表示有机化合物一般用结构简式，通常省去碳氢键，有时也省去碳碳单键，或用键线式表示。

化学式是用元素符号表示物质组成的式子。分子晶体的化学式叫做分子式。如甲烷的分子结构式可以表示为→

结构式用“-”、“=”、“≡”分别表示1、2、3对共用电子；用“→”表示1对配位电子，箭头符号左方是提供孤对电子的一方，右方是具有空轨道、接受电子的一方。

确定一个化合物的结构是一件相当艰巨而有意义的工作。测定有机化合物的方法有化学方法和物理方法。化学方法是把分子打成“碎片”，然后再从它们的结构去推测原来分子是如何由“碎片”拼凑起来的。这是人类用宏观的手段以窥测微观的分子世界。50年代前只用化学方法确定结构确实是较困难的。例如，很出名的麻醉药东莨菪碱，是由植物曼陀丹中分离出来的一种生物碱，早在1892年就分离得到，并且确定其分子式为C17H21O4N。但它的结构式直到1951年才肯定下来。按照现在水平来看，这个结构并不太复杂。近年来，应用现代物理方法如X衍射、各种光谱法、核磁共振谱和质谱等，能够准确、迅速地确定有机化合物的结构，大大丰富了鉴定有机化合物的手段，明显地提高了确定结构的水平。

分子结构包括了分子的构造、构型和构象。构造是分子中原子成键的顺序和键性．以前叫做结构，根据国际纯粹和应用化学联合会的建议改为“构造”。表示化合物的化学组成式叫做构造式。

由于有机化合物中存在着同分异构现象，因此一个分子式可能代表两种或两种以上具有不同结构的物质。在这种情况下，知道了某一物质的分子式，常常可利用该物质的特殊性质，通过定性或定量实验来确定其结构式。

结构式不同而化学式相同不一定是同一种物质，其性质也往往不一样。比如各种有机物的同分异构体，化学式相同，但是结构式不一样，就显示出性质的差异。更不必说相同化学式的不同类物质，比如二甲醚和乙醇的分子式均为C2H6O，但其结构不同。

随着计算机的普及，现代化学化工行业中有机物结构式的输入成为一大难题。现有的键盘、输入法中无法完成复杂结构式的录入。行业人员主要是通过专业的软件进行电脑输入：

1.化学语言编排软件

该软件较为简单，通过庞大的数据库收录了化学学科中经常用到的结构组成部分，用户可直接点击完成所需结构式、分子式等的录入，同时可将书写的结构式方便导入到常用格式的文档中。操作简单，在业界应用较为广泛。

2.化学金牌

利用Word中宏的功能，完成简单分子式的输入，对于复杂结构式较难实现。

3.ChemOffice

由国外推出的一款化学专业软件，可完成各种分子式、结构式等的输入，功能齐全。

4.ChemDraw Std 14 产品介绍：

化学家可以利用ChemDraw准确处理和描绘有机材料、有机金属、聚合材料和生物聚合物（包括氨基酸、肽、DNA 及 RNA 序列等），以及处理立体化学等高级形式。

化学家通过ChemDraw能够预先识别可能具有所需属性的化合物，再进行实际合成，从而达到节省时间和降低成本的目的。

ChemDraw可以预测化合物属性、光谱数据、IUPAC命名以及计算反应计量，节省研究时间的同时提高数据准确性。

这套功能强大的工具可以处理子结构查询类型（例如可变附着点、R 基团、环/链大小、原子/键/环类型和通用原子），无论化合物在商用、公共或内部数据库中以何种方式进行存储，均可实现快速检索。

ChemDraw是全球领先的科学绘图工具。它不仅使用简便、输出质量高，并且结合了强大的化学智能技术，集成ChemOffice套件和许多第三方产品，受到成千上万用户的喜爱。

ChemDraw包括一些可选组件：STATISTICA Base，用于更详细的数值分析；MNova Lite，用于快速处理NMR数据；化学脚本语言ChemScrip，用于将结构相关的过程自动化以及关联其它应用程序。

ChemDraw为化学家提供一套完整易用的绘图解决方案，包括绘制化学结构及反应式，并且可以获得相应的属性数据、系统命名及光谱数据。

利用计算机软件进行化学结构绘制是化学学科信息化和信息处理包括结构存储、检索、计算和设计的基础。对于化学教育和教学来说．使用化学结构式特别是三维结构，不但更加形象直观，而且是帮助学生建立“宏观一微观一符号”三重表征思维的有效手段。