2012年6月19日，中国农业科学院生物技术研究所西南研究中心在柑桔研究所挂牌成立，生物所所长林敏参加签订了生物所与柑桔所科技合作协议。

2015年4月27日，中国农业科学院生物技术研究所与隆平高科举行合作签约仪式，生物所所长林敏在合作协议上签字。

2020年12月26日，林敏研究员当选为中关村量子生物农业产业技术创新战略联盟第二届理事长。

2022年9月，受聘河南大学杰出人才特聘教授。

曾任“十五”国家“863”计划生物领域生物工程技术主题专家组专家、国家自然科学基金委员会第十一届生命科学部评审组专家。2009年国家杰出青年基金获得者。现为国家生物基因工程安全委员会委员、中国农业生物技术学会常务副理事长、中国生物工程学会副理事长。

主要从事水稻联合固氮微生物的功能基因组和合成生物学研究，以及抗除草剂、耐辐射、抗盐耐旱等特殊功能微生物基因资源的开发利用。

近年来主持和参加国家863计划“特殊微生物基因资源开发利用”、国家杰出青年科学基金项目“固氮施氏假单胞菌A1501功能基因组”、国家973计划“联合固氮菌固氮基因网络调控与酶催化分子机理”、国家转基因重大专项“抗逆和抗除草剂关键基因克隆及功能验证”、科技部国际合作重大课题“转基因成分检测技术的研究”等课题。

近年来开展了系统深入的研究工作并取得如下进展：

（1）完成了斯氏假单胞菌A1501全基因组测序,是国际上完成全基因组序列分析的第一例联合固氮菌。利用基因芯片、适时定量PCR和非极性突变株构建等方法，鉴定了一系列可能参与细菌氮信号传导或保持最佳固氮水平的新基因，开展了固氮系统进化、固氮网络调控、以及固氮调控元件和功能模块的合成生物学系统研究。

（2）从极端环境如新疆戈壁滩、核爆炸中心区沙漠土壤取样，建立了微生物生态基因组文库并开始进行了元基因组测序，鉴定了多株耐辐射微生物属新种，开展了耐辐射新种D. gobiensis I-0全基因组、转录组和蛋白组分析以及极端抗性机制的研究工作。获得一系列具有潜在抗逆能力如耐盐/抗旱的功能基因。耐辐射总体调控基因irrE在大肠杆菌中的表达增强细胞的耐辐射能力和提高细胞抗氧化能力，将irrE基因导入烟草、油菜中，明显提高了植物耐盐抗旱性能。

（3）克隆了一系列新型草甘膦抗性EPSPS编码基因。构建了含草苷膦抗性EPSP合酶基因和草甘膦N-乙酰转移酶（GAT）基因的单价和双价植物表达质粒，通过脓杆菌介导方法导入不具草甘膦抗性的烟草、油菜、玉米品种中，通过花粉管通道法转入棉花中，分别获得了能够耐受草甘膦的转基因棉花、油菜、水稻、玉米、大豆、小麦等。转基因棉花和油菜已进入生物安全评价的中间试验阶段，转基因抗草甘膦玉米已批准进入环境释放。

申请与抗草甘膦基因和耐盐抗旱基因相关的国内专利二十余项，国际PCT专利4项，其中获国内专利4项, 美国专利1项。培养硕士研究生12名，指导博士研究生15名。

主要论著

在PNAS， PLoS ONE，AEM， IJSEM, Microbiology，BMC Genomics等国际刊物上发表SCI论文40余篇，主编专著3部。

(1)Li S, Yan Y, Zhou Z, Yu H, Zhan Y, Zhang W, Chen M, Lu W, Ping S, Lin M. 2010. Single amino acid residue changes in subsite -1 of levansucrase from Zymomonas mobilis 10232 strongly influence the enzyme activities and products. Mol Biol Rep. DOI 10.1007/s11033-010-，0379，5

(2)Li, D., Y. Yan, S. Ping, M. Chen, W. Zhang, L. Li, W. Lin, L. Geng, W. Liu, W. Lu, and M. Lin. 2010. Genome-wide investigation and functional characterization of the beta-ketoadipate pathway in the nitrogen-fixing and root-associated bacterium Pseudomonas stutzeri A1501. BMC Microbiol 10:36

(3)Yan, Y., S. Ping, J. Peng, Y. Han, L. Li, J. Yang, Y. Dou, Y. Li, H. Fan, Y. Fan, D. Li, Y. Zhan, M. Chen, W. Lu, W. Zhang, Q. Cheng, Q. Jin, and M. Lin. 2010. Global transcriptional analysis of nitrogen fixation and ammonium repression in root-associated Pseudomonas stutzeri A1501. BMC Genomics 11:11

