光绪二十三年（1897）为韶州府拔贡第一名。光绪三十一年（1905）受朝廷委派到日本考察学务。光绪三十二年（1906）创办北江书院（今北江中学），同时任韶州府中学堂监督，督办六县中学。光绪三十四年（1908）回乡，任英德官立高等小学堂监督。宣统三年参加续修县志（兼任文牍）。民国初期任教于横石水龙屋学校。

林耀东故居“草草草堂”。东侧辟花果园，名曰：“小东园”。林耀东常以东园为题创作诗文。著有《东园丛草》、《东园诗文遗稿》。