1998年10月经杭州市编委批复单独设置，并设立杭州市环境管理体系认证咨询中心。2003年成立了杭州市清洁生产审核服务中心。本院从事区域、流域环境问题的研究，承担生态环境保护建设规划的编制；持建设项目环境影响评价乙级资格证书，从事各类建设工程、工业园区建设项目环境影响评价，区域环境质量评价与预测；系获国家环保总局资格备案的环境管理体系专业咨询机构，从事ISO14000、ISO9000标准、环境标志以及清洁生产的宣贯、培训和咨询等技术服务。 院下设办公室、科研中心、环评中心和咨询中心；拥有一大批中、高级工程师和专家，获国家环保总局环评资格证书35人、国家注册环境管理体系审核员证书16人，专业人才荟萃，监测仪器和实验设备完善。