嘉靖四十一年(1562年)，林烃成进士，授刑部主事，升员外郎。隆庆初年(1567年)改南京兵部郎中，第二年转库部郎，署武选，废“烙马法”，为商人所拥戴。不久出知建昌府(今江西省南城县)，“听断敏决”，立待可成。百姓说他“两造无羁候之苦，旦费一升米”，称他为“林一升”。后转知太平府(今安徽当涂县)。张居正迎母入京，途经太平府。有人劝他要备厚礼迎候，他大怒：“要我搜刮民脂民膏巴结权贵，做不到！”以后他两次入京也都没有到张府去问候。太平府原有规定，每年可从芜湖关上缴千余金为“郡守费”，但林烃不要，并取消了这个旧例。

万历二年(1574年)，林烃因母逝回乡守孝，期满补苏州知府，不久升广西按察副使。万历八年兄林燫病逝，林烃悲痛欲绝，请行归养。一直到了16年后起补为浙江金衢副使，转广东岭南参政，升南京太仆少卿。在任期间，他振刷马政，并请求废除矿税，释放无辜官员，没有被采纳，林烃愤而辞官，但朝廷却要重用他，升他为正卿，转大理，以后下旨升他为北京刑部侍郎，还没有赴任，又改升为南京工部尚书。