(4)Zhang, W., H. H. Zhu, M. Yuan, Q. Yao, R. Tang, M. Lin, S. Z. Yang, Z. K. Li, and M. Chen. 2010. Microbacterium radiodurans sp. nov., a UV radiation-resistant bacterium isolated from soil. Int J Syst Evol Microbiol 60:2665-70

(5)Zhao, Z., X. Ma, L. Li, W. Zhang, S. Ping, M. Q. Xu, and M. Lin. 2010. Protein cyclization enhanced thermostability and exopeptidase-resistance of green fluorescent protein. J Microbiol Biotechnol 20:460-6

(6)Ma, R., Y. Zhang, H. Hong, W. Lu, M. Lin, M. Chen, and W. Zhang. 2010. Improved Osmotic Tolerance and Ethanol Production of Ethanologenic Escherichia coli by IrrE, a Global Regulator of Radiation-Resistance of Deinococcus radiodurans. Curr Microbiol

(7)Peng, Z., Y. Yan, Y. Xu, M. Takeo, H. Yu, Z. Zhao, Y. Zhan, W. Zhang, M. Lin, and M. Chen. 2010. Improvement of an E. coli bioreporter for monitoring trace amounts of phenol by deletion of the inducible sigma54-dependent promoter. Biotechnol Lett 32:1265-70

(8)Jiang, R. P., D. J. Tang, X. L. Chen, Y. Q. He, J. X. Feng, B. L. Jiang, G. T. Lu, M. Lin, and J. L. Tang. 2010. Identification of four novel small non-coding RNAs from Xanthomonas campestris pathovar campestris. BMC Genomics 11:316

(9)Pan, J., J. Wang, Z. Zhou, Y. Yan, W. Zhang, W. Lu, S. Ping, Q. Dai, M. Yuan, B. Feng, X. Hou, Y. Zhang, R. Ma, T. Liu, L. Feng, L. Wang, M. Chen, and M. Lin. 2009. IrrE, a global regulator of extreme radiation resistance in Deinococcus radiodurans, enhances salt tolerance in Escherichia coli and Brassica napus. PLoS One 4:e4422

(10)Yuan, M., W. Zhang, S. Dai, J. Wu, Y. Wang, T. Tao, M. Chen, and M. Lin. 2009. Deinococcus gobiensis sp. nov., an extremely radiation-resistant bacterium. Int J Syst Evol Microbiol 59:1513-7

(11)Geng, L., M. Chen, Q. Liang, W. Liu, W. Zhang, S. Ping, W. Lu, Y. Yan, W. Wang, M. Takeo, and M. Lin. 2009. Functional analysis of a putative regulatory gene, tadR, involved in aniline degradation in Delftia tsuruhatensis AD9. Arch Microbiol 191:603-14

(12)Zhan, Y., H. Yu, Y. Yan, S. Ping, W. Lu, W. Zhang, M. Chen, and M. Lin. 2009. Benzoate catabolite repression of the phenol degradation in Acinetobacter calcoaceticus PHEA-2. Curr Microbiol 59:368-73

(13)Li, L., W. Lu, Y. Han, S. Ping, W. Zhang, M. Chen, Z. Zhao, Y. Yan, Y. Jiang, and M. Lin. 2009. A novel RPMXR motif among class II 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthases is required for enzymatic activity and glyphosate resistance. J Biotechnol 144:330-6

(14)Yan, Y., J. Yang, Y. Dou, M. Chen, S. Ping, J. Peng, W. Lu, W. Zhang, Z. Yao, H. Li, W. Liu, S. He, L. Geng, X. Zhang, F. Yang, H. Yu, Y. Zhan, D. Li, Z. Lin, Y. Wang, C. Elmerich, M. Lin, and Q. Jin. 2008. Nitrogen fixation island and rhizosphere competence traits in the genome of root-associated Pseudomonas stutzeri A1501. Proc Natl Acad Sci U S A 105:7564-9

(15)Zhao, Z., W. Lu, B. Dun, D. Jin, S. Ping, W. Zhang, M. Chen, M. Q. Xu, and M. Lin. 2008. Purification of green fluorescent protein using a two-intein system. Appl Microbiol Biotechnol 77:1175-80

(16)Dou Y., Yan Y, Ping S, Lu W, Chen M, Zhang W, Wang Y, Jin Q and Lin M. Expression profile analysis if the oxygen response in the nitrogen-fixing Pseudomonas stutzeri A1501 by genome-wide microarray. Chinese science bulletin, 2008,53(8):1197-1204

(17)Zhan, Y., H. Yu, Y. Yan, M. Chen, W. Lu, S. Li, Z. Peng, W. Zhang, S. Ping, J. Wang, and M. Lin. 2008. Genes involved in the benzoate catabolic pathway in Acinetobacter calcoaceticus PHEA-2. Curr Microbiol 57:609-14

