次日，吉田茂内阁官房长官增田甲子七未经调查就诬指为工会所为。检查当局遂以列车颠覆致死罪起诉国铁工会会员10人和东芝松川工厂工会会员10人。日本政府趁机迫害工会和日本共产党。

1950年福岛地方法院初审，判处被告全部有罪，其中10人死刑。1953年仙台高等法院复审，判处17人有罪，3人无罪（判决二十名日本共产党员与爱国工人各种重罪。其中，铃木信等五人判处死刑；武田久等五人判处无期徒刑；斋藤千判处十五年徒刑；滨崎二男等三人判处十二年徒刑；佐藤代治等二人判处十年徒刑；大内昭三等三人判处七年徒刑；二阶堂园子判处三年半徒刑）。但社会上普遍认为罪名并不成立。1959年最高法院否决原判决，将该案退回仙台高等法院。

1961年仙台高等法院判处全体被告无罪，1963年最高法院予以确认。1970年日本政府只得向原被告支付 7，625万日元的赔偿金。