林书扬坐牢长达34年又7个月，是台湾史上坐牢最久的政治犯。期间，林书扬的大哥、大嫂、三哥、四哥与母亲相继过世。面对家里一连串变故却不能回家奔丧的林书扬，无论是在绿岛集中营还是在泰源监狱，依然一贯地严肃而认真的面对自己那漫无终结的囚人生涯。

1984年12月17日，林书扬与同案人李金木被“假释”。出狱后，林书扬在大量翻译介绍进步思潮与政论的同时；开始发表自己的论点、建构台湾统派左翼纲领和运动理论，串连散居全岛各地的政治难友和志士同仁，高举爱国主义大旗，全力支持台湾统派左翼的组织活动。正如林书扬所自述的“本人假释出狱。初靠翻译赚稿费维生，后来开始自写。陆陆续续，不定期不定刊物。不论所写文章的题目是什么，说的是什么，意识立场和思想脉络是贯穿的。读者一读便知（有朋友担心因其如此，书可能卖不好）。但那是本人在三十四年七个月的长期狱囚生活中唯一的内部支持力量。不管别人怎么看怎么想，本人觉得自己的生命史已经证明了它。”

1986年，林书扬发起成立了促进中国统一的“台湾地区政治受难人互助会”。林书扬被推举为总会的第一届会长。林书扬与曾玉娴（政治受难人遗孀，原名曾玉娇）结婚时，400多位政治犯集聚一堂，“老同学”陈其昌创办的《远望》杂志还以婚礼作封面，题为《超过一万年的祝福》（台北：《远望》创刊第四集，1987年3月）。

1987年，在国民党“一党独大”的专制统治下，林书扬创办党外运动刊物《前方》。

1988年，林书扬参与推动“中国统一联盟”的筹备与成立，担任第一届执行委员。

1989年3月，林书扬发起组织“劳动党”，公开声明劳动党“是以争取劳动权益所结合的政党”，“主张社会主义，伸张社会正义”，“期望用参政的方式，直接改善劳工的福利”。为鼓舞同志士气，花甲老人林书扬亲任副主席。与此同时，林书扬发起组织翻译的《台湾总督府警察沿革志第二篇》（日据时期台湾社会运动史）五卷正式出版；为重建台湾左翼运动的历史与批判“台独”史观，提供了第一手的历史材料。

1991年4月21日，劳动党于台北市召开第二届全党党员代表大会，林书扬被选举为副主席，负责起草劳动党党纲的修订草案，并对修订的内容做了报告。

1992年，林书扬被选为“中国统一联盟”第五届主席（1992－1993）。

1992年，林书扬发起与日、韩、菲、印尼等亚洲进步人民团体的同志为了反对美国支持日本派兵海外，共同发起创立“全亚洲反对美日军事同盟及日本派兵海外运动联盟”（1995年正式名为“全亚洲反对美国－日本侵略与宰制运动联盟”，简称AWC）。

1999年国庆期间，林书扬应邀来京观礼新中国成立50周年大庆。

2000年，林书扬担任台湾劳动人权协会（简称：劳权会）会长、劳动党荣誉主席。

2001年10月20日，民进党在高雄市召开第九届第二次党员代表大会，林书扬等“中国统一联盟”会员率同200人在会场外集会，现场拉起写有“一个中国、两岸和平”的横幅，大声疾呼要求民进党废除“台独”党纲，并高喊“振兴台湾经济、实现福利社会”的口号。他们表示，民进党应该取消“台独”党纲，抛弃错乱的国家定位，真正给台湾一个机会，让台湾人民心里安定。

2002年2月22日至25日，第五届“东亚冷战与国家恐怖主义”研讨会在日本京都举行，林书扬率台湾代表团出席。

2002年起，林书扬推动长达6年的“新民主论坛”运动（“两岸和平发展·新民主·联合论坛”）。对此，他曾表示，或许在他们有生之年也看不到两岸统一；但作为台湾人，他充分理解到，两岸能够和平统一才是台湾人民最大的利益所在。

2005年3月21日，林书扬应全国台联之邀，就第十届全国人民代表大会第三次会议审议、通过《反分裂国家法》情况的座谈。

2010年起，《林书扬文集》全套四辑陆续在台北出版，即《林书扬文集（一）回首海天相接处》、《林书扬文集（二）如何让过去的成为真正的过去》、《林书扬文集（三）有了统一才能自决》、《林书扬文集（四）劳动者，团结起来》（人间出版社／2012）。

