点4个，有国家级一流课程5门，省级一流课程123门。

截至2024年4月，杭州医学院共有三级甲等直属附属医院1家，非直属附属医院14家，教学医院61家，校外实践教学基地200余家。

截至2024年4月，学校建有8个省级重点实验室，4个省工程研究中心，1个博士后科研工作站。建有国家药品监督管理局药物GLP认证机构、国家甲型肝炎减毒活疫苗毒种保存中心、浙江省血吸虫病防治中心、浙江省实验动物管理办公室等18个科技服务平台。

截至2024年4月，2018年以来，学校获得省部级及以上科研项目567项，其中国家级科研项目178项，省部级及以上成果奖励15项，国家授权专利1061项，在国内外高水平的学术刊物上年均公开发表论文超过500篇。

截至2021年8月底，杭州医学院图书馆馆藏纸质图书68万余册，电子图书108万册，订阅中外文期刊700余种，并订购了中国知网、万方数据、维普、中华医学期刊全文数据库、中国生物医学文献服务系统、Scopus等中外文数据库，以及新东方多媒体学习库、京东读书、超星移动图书馆等多种数字资源。

截至2022年9月，学校公开出版发行《国际流行病学传染病学杂志》《浙江实用医学》《浙江医学教育》等学术期刊。

学校坚持开放办学，与美国乔治亚州立大学、北卡罗来纳大学教堂山分校、英国西英格兰大学、南威尔士大学、阿尔斯特大学等17所高校合作开展学生联合培养，推动学生国际交流，拓展国际视野；与美国乔治亚州立大学等高校建立合作关系，推动构建教师海外进修平台；引进葡萄牙、罗马尼亚、日本等国家的外籍专家教授，促进学校师资国际化发展；与世界卫生组织、哈佛大学公共卫生学院、美国马里兰大学、南加州大学等国际组织和高校建立联系，深化国际学术交流合作；探索“一带一路”沿线国家和地区的交流合作，签署了血吸虫病防治研究合作备忘录，提升国际化办学水平。

目前，学校已成为“一带一路”国际医学教育联盟（BRIMEA）、中国国际教育交流协会、中国-中东欧国家高校联合会、中国高等教育学会引进国外智力工作分会等国际平台的会员单位，国际化办学水平明显提升。

求真 博爱 创新 服务

“求真”就是要坚持实事求是、崇尚科学、追求真理，倡导“学以至理、行以至诚”。

“博爱”就是要坚持开放大气、救死扶伤、尊重生命，倡导“爱众亲仁，厚德包容”。

据2021年10月学院网站信息，杭州医学院共有学生社团43个，成员3600余人；有学生志愿者组织7个，会员数量1600余人，参与培训等活动835人次；红十字会组织1个，会员数量100余人，参与培训等活动112人次。

截至2024年4月，学校官网显示，杭州医学院占地957174.93平方米（1435.76亩），校舍建筑面积40.36万平方米。有临安、黄龙、滨江、青山湖四个校区。学校依山傍水、因山取势，新中式屋顶和红白镶边的灰墙建筑展现出医学院校特有的厚重文化底蕴和庄重优雅格调。学校也一直致力于不断改善校园环境生态，打造“健康、宜居”校园。

临安校区位于杭州市临安区颐康街8号。2024年5月3日，临安校区二期建设项目获批，正式买入实质性建设阶段。临安校区二期建设项目位于临安区锦南新城东部，一期校园北侧，占地约700亩。整体规划为教学科研区、生活区、运动区三大功能区块，拟新建教学楼、科研楼、师生公寓、食堂餐厅、体育场馆等28幢建筑，总建筑面积约221500平方米。二期布局承接一期南北向校园主轴，置入东西向医德轴，南北向博学轴，这些轴线将校园各大功能区块串联起来，形成大气且蓬勃的校园格局，将博学厚德、精医济世等精神内核渗透到校园每个角落。建成后，校园总占地面积将拓展至1200亩，可容纳的学生人数将超过12000人。

滨江校区位于杭州市滨江区滨文路481号。

黄龙校区位于杭州市西湖区天目山路182号。

青山湖校区位于杭州市临安区青山湖街道创业街218号。