平安时代 1145年，摄政关白夫人源俊子诞下一子，即藤原基房日后的松殿家始祖。 保元三年，藤原基房以左大臣身份就任关白，开始与以平清盛为首的平家对抗，藤原基房与平清盛嫌隙不断扩大；同时平家实力的不断增大，也使后白河法皇与平清盛的对立日益明显。治承元年5月后白河法皇发起鹿谷阴谋，最终多田行纲告密后白河法皇策划失败；这次事件更加加剧了平清盛与法皇院政的矛盾。 治承三年，由于藤原基房擅自没收了平重盛原有的知行国（领国）越前国，使平清盛大怒，治承三年十一月十四日，清盛率兵从福原上洛，革除以基房为首的藤原氏反平氏亲贵，并圈禁后白河法皇。最终藤原基房于南都奈良出家，松殿家由年仅8岁的三男松殿师家继承。

源平乱世 寿永二年，木曾义仲率兵上洛攻入平安京藤原基房之女伊子，藤原基房趁机让师家担任摄政内大臣并获得藤原氏长者的身份。松殿家从近卫家抢回了摄关家的主导权。翌寿永3年（1184年）1月，木曾义仲军在与源范赖、源义经军的战斗中灭亡，松殿师家一族再度失去政治地位，松殿师家在摄关任仅仅两个多月而已。自此以后他处于隐退状态，在将近半个世纪的余生中始终未得回复一官半职。基房、师家先后引退并退出政坛。 松殿家逐步衰落。 室町时代 松殿基房和松殿师家的后人中大多担任大纳言之类的参议职务。南北朝时期，松殿家拥护后醍醐天皇，家族势力小有回升。但最终以南朝后龟山天皇与北朝后小松天皇谈和，南北再度统一，松殿家再度衰落 战国时期，松殿家绝嗣。