2010年，林书扬晚年因眼疾、免疫系统等身体问题，由妻子陪同赴北京接受治疗。

2012年，林书扬被所有“老同学”推举为台湾地区政治受难人互助会总会荣誉会长。

2012年10月11日深夜，林书扬因为长期系狱而积累体内的黄曲毒素所引致的肝癌，逝世于北京。

林书扬主张中国统一，但台湾人民的意见应获得尊重与确保。林书扬以为两岸的长期分裂现状，应该以和平原则处理，并以确保人民福祉为目标。

劳动党党纲

1991年4月21日，劳动党于台北市召开第二届全党党员代表大会，林书扬被选举为副主席，负责起草劳动党党纲的修订草案，并对修订的内容做了报告：

“一、确立我党的历史传承：我党的成立，除了深具时代意义之外，更有其长远的历史根源，是台湾人民左翼运动的一个延续性的存在。台湾人民左翼运动的第一期，是二○、三○年代日据下的反帝斗争；第二期，是五○年代国民党统治下的人民民主运动；左翼运动的香火不绝如缕，一脉相传至今，而有我党的肇造。如此的历史传承，显示了我党肩负的台湾人民左翼运动第三期人民民主与反帝相结合的重大历史任务。 二、明确的国家统一主张：基于社会主义的理念与思想指导，以及对于资本帝国主义的洞察，我党认为在新殖民主义时代，不可能存在一岛社会主义的现实。因此，台湾劳动人民要寻求解放，争取当家作主的权利，除了通过国家统一之外，别无他途，也只有在一个强大的社会主义中国之内，台湾的勤劳大众才能免于资产阶级与帝国主义的双重剥削与压迫。我党认为，国家统一是台湾劳动人民获得阶级与民族双重解放的具体保证。为了台湾勤劳大众的利益，我党无畏地提出国家统一的政治要求，并明确地写入党纲之中。”

批评龙应台

他严厉批评龙应台为国民党在五○年代台湾白色恐怖间的残暴罪行掩饰，龙应台在她的文章中竟然问出：“50年代的杀戮，究竟是伤天害理？还是光明正大？”

林书扬说：

“三十万南京大屠杀的日本行刑队，我们是否应该肯定他们的祖国爱和圣战信仰而不宜称呼他们「刽子手」呢。这样的论法明显地丧失了社会演进、历史发展的法则观，是个人主义凌驾社会观历史观的结果，也确是龙女士自我幽默的「世纪末」心态的一种。

龙女士说唯一的教训是「容认异己」的大原则。加重语气说「下一代的中国人应从杀戮中体认到『我也许不赞成你，但我抵死拥护你说话的权利』」，在原则上是对的。只是那一句重誓「抵死拥护」云云，和龙女士的基本论点似乎有一点矛盾。既然说相争的两边都有理「谁也不比谁高贵」，龙女士准备还去和谁争呢。坚持意见自由的权利的龙女士，如何「抵死」去和坚认某种意见有害于社会的一方，做抵死抗争呢？最后，把白色恐怖的牺牲代价只归结为言论自由范畴，是否也犯了「简化历史」的毛病呢？”

台湾社会运动

以运动中长期存在的反帝国主义口号为主线，说明了当前运动的现实斗争性与历史延续性：

“台湾史中的社会运动一开始就是反帝运动，而且是以民族主义和社会主义的思想原则的结合为运动的指导理念之后，我们就不难进一步理解，为甚么在当前的民族分裂局面下，台湾的民间统一运动仍然应该以民族主义和社会主义为思想基础。”

批评经济主义

1986年，他就已经在〈有关反垄断同盟的几点意见〉文中指出，台湾的垄断资本有可能因为两岸和谈乃至三通带来的经济整合而得以存活，从而使这种貌似促统的经济契机转而成为台湾“垄断体制的延命策”，从而为民族再统一造成障碍。后更指出，“经济主义可能因为完全无益于工人阶级的生计，反使他们无法认同统一。”

批评民间社会论

“〔南方朔〕对「民间社会」的这种提法，......只笼统地把凡不属公权力结构，而成为公权力行使对象的一切团体和个人，都归纳为民间社会，这是一种偷懒的机械化、单纯化的社会二分法...... 官民对立因而不是社会内在矛盾的唯一表现，也不是最大表现，而只是社会内在矛盾的衍生现象之一，最根本的社会矛盾，是统摄官民矛盾的阶级矛盾。”

2010年5月,《林书扬文集》四册在台出版。

林书扬先生是台湾史上坐牢最久的政治良心犯。他不但成就了台湾理想主义的人格典范，他的文论更为被挖去左眼视角的台湾社会留下了难得的知识良心。（中华全国台湾同胞联谊会旗下《台声》杂志 评）

对于日本的我们来说，林书扬同志也是一位给日本及亚洲人民解放运动指引道路的巨星。（日本共产主义者同盟（统一委员会） 评）

爱国主义者林书扬的一生是无可复制的，尽管遭遇前所未有的坎坷，却始终充满理想主义激情，迈着坚实的步伐走过去。（《为了面对的告别──敬悼林书扬先生》／关晓荣，2012年10月17日）

2012年10月21日，“林书扬同志追思告别式”在林书扬的故乡台湾举行。

2016年12月10日，台湾统左派理论家、领导人林书扬文论与实践纪念研讨会在台北举行。来自海峡两岸暨香港以及日本等地的专家、学者、社会运动人士200余人与会，探讨林书扬文论与实践在台湾社会发展以及维护两岸和平、完成国家统一的具体意义。