实行四块牌子一套班子的管理体制，四块牌子分别为：杭州市道路运输管理局、杭州市公路稽征处、杭州市客运出租汽车管理处、杭州市道路运政稽查支队。

杭州市道路运输管理局主要行使公路客货运输管理职能；杭州市公路稽征处主要行使公路养路费稽征管理职能；杭州市客运出租汽车管理处主要行使客运出租汽车行业管理职能。同时，我局对市属余杭区、萧山区和其他五个县（市）所实行业务领导，承担业务指导。

全局现内设机构12个处室，下设机构10个,内设机构:办公室、组织人事处（宣传处）、监察室、财务处、政策法规处、投诉中心、安全处、客运处、货运处、出租车处、信息中心、办证中心；下设机构：征收处、机动大队、上城处、下城处、拱墅处、江干处、西湖处、滨江处、开发区管理处和西湖景区管理处。