中华人民共和国成立後，虚云老和尚驻锡云门。一九五一年发生「云门事件」，五二年老和尚受中央之请，北上抵京，参加「中国佛教协会」筹备会议。在京时驻锡广济寺，其间曾应请到上海主持「祝愿世界和平会议」，继而又到杭州、苏州主持法会，五三年四月返京，参加了「中国佛教协会」的成立大会。事先筹备会欲推老和尚为会长，老和尚坚辞。会後曾到山西大同，朝礼云岗大佛。回京後请假离京，当道者劝他到庐山养病，这样老和尚才有庐山之行。

老和尚在大林寺期间，果一曾陪著他往九江能仁寺、靖安宝峰寺礼佛，自然也去朝礼东林寺远祖道场。果一曾把他发愿中兴东林之事禀告老和尚，老和尚对他说∶「你可以去住茅蓬，有著东林寺这样祖师道场，就是守著一砖半瓦，也比茅蓬强得多。」果一敬闻教诲，铭记於心。是年七月，老和尚要去云居山，中兴真如禅寺，时老和尚身边只有侍者觉民一人，果一禀告老和尚，他要随侍同去，另外两位僧侣也要同去，老和尚应允，命他三人先到云居山察看，并做准备。

虚云老和尚中兴云居的因缘，其中经过，记载在《虚云和尚年谱》上。《年谱．一九五三年》记载∶

五月，师偕侍者觉民南行．．．取道入庐山，以陈真如居士已先在匡庐相候也，在庐山住大林寺。

六月，有数禅人，自云居山来，为师言，日寇中原，以云居山险峻，易藏游兵，遂将真如寺全部焚毁。今只见毗卢遮那大铜佛，兀坐於荒烟蔓草中耳。师恻然伤之，念云居自唐代元和年间开山，历代祖师最胜道场。自道容祖师开山，弘觉道膺继之，其後齐禅师、融禅师、老夫舜、佛印了元、圜悟克勤、大慧宗杲，皆曾任该寺住持．．．以历代祖师道场零落至此，傥不重兴，将湮没矣。遂发愿重修。先请准当道，往云居结茅，居士祝华平等愿相伴送，师遂於七月初五日入云居山。

云居山在庐山之东，占地三百馀里，属江西省永修县管辖，层峦青翠，望若插霄，及登山顶，又为大片平地，群峰环抱，有若天然城廓。老和尚抵达之日，果一预在山下迎候。沿西路登山，沿途所见，消壁插天，荒草没膝，盘山二十馀里，果一扶持老和尚前进，遇到陡险狭窄之处，甚至背上一段路。抵达真如寺，但见断垣残壁，瓦砾荒榛。附近有破屋数间，觉民、果一及二僧临时栖止。老和尚爱静，择定距破屋半里处，果一等伐木取材，搭盖了一处茅屋，由老和尚独居。

初到山上时，除老和尚外，只有果一等四个人，不到一个月，各地衲子闻风而至，已有四、五十个人。老和尚命果一为真如寺副寺，照应众人生活。以後人数与月俱增，寒冬渐至，住的方面，可以伐木取材，搭建茅蓬；而一日两餐，食指浩繁，也煞费周章。亏得上海慈善家简玉阶居士，捐施净资，维持道粮。而采购运输，由果一一身任之。渡过寒冬，老和尚筹划修建殿宇，及垦荒种植。是时山上僧侣已逾百人，老和尚乃升果一为当家师兼知客，把僧侣分为两组，善土木工程者，修造殿宇；善耕耘种植者，从事垦田。

果一在老和尚身边任事，前後一年多，到了是年秋天，山上各种人才俱备，工程和种植都进行得很顺利，此时他乃禀知告老和尚，说明他欲返回庐山中兴东林的愿望。老和尚点头应允，果一拜别老和尚，回到庐山。他到东林寺去挂单，不意寺中僧侣告诉他说，东林寺是子孙庙，不接受挂单，而被拒於门外。果一感慨万分，心中发愿∶

东林寺本是远公初祖开创的道场，与十八高贤在内的百馀人共结莲社，六时念佛，何等风光。而今竟沦为子孙庙，远公有知，当作何想？我有生之年，定要中兴东林，革此陋习。

他住不进东林寺，乃到九峰马尾，另结茅蓬，仍度其念佛潜修的生活，以待机缘。他朝夕系念∶「身居九峰，心怀东林。何时才能达到中兴东林的宿愿？」皇天不负苦心人，七年之後，机会终於来了，一九六一年，中共国务院的周恩来南下视察，在庐山管理单位人员陪同下，也去视察了东林寺。周恩来当场指示∶「东林寺是中国佛教圣地之一，在历史上有极大的影响，应该列为重点文物予以保护。」

