相传最早为唐代采铜留下的矿坑，以后山泉流注，积水为潭。因含矿质，潭深水黑，又常有不明物翻腾搅动，人们即传为神龙藏身之处，故名之曰龙潭。柏子潭在北宋初年已很有名气，祈雨灵验，建有五龙祠，并有官方的祭祀活动。从宋代至民国，每年六月初六，滁人都前往祭祀。元至正十四年（1354），朱元璋驻兵滁州，天旱无雨，前往柏子潭祈雨得应。洪武六年（1373）遣文原吉祭祀柏子潭，改封“柏子龙潭之神”。十九年（1386），命崇山侯、工部侍郎刘仲廉董役起庙，及浚龙潭。潭周为楼，极其壮丽，树立御制碑文及祭文。朱元璋的垂青奠定了柏子潭的尊崇地位。清康熙年间，“潭上之楼久废，止存遗址及龙王庙三楹。”至1936年，龙潭“只西北角一湾清水了。现潭上楼已废，只剩石础十六，潭中石柱四根”。以后，龙潭渐被填埋，不可复见。近年，滁州新建南京太仆寺景区公园，于西南侧发掘出龙潭遗址，龙潭才得以重见天日。