该报这样记载：“有西人自北京来，传述初六、七日中国朝局既变，即有某国驻京公使署中人，前往康氏弟子谭嗣同处，以外国使馆可以设法保护之说讽之。谭嗣同说：丈夫不作事则已，作事则磊磊落落，一死亦何足惜；且外国变法未有不流血者，中国以变法流血者，谓自谭嗣同始……。”

因为报道“戊戌六君子”被杀消息，遭勒令停刊。二十六年八国联军入侵北京前夕，与北方志士谋劫光绪帝南迁，未成，杭辛斋见事已不可为，又见义和团兴起于山东，于是匿迹于山东德州一带，以看病行医自活，做韬晦之举。

此后，他又与其连襟彭翼仲一起，在北京先后创办了《中华报》和《京话日报》。1904年8月，《京话日报》在北京创刊，这是一份以市民为对象的时事性政治报纸，由于“通篇概用京话，以浅显之笔，述朴实之理，纪紧要之事”，大受北京读者的欢迎，发行额曾超过万份，是当时北京影响最深广、声誉最显赫的一份报纸，彭翼仲和杭辛斋二人也因此成为中国近代报刊史上著名的报人。

《京话日报》创刊后的翌年，即1905年，杭辛斋加入中国同盟会，锐意革命。不久，1906年9月，彭翼仲和杭辛斋这一对连襟合办的两报都不期然遭到了厄运———《京话日报》因揭露军机大臣瞿鸿禨纵容卫兵抢掠行凶、《中华报》也因刊登了题为《保皇党之结果》一文（文章披露了保皇党成员吴道明即潜入北京从事秘密活动的广东人梁尔煦等在北京被捕及被解往天津、后由袁世凯下令秘密处决的消息），使清廷勃然大怒，两报岌岌可危，后竟一齐遭到查封，其罪名是“妄议朝政，捏造谣言，附和匪党，肆为论说”，两报的主持人彭翼仲和主笔杭辛斋双双被捕入狱，关押在刑部，后分别被押解至其原籍衙役禁锢（即所谓“递籍”）。

1906年10月，杭辛斋由警方押送，被押解回海宁，“交地方官严加禁锢”，其妻女也随同返回。

杭辛斋被押解回故乡后不久，1907年下半年，江、浙两省的绅商和人民掀起了反对清政府向英国出卖沪杭甬铁路权的斗争。此前杭辛斋不独有报人之名，他也曾创办过实业，即在辽东开办有“富华公司”、在北京开办有织布厂，他还创办有“国民捐”，“集金累百万”，是晚清著名的工商人士，也是近代浙商的代表人物之一。于是当各地开始兴办实业以抵制列强和外商的侵略之时，人们不约而同地想到了杭辛斋，浙江各地的代表遂上书请求开释杭辛斋，海宁的士绅（包括王国维等）也纷纷为之申诉，亟请释放他。

此时，浙路拒款（对外借款）风潮大兴，当时浙江全省代表在杭州的浙江两级师范学堂召开拒款大会，到会的宁（宁波）属代表张让三、台（台州）属代表王燮阳和项士元等一致提议，请予开释杭辛斋，大会也以全体一致通过了这项要求，复又请王文韶等领衔上书，力白其冤。后来，海宁的地方长官也循舆论所请，向清廷浙江当局交涉恢复杭辛斋人身自由的要求，即“杭君既为舆论所归，实业又属地方之事，当即通详省台核办矣。”（见1907年5月14日《神州日报》）岂料，已被递解回籍的杭辛斋又因发表了对苏杭路的演说被地方官捉拿，后经当地绅民力争，始获自由。最后，浙江巡抚增韫奏请清廷，将杭辛斋“留办实业”，于是，被恢复了人身自由的杭辛斋出任了增韫设立的浙江农工研究会的会长（后为浙江农会会长），主办了《农工杂志》。又与许行彬合办《浙江白话新报》，宣传民主革命，并提倡白话。

辛亥革命前夕，杭辛斋常与陈其美等聚会密商。杭州新军起义时，旗营清兵五千人企图负隅顽抗。杭辛斋只身冒险入营说降，使全城顺利光复。被推举担任浙江军政府领导职务，坚辞不就，于1911年11月18日，创办了《汉民日报》。1912年春，当选为国会众议院的议员，随即入京参事，途中又在天津创办有《民声报》。

当时正值袁世凯帝制运动的酝酿时期，袁世凯对他先是进行收买，曾以阁员及10万银元和北京大耳胡同的豪华宅第为饵，进行收买，不为所动，此后杭辛斋又毅然参与倒袁的斗争，结果又遭到了逮捕。

杭辛斋初在天津办《国闻报》时，袁世凯练兵小站，时相聚晤。一次，杭辛斋说袁世凯“你将来必定要做皇帝”。袁世凯答称：“我做皇帝必先杀你!”不意10余年后，此番戏言几成谶语。辛斋被捕后，直到次年6月袁病死才恢复自由。随后他南返上海，旅居上海期间，杭辛斋还参与组织了“全浙公会”。当时他还被公推为上海“市民施诊医院”、“矿业协会”等的主持人。

