历任福建农业大学农学系副主任（主持）、科研处处长、生命科学学院院长等职务，2008年9月任福建农林大学党委常委、副校长。系“国家百千万人才工程”第一、二层次人选，享受国务院政府特殊津贴专家，教育部高等学校优秀青年骨干教师，福建省优秀教师，第五届福建省教学名师，挑战杯全国优秀指导教师，获首届亚洲国际化感作用学术研讨会杰出成就奖，现为福建农林大学生态学、作物栽培学与耕作学学科（术）带头人，生态学国家精品课程主持人；兼任亚洲国际化感作用学会理事、中国生态学会理事、中国生态学会农业生态和化学生态专业委员会委员、中国作物学会栽培委员会水稻学组副组长、中国植保学会化感作用委员会副主任委员、教育部科技论文在线“生态学”和“作物学”方向专家、《中国农学通报》副主编、《中国生态农业学报》编委、第6届《应用生态学报》编委、第4届《应用生态学报》常务编委、《生态学杂志》编委、《福建农林大学学报》编委、《福建林学院学报》编委、第2届全国农学名词审定委员会委员、福建省生态学会副理事长等。长期从事水稻生理与分子生态学、作物化感作用与生态农业等方面的教学和科研工作，近五年先后主持国家和部省级科研课题20多项，在国内外发表学术论著200多篇（部），获农业部丰收计划一等奖1项（合作，排名第6）、福建省科技进步二等奖4项(排名第一3项、排名第二1项)、三等奖2项(排名第二1项、排名第三1项)、申请专利3项；获省级教学成果一等奖2项(排名第一1项、第二1项)、二等奖1项(排名第一)；先后指导博硕士研究生100多人、博士后9人。

1.生态学2.作物栽培学与耕作学

1.作物生理与分子生态学；2.植物化感作用及其分子机理

1.福建省水稻旱育稀植栽培技术，1997年获农业部丰收计划一等奖（排名第六）

2.水稻旱育稀植增产机理研究与应用，2001年获福建省科技进步二等奖（排名第一）

3.福建省主要生态农业模式研究应用，2003年获福建省科技进步三等奖（排名第二）

4.节水灌溉自动化控制系统研究与应用，2004年获福建省科技进步三等奖（排名第三）

5.水稻化感作用的分子生态学研究，2007年获福建省科技进步二等奖（排名第一）

6.福建地道药材莲子GAP关键技术研究，2007年获福建省科技进步二等奖（排名第二）

7.无公害优质稻米高产高效关键技术研究与应用,2008年获福建省科技进步二等奖（排名第一）

1、“水稻新品种（组合）高效生产与加工技术”(2004-2006)，福建省重大项目2004NZ01-4

2、“水稻化感作用的分子生态学研究”(2002-2006)，福建省重大科技专项2002F012

3、“富含r-氨基丁酸萌芽米糙米食品的研究开发”（2003-2006）福建省发改委重大技术装备研制和重大产业技术开发专项经费010224

4、“水稻对UV-B辐射胁迫响应的分子机理研究”(2006-2009)，国家自然科学基金项目30571103

5、“氮素营养调控化感水稻抑草作用的分子机理研究”(2004-2007),国家自然科学基金项目30471028

6、“水稻对UV-B辐射增强的抗性机制与基因定位”(2002-2005),国家自然科学基金项目30110043

7、稻米重金属污染机理与控制技术研究（2003-2006）福建省科技计划重点项目2003Y027

8、“水稻化感作用机制与基因定位研究”(2003-2006)，国家自然科学基金项目30070068

9、“强优势杂交稻及其亲本基因差异表达的规律与机制研究”（2008-2011），国家自然科学基金项目30741028

10、“不同供氮条件下水稻强弱势粒灌浆的分子机理研究”（2009-2012），国家自然科学基金项目30871494

11、“水稻强弱势粒灌浆差异的分子生态学研究”（2009-2012），教育部博士点基金项目

12、“Lsi1基因对水稻抗UV-B辐射的调节机制研究”（2010-2013），国家自然科学基金项目30971737

2017年9月2日，福建省人民政府决定免去林文雄福建农林大学副校长职务。