幼入私塾，中学入日本皇家学习院就读。二十一岁时与周竹君结婚。婚后再负笈东瀛，入东京帝国大学理科植物学系。学成返国，居厦门（时林家因割台内渡居于鼓浪屿），曾任慈勤女子中学校长，时年三十一。十年后辞职，举家迁往上海。光复后返台，四十一年四月任台湾省文献委员会委员；四十九年三月晋升第四任副主委，迄五十四年七月十六日退休。他热心教育文化事业，五十一年八月创办南山工业职业学校（今南山高中）于中和，任董事长；又在板桥创设大观幼儿园，推广社会教育。复专注于《台湾风物》杂志之发行。六十五年由乃叔林柏寿出资，筹组「林本源中华文化教育基金会」，任董事长，对有关台湾研究之赞助不遗余力。七十八年，夫人周竹君女士去世。八十五年八月，台湾风物社假台北联谊会庆祝其百岁寿诞。不幸次月即因肺炎长逝。遗三子四女，均学有专长，各有成就。其早年著作有《植物学大观》（译，厦门慈勤女子高级中学出版）、《生物学概观》（1930）、《细胞学总论》（译，1941商务）；来台后又着有《台湾省通志稿．土地志》「生物篇」（与陈兼善合撰）共三册，《台湾省通志．土地志》「植物篇」（与张庆恩合撰）五册，及有关台湾之植物之论文多篇。