更新时间：2022-03-30 14:10
1979年8月，《杭州教育学院学报》创刊，为季刊。
1989年，该刊并入《杭州师范学院学报（综合版）》。
2002年，该刊刊名变更为《杭州师范学院学报（自然科学版）》，刊期变更为双月刊。
2008年，该刊刊名变更为《杭州师范大学学报（自然科学版）》。
2014年12月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。
《杭州师范大学学报（自然科学版）》主要刊登数学、物理、化学、生物与环境、信息工程及体育等基础理论、应用研究型论文。
《杭州师范大学学报（自然科学版）》设有学术论文、学术综述、教学研究等栏目。
据2011年10月杭州师范大学学术期刊社官网显示，《杭州师范大学学报（自然科学版）》编委会责任编辑有2人。
责任编辑：马加佳、王晓玥。
2009年11月，杭州师范大学举行《杭州师范大学学报》创刊30周年纪念会暨学术报告会，会上专家学者就研讨高校学报发展的新思路和新举措发表意见。
《杭州师范大学学报（自然科学版）》被中国科技核心期刊、中国知网、万方、维普、美国《化学文摘》（CA）、德国《数学文摘》（ZBl）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、美国《乌利希期刊指南》（UPD）、《中国数学文摘》、中国生物学文献数据库（CBA）、波兰《哥白尼索引》（IC）等数据库收录。
据2019年4月6日中国知网显示，《杭州师范大学学报（自然科学版）》共出版文献3471篇。
据2019年4月6日万方数据知识服务平台显示，《杭州师范大学学报（自然科学版）》载文量为2097篇。
据2019年4月6日中国知网显示，《杭州师范大学学报（自然科学版）》总被下载423939次、总被引9282次、（2018版）复合影响因子为0.417、（2018版）综合影响因子为0.270。
据2019年4月6日万方数据知识服务平台显示，《杭州师范大学学报（自然科学版）》被引量为5275次、下载量为38652次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，该刊影响因子为0.38，在全部统计源期刊（6735种）中排第3599名。
《杭州师范大学学报（自然科学版）》获得首届《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖。
办刊理念
《杭州师范大学学报（自然科学版）》以传播与交流杭州师范大学校内外最新科学技术成果为己任，在组稿中注重基金项目和重大选题，鼓励新兴学科和交叉学科研究，努力反映学科前沿的学术动态。
注：表中为2011年10月杭州师范大学学术期刊社官网显示的信息