更新时间：2024-05-21 14:07
基因定位克隆中获得基因序列的方法大致有[18]：①对关键部位进行直接测序，已经可以对500kb左右的区域进行直接测序；②比较基因组作图和测序，具体原理在下面讲述，有关的信息可从http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/中得到；③位置候选分析（positionalcandidateanalysis），从某种程度来说，它将成为基因定位克隆的标准步骤，它是在被克隆的基因（往往是ESTs形式）和它们相应的染色体位置收录在：http：//www-shgc/stanford.edu/cgi-bin/smsg#GOTO；④基因结构特征分析，这方面主要有三种方法：HTF岛作图（非甲基化CpG二核苷酸）、进化保守区分析和外显子捕获。HTF作图法根据的是稀有切割酶对基因组DNA的特征性切割，产生可识别的标记，如基因的5’端和CpG二核苷酸等，有人又称这为限制性标记基因组扫描(restrictionlandmarkgenomescanning，RLGS)[19]；⑤cDNA捕获，它是根据基因组DNA和已知cDNA序列同源，它们就能形成异二聚体。这样将二者接上接头杂交后，再经过PCR扩增等即可得到未知基因。
比较基因作图(comparativegenemapping)或比较物理图谱(comparativephysicalmaps)
基因非编码区的进化明显比编码区快得多，通过对不同种已知基因的比较可以发现，不同种属的基因编码区有相当高的同源性，因此可以利用这个特性进行基因作图和基因定位。也就是说，一旦某一性状被定位于动物染色体的一特定区域，这些信息（附近的ESTs和候选基因等）也可以移植到人的相应区域；同时，对一些不能在人体进行的致死性状的研究可以在动物染色体上定位后，再映射到人类染色体的相应位点。在这方面比较新的方法是L-yons等人的比较锚定标签序列（comparative anchor-taggedsequence，CATS）[20]和Marklund等人的异种二聚体分析（xenoduplexanalysis）[21]。CATS扩增不同脊椎动物的相同编码序列，比较适合于对单一外显子的扩增，由于进行连锁分析的遗传多态性在较短的编码区内比较难发现，且CATS扩增出来的序列长度一致，限制了体细胞杂交体图谱的构建，要克服这些困难又要花费大量的人力物力。异种二聚体分析是在CATS基础上改进变而成，它是将不同物种的PCR产物混在一起进行变性、复性，这样同源的二条链就可杂交在一起，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离出异种杂交体进行分析，采用体细胞杂交体（SCH）作图法作图。
关于基因的染色体定位尚有不少其它的方法，不过这些方法几乎均与上述介绍的方法相关，或者是与以下的一些方法结合，如：显微分割法（microdissection）、荧光活化细胞分选方法（fluorescenceactivatedcellsorting，FACS）、变性寡核苷酸引物PCR（degenerateoligonucleotideprimerPCR，DOP-PCR）、体细胞杂交体（interspersedrepetitivesequencePCR，IRS-PCR）等[16，22]。
MeyneJetal.MethodsinMolecularBiology，Vol33：InSitu
Hybridizationprotocols.ChooKHAed.HumanaPressInc.Totowa，NJ
，1994.