(18)Liu, X., J. Wu, W. Zhang, S. Ping, W. Lu, M. Chen, and M. Lin. 2008. Resistance of Deinococcus radiodurans to mutagenesis is facilitated by pentose phosphate pathway in the mutS1 mutant background. Curr Microbiol 57:66-71

(19)Wang, Z., M. Chen, Y. Xu, S. Li, W. Lu, S. Ping, W. Zhang, and M. Lin. 2008. An ethanol-tolerant recombinant Escherichia coli expressing Zymomonas mobilis pdc and adhB genes for enhanced ethanol production from xylose. Biotechnol Lett 30:657-63

(20)Li, S. Y., M. Chen, G. Li, Y. L. Yan, H. Y. Yu, Y. H. Zhan, Z. X. Peng, J. Wang, and M. Lin. 2008. Amino acid substitutions of His296 alter the catalytic properties of Zymomonas mobilis 10232 levansucrase. Acta Biochim Pol 55:201-6

(21)Liang, A., J. Sha, W. Lu, M. Chen, L. Li, D. Jin, Y. Yan, J. Wang, S. Ping, W. Zhang, Y. Wang, and M. Lin. 2008. A single residue mutation of 5-enoylpyruvylshikimate-3-phosphate synthase in Pseudomonas stutzeri enhances resistance to the herbicide glyphosate. Biotechnol Lett 30:1397-401

(22)He, S., M. Chen, Z. Xie, Y. Yan, H. Li, Y. Fan, S. Ping, M. Lin, and C. Elmerich. 2008. Involvement of GlnK, a PII protein, in control of nitrogen fixation and ammonia assimilation in Pseudomonas stutzeri A1501. Arch Microbiol 190:1-10

(23)Dun, B. Q., X. J. Wang, W. Lu, Z. L. Zhao, S. N. Hou, B. M. Zhang, G. Y. Li, T. C. Evans, Jr., M. Q. Xu, and M. Lin. 2007. Reconstitution of glyphosate resistance from a split 5-enolpyruvyl shikimate-3-phosphate synthase gene in Escherichia coli and transgenic tobacco. Appl Environ Microbiol 73:7997-8000

(24)Jin, D., W. Lu, S. Ping, W. Zhang, J. Chen, B. Dun, R. Ma, Z. Zhao, J. Sha, L. Li, Z. Yang, M. Chen, and M. Lin. 2007. Identification of a new gene encoding EPSPs with high glyphosate resistance from the metagenomic library. Curr Microbiol 55:350-5

(25)Liu, Z., Z. Pan, Y. Xu, Z. Dong, Z. Yang, and M. Lin. 2006. Cloning and expression of a 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase gene from Halomonas variabilis. DNA Seq 17:208-14

(26)Xie, Z., Y. Dou, S. Ping, M. Chen, G. Wang, C. Elmerich, and M. Lin. 2006. Interaction between NifL and NifA in the nitrogen-fixing Pseudomonas stutzeri A1501. Microbiology 152:3535-42

(27)Liang, Q., M. Takeo, M. Chen, W. Zhang, Y. Xu, and M. Lin. 2005. Chromosome-encoded gene cluster for the metabolic pathway that converts aniline to TCA-cycle intermediates in Delftia tsuruhatensis AD9. Microbiology 151:3435-46

(28)Yan, Y., J. Yang, L. Chen, F. Yang, J. Dong, Y. Xue, X. Xu, Y. Zhu, Z. Yao, M. Lin, Y. Wang, and Q. Jin. 2005. Structural and functional analysis of denitrification genes in Pseudomonas stutzeri A1501. Sci China C Life Sci 48:585-92

(29)Sun, Y. C., Y. C. Chen, Z. X. Tian, F. M. Li, X. Y. Wang, J. Zhang, Z. L. Xiao, M. Lin, N. Gilmartin, D. N. Dowling, and Y. P. Wang. 2005. Novel AroA with high tolerance to glyphosate, encoded by a gene of Pseudomonas putida 4G-1 isolated from an extremely polluted environment in China. Appl Environ Microbiol 71:4771-6

(30)Desnoues, N., M. Lin, X. Guo, L. Ma, R. Carreno-Lopez, and C. Elmerich. 2003. Nitrogen fixation genetics and regulation in a Pseudomonas stutzeri strain associated with rice. Microbiology 149:2251-62

(31)Xu, Y., M. Chen, W. Zhang, and M. Lin. 2003. Genetic organization of genes encoding phenol hydroxylase, benzoate 1,2-dioxygenase alpha subunit and its regulatory proteins in Acinetobacter calcoaceticus PHEA-2. Curr Microbiol 46:235-40