1917年南下广州，参加孙中山领导的护法运动，出席国会非常会议，被举为惩戒委员长。

1921年回到上海，受孙中山委派，任宣传部长，并创办新闻学会。

1923年，孙中山委任杭辛斋、陈独秀等为中国国民党本部参议。同年，杭辛斋与国会14名议员联名提请查办冯玉祥、王怀芝拥戴曹锟贿选总统。

1924年1月6日，广州中国国民党第一次全国代表大会召开前夕，浙江的中国国民党党员在西湖刘庄召开会议，推举出席大会的浙江代表。

按照当时的程序，孙中山指定了部分代表的名额，即浙江的沈玄庐、戴季陶、杭辛斋三人，但此时杭辛斋已病体不支，无法出席大会，于是后来改推张君谋出席，但张亦未出席。

1924年1月20日，中国国民党一大在广州召开，沈玄庐和戴季陶分别当选为中国国民党中央候补执行委员和中央执行委员，由此可以判断：如果杭辛斋身体无恙并到会的话，他也会是中国国民党改组后的一名重要人物。

1924年1月24日，杭辛斋在上海病逝，时年55岁。

杭辛斋逝世后，1月27日《申报》刊登了“举殡”启事，中国国民党一大特致电哀悼，孙中山等人送了花圈，孙中山还题写“忠贞谅直”挽词。邵飘萍和王用宾等也在北京发起并刊登了“公祭杭公辛斋通启”（见《京报》）。

1月28日，杭辛斋在上海出殡。追悼会，中国国民党上海执行部、全浙公会、浙江省宪协进会、研几学社等30多个团体参加了祭奠，由褚辅成主祭，当时孙中山、张继、谢持、柏文蔚、蒋尊簋以及浙江都督卢永祥、省长张载阳和齐燮元、何丰林等都为之赠送了挽联。追悼会后，其灵柩由专车护送回乡，杭辛斋的骨灰送至长安镇海宁中学附近安葬，墓碑为嘉兴褚辅成手书，当时他的一位如夫人也随之迁居至杭州守墓。

杭辛斋曾组织《周易》学术研究会，名研几学社，在学社曾担任《周易》主讲，撰写《周易》讲义，《易楔》六卷。另外还撰写了《学易笔谈初集》、《学易笔谈二集》《易数偶得》《读易杂识》、《愚一录易说订》、《沈氏改正揲蓍法》。这些著作合称《杭氏易学七种》，由研几学社于民国八年印行。

编著有《易学丛书》以及《白话痛史》、《猪仔记》等。

另有天津古籍出版社影印研几学社本

《学易笔谈》《读易杂识》杭辛斋撰，辽宁教育出版社收入《新世纪万有文库》。

1912年杭辛斋被袁世凯逮捕，在狱中，他遇到了一段酷肖大仲马笔下《基督山恩仇记》的经历。

原来，在缧绁中，与他同监的是一位须眉皓白的长者，这位老人一见杭辛斋，惊诧道：“昨夜愚易卜，知有妙人当来，原来是君。君有夙慧，吾道有传人矣。”不曾想，这位长者却是一位精通《易经》的高人，后来他在狱中传授“易学”于杭辛斋，杭辛斋也精研不懈。及至袁世凯病死，杭辛斋出狱，他又遍搜天下的“易学”著作，未几竟多达400余种，随后他南返上海，从事“易学”的研究的写作。杭辛斋后来就以著名的“易学”学者而知名天下，当时他还与山西王用宾（曾任国民政府的司法部长）等发起组织有“研几学社”，其实就是“易学”的一个学术团体，杭辛斋任该社的主讲，后来他著有《一苇草堂笔记》、《易学丛书》（合20卷）等。（近年辽宁教育出版社等又重印了一些他的“易学”著作，可惜他早年的报章文字却无人收集和整理了。）

1966年冬天，因为原先葬在海宁中学附近的杭辛斋及夫人的墓被人破坏，里面的遗骨也被随意弃置，长安镇肖王村村民谢某冒着风险，偷偷去捡了杭辛斋和夫人张氏的遗骨，与其父母一起葬在肖王村栗树下68号西侧。直到1995年，谢某之子谢少华遵照母亲的嘱咐，让人浇筑了一块杭辛斋与夫人张氏的墓碑。

2010年4月4日清明节，长安镇肖王村村委会通知谢少华把其祖父母位于栗树下的坟墓迁往公墓，栗树下将进行土地平整。

2012年04月11日上午，长安镇文化站分别跟谢少华及肖王村村委会进行联系，在文化站协调下，杭辛斋及夫人的坟墓和谢少华祖父母的坟墓将暂时原址不动，并做相关保护。

另一方面，文化站也在积极跟上级部门反映此事，并尝试建议将杭辛斋墓保护起来，有计划迁址到合适的地方。

文化站站长褚自法表示，目前长安镇正在申请浙江省历史文化名镇。此次发现杭辛斋及夫人遗骨被保存，可以说是一件推进长安镇历史文化建设的好事，所以文化站呼吁有关部门能重视起来，能把杭辛斋墓进行重建。