1984-85赛季查尔顿录得史上最低的平均入场人数，只有5,104人。多年的财务混乱包括1984年在高等法院的破产审讯终于引发球队改组为查尔顿体育（1984）有限公司。因无力支付庞大的维修费用，被迫迁出使用了66年的山谷球场，与邻近的水晶宫共同使用塞尔赫斯特公园球场。但在1986年，由罗伦斯领导的查尔顿却意外取得乙组亚军，近30年来首次升级顶级联赛，不过这次在甲级联赛只维持了4年。1989年3月查尔顿当时的主席艾尔温在胡尔域治大会堂宣布重返山谷球场的计划，翌年1月格林威治市议会反对重建已被废弃的山谷球场的审批要求，查尔顿的球迷愤而组成山谷政党参加地区选举，获得14,838票，迫使市议会在1991年4月通过新修订的山谷球场改建计划。但查尔顿不幸在1990年宣告降级。

重回山谷球场

带领查尔顿长达9年的罗伦斯在1991年辞职转往米德尔斯堡，由预备队教练古比士利及史蒂夫·格迖共同接替职务。1991年开季时山谷球场改建尚未完成，查尔顿唯有借用西汉姆联的乌普顿公园球场为主场。因资金短绌，承建商一度撤离山谷球场，查尔顿被迫以70万镑将罗拔·李尔卖给纽卡斯尔联及山谷投资基金筹得超过1百万镑才令工程得以继续。1992年12月5日查尔顿终于重返改建的山谷球场，1比0击败朴次茅斯。1995年古比士利开始单独领导查尔顿。1996年18岁的年青射手保耶以300万镑破青年转会费的纪录加盟利兹联。1996-97赛季山谷球场计划扩建西看台使容量增至20,000人。

1998年他们藉著升班附加赛胜出获得首次在英超亮相，那场比赛在温布莱球场与桑德兰打成4-4，最终凭互射十二码至突然死亡阶段，7-6气走对手。同年山谷球场西看台扩建完成开放，并再一步扩建北看台。虽然一个赛季就回到英甲，但查尔顿卷土重来，只花一个赛季又回到英超，而且这次终于站稳了脚步。由于曾经财务危机导致差点倒闭的教训，查尔顿是现时英超中最量入为出的球队。在2004年1月转会窗限期，柏加富争议地以 1,000 万镑转投富豪球队车路士。而查尔顿亦取得自1952-53赛季以来在顶级联赛第7位的最佳成绩，刚错过了参加欧洲足协杯的机会。古比士利才于夏季时购入新球员补充实力，包括丹麦国脚罗美度、谢菲斯及梅菲相继来投，刚好用了900万镑，希望成绩更上一层楼。2004-05是查尔顿百周年会庆，可惜的是表现不进反退，只能在中游徘徊，最终排名第11位，再一次缘悭欧洲赛事。

在2005年夏天转会市场中，查尔顿从友会借用俄罗斯中场史马田及乌拉圭中坚苏朗度 ，并罗致了老将基斯·鲍维、中场岩布斯和年轻前锋戴伦·宾特等。此外，小将汤马士个人突破能强，吸引了不少球迷的目光。锋线方面，除了号称“禁区之狐”的谢菲斯被借用到格拉斯哥流浪，戴伦·宾特、乌尔、列斯比、巴列特、祖汉臣，加上从意大利回流的保夫莱特和从后支援的罗美度都是以速度见称的前锋，查尔顿在快速反击中将具有非常威胁力。

2006年4月29日任教长达 15 年的库比甚利宣布于赛季后离职。5月30日前水晶宫领队伊恩·道伊获委为新领队。11月3日领队道伊遭解雇，任教联赛12战只获两胜，球队处于榜尾位置。11月14日道伊的助手莱斯·列特获指派继任领队。12月24日莱斯·列特只能带领球队获得1场胜仗，前西汉姆联领队帕德鲁签约三年半成为球队这赛季第三名领队。可惜柏祖未能协助查尔顿挽回颓势，查尔顿在2006-07赛季英超联赛只得19名，来届降落英冠作赛。

浮沉于英冠英甲

查尔顿降落英冠后首个赛季，只排名11，未能取得升回英超的成绩。至2008年11月，查尔顿因为在英冠联赛连续八场不胜跌入降班区，球队辞退领队柏祖，改聘柏坚逊为领队，但未能挽回颓势，结果查尔顿这届只取得英冠24名，来届再降一级至英甲比赛。

查尔顿在英甲作赛了三个赛季，终于在2012年取得英甲冠军，在2012-13赛季重返英冠作赛。2015-16赛季，查尔顿得英冠联赛倒数第三名，2016-17赛季降回英甲作赛。