2012年12月19日，林敏表示：种植转基因大豆的国家包括美国、巴西、阿根廷、巴拉圭、加拿大、乌拉圭、南非、墨西哥、玻利维亚、智利、哥斯达黎加。另外，已有不少国家和地区批准进口转基因大豆，包括澳大利亚、加拿大、日本、瑞士、英国、新西兰、俄罗斯、南非、泰国、土耳其、墨西哥、美国、哥伦比亚、菲律宾、中国大陆和中国台湾、欧盟、马来西亚等。我国进口的转基因大豆主要来自美国、巴西和阿根廷。

2013年2月，林敏接受采访时指出，转基因技术和杂交技术的比较，过程更精确、更快速。比如，转基因抗虫棉的杀虫蛋白基因来自于微生物，通过表达载体构件花粉管的载入转移到了棉花中，使棉花获得了常规育种不能获得的抗虫性状。

2013年6月21日，就转基因大豆致癌的说法，中国农科院生物技术研究所所长林敏认为这一缺乏科学根据的说法是不负责任的。林敏说：“如果一个协会站在自身和背后企业的立场，没有实验数据、不做同行评议、不调查研究、不听医学专家意见，就发布这样经不起推敲的言论，可能会引起不必要的恐慌，这实际上伤害了消费者的消费信心，伤害了转基因相关从业者和企业的利益，属于不正当的商业竞争，希望政府能进行适当的法律追究。”

2013年7月15日，林敏撰文指出：关于转基因技术及其产品，有三句话特别传神，一是“转基因技术是人类有史以来发展最快的技术”；二是“目前批准上市的转基因食品是人类有史以来研究最透彻、管理最严格的食品”；三是“转基因技术及其产业化在激烈争论中快速发展”，真实反映了转基因技术及其产业化发展历程与现状。

2013年8月，林敏表示：从科学层面而言，实际上，转基因技术与传统杂交育种技术一脉相承，本质上都是通过基因转移和人工选择的方式获得优良性状。转基因技术是一种中性技术，安全不安全关键在于转什么基因。

林敏指出：“八问主粮转基因化”文章，尽管其质疑转基因的论点与以往相比没有任何新意，缺乏理性分析，但言辞激烈，矛头直指转基因技术、转基因科技人员和相关主管部门。我们认为，转基因安全问题本质上还是一个科学问题，转基因争论只能本着科学的态度，以事实为依据，才能正本清源，远离谬误。

2013年8月30日，林敏说，转基因食品入市前都要通过严格的毒性、致敏性、致畸等安全评价和审批程序，不计算实验室时间，仅进入安全评价阶段一般需要三年以上时间，目前还没有其他食品经过了这样严格的安全评价。转基因食品与非转基因食品具有同样的安全性。

2013年9月3日， 林敏表示，关于转基因食品影响生育的说法极为荒诞。林敏说，“目前，全球转基因商业化应用已经17年，食用转基因产品的人口占到4/5，没有发生一例被证实的食用安全问题。”

2014年4月13日，林敏说：有一个错误的观念，就是以为杂交育种就是把天然的东西再拿来组配，现代科学完全不会。因为要那样做，今天我们就可能吃不饱饭，你也吃不好饭。

林敏说：如果说战略意义来讲，实际上最简单的一讲就是转基因是一个新技术，又是一个新产业，它具有巨大的应用前景，这是对转基因技术本身而言的，是吧！就是说这样一个技术，对于中国，作为一个最大的农业国家来讲，你不可能置身其外。

2017年9月，中国农业科学院生物技术研究所所长林敏告诉《瞭望》新闻周刊记者，转基因技术与传统技术本质上都是通过基因转移获得优良品种，但转基因技术可以打破物种界限，实现更为精准、快速、可控的基因重组和转移，提高育种效率。他表示：“转基因技术是指利用基因重组技术，将人工分离或修饰的功能基因导入生物体，从而使其在抗病虫、抗逆、营养和品质等方面满足农业生产和人类消费需求的一种技术。”

林敏表示，转基因安全不安全关键在于转什么基因、选择什么性状。如转基因抗虫玉米可以减少害虫对玉米的侵害，减少玉米感染真菌的机会，在存储过程中不会像非转基因玉米一样受真菌引起的毒枝菌素污染。

2019年3月，中国农业科学院生物技术研究所所长林敏说：“相比其它除草剂高毒、高残留而言，草甘膦低毒、低残留，在目前状况下，草甘膦的安全性是除草剂中最高的。”

2021年3月，林敏撰文指出：化学氮肥过度使用已成为我国保障粮食安全和生态安全的重大障碍。