由于周恩来的指示，庐山管理当局奉命唯谨，不等果一去找他们，宗教科的人便去找到果一师，请他去住持东林寺。果一乃迁锡东林寺，他宿愿得偿，立即展开行动。他到东林寺之初，以殿宇年久失修，倒塌的固是断垣残壁，未倒塌也是残破不堪。甚至於屋檐下就是农民的菜园。寺中虽有寺产，但零零落落的两三亩地，也都荒芜著。他拿寺产与农民交换，先收回院落中的土地。继而就有出家人来依附的，他来者不拒，率众垦荒，一则自给，再则与农民交换，收回寺院周围的寺产，并进一步修葺殿堂，经过数年的努力，东林寺初具规模。

可是到了一九六六年，文化大革命开始，东林寺和果一又遭到厄运。果一和常住僧侣都被赶出寺院，粗具规模的东林寺也受到破坏。果一乃又回到九峰茅蓬，自耕自食，度过十年艰苦岁月。

「十年浩劫」过去，一九七八年，果一又被有关部门找回东林寺，他一切从头开始，再来一一整修。一九八○年，中共「十一届三中全会」之後，寺院交还给出家人管理，果一正式成为东林寺住持，他恢复十方丛林旧制，开单接众。进而更积极进行建设工作，用尽一切办法，向政府请求补助，向四方善信募化，先後修复了慧远祖师塔，佛陀跋陀罗和尚塔，斋堂、莲社、三笑堂、藏经楼等等；新建了山门、五百罗汉堂，重新开凿莲池，种植莲花。 而最为艰钜的工程，是重建「大雄宝殿」。这座大殿，矗立在两公尺四高的大理石月台上，大殿正面宽七间，深二十四公尺，高十九公尺，总面积八百三十六平方公尺；大殿内的西方三圣像，高达五公尺，法相庄严。这一座大殿，气势雄伟壮观，在长江沿岸大寺院中，可说是首屈一指。东林寺中兴重建，到一九八九年才大部分竣工。重建後的东林寺总面积一万馀平方公尺，而寺产──包括自行开垦的及以价购买的，已达到两百馀亩。其中可耕田种植农作物，另有一部分山林地，种植松柏杉竹，使寺中常住达到自给自足的目标。

东林寺中兴的过程中，并不是一切顺利，其间也历经许多纠纷。在寺院权益受到损害时，他不惜聘请律师，依法律途径来解决。这在当时的社会风气来说，是一项创举。《江西日报》上曾登载说∶「宗教人士学法用法的典型。」

果一和尚身为方丈，他一切以身作则，出坡劳作，身居人先；上殿过堂，从不落後。他一生坚持清修苦行，严於律己，生活简朴，有出人想像者。东林寺施工期间，他到湖北宜兴采购建筑材料，往返路上，他以自带的馒头咸菜果腹，不浪费三宝的钱财。他恪遵古训，三宝钱财，买酱油的钱不能买醋。语云∶「众生受业力之支配，菩萨以愿力为目标。」果一和尚以中兴东林为愿力，实是大菩萨行。

他第二度回到东林寺，感於僧材缺乏，首先礼请福建海灯和尚，山西净天法师等到寺中为常住讲经；继而在东林寺开坛传戒，以续佛慧命，绍隆佛种。例如一九九三年，他生前最後一传戒，戒子达千馀人之多。由第一次传戒後，他即著手筹备「江西佛学院」，其间也是经过种种困难，终於在一九九二年开始招生。为了礼请优良教师，编定教材，也费了他无限心力，他亲自制定「信念持名，一门深入，修学并重，以修为主」的办学方针。他为了弘扬净土法门及净宗文化，一九九一年发起组织「净土宗文化研究学会」，并向真禅、明　、惟贤、海灯及黄念祖、郑颂英等缁素大德徵询意见。此学会於一九九二年成立，并於是年召开过学术会议，同时也由学会发行了《净土》杂?。

果一和尚晚年，先後担任过中国佛教协会常务理事，江西省暨九江市佛教协会会长，以及江西省人民政府政协常务委员等职务。果一和尚自一九六一年住入东林寺，其间除「十年浩劫」的文化大革命期间外，他为东林寺尽瘁二十馀年，把一所残垣断壁的破落道场，中兴重建为庄严名刹。一九九四年初，他计划雕刻一座四十八公尺高的阿弥陀佛石像。他特别由西安聘请佛像美工师，美工师尚在途中，他三月四日发病，五日向身边弟子一一交待後事，特别关照知客师，西安美工师来时，一定要好好招待。三月六日午後，在弟子念佛声中示寂。世寿七十三岁，僧腊、戒腊各五十年。