柯卫东1984年大学毕业后，即随我国著名水生蔬菜专家孔庆东教授，开始在全国范围内广泛征集水生蔬菜种质资源，行程10多万公里，足迹遍及我国20个省，征集保存水生蔬菜种质资源1200多份。1990年经农业部专家组成的评审小组审定后，正式挂牌成立“国家种质武汉水生蔬菜资源圃”，该圃规模被专家评定为“国内首创，国际罕见”。

为了广泛收集保存我国野生水生蔬菜资源，柯卫东深入到云南、贵州、四川等偏 远地区，发现并收集到许多珍稀的野生水生蔬菜资源。2003年，作为农业部“948”科研项目“优质水生蔬菜品种资源及安全生产关键技术引进”首席科学家，柯卫东又奔赴泰国、越南等东南亚国家，收集了一大批丰富的国外水生蔬菜品种资源。

1998年，柯卫东主持水生蔬菜资源圃工作后，先后完成了农业部、中国农科院等下达的水生蔬菜种质资源收集、整理与保存等基础性工作，在全国32个农作物种质资源圃中，水生蔬菜种质资源圃是最具特色的资源圃之一。目前，水生蔬菜种质资源圃保存资源1700余份，成为世界上最大的水生蔬菜种质资源圃，为我国水生蔬菜的研究和生产奠定了坚实的基础。“水生蔬菜种质资源的征集、评估及应用研究”课题于1999年获得国家科技进步二等奖、湖北省科技进步一等奖等。

1996年，柯卫东申请并获批武汉市青年科技晨光计划“莲试管藕的诱导技术研究”。经过5年多的刻苦攻关，他领导的科研小组攻克了莲藕茎尖 易污染、茎尖易变褐、茎尖分化和继代增殖速度慢等一系列难题，于2000年7月诱导出世界第一支试管藕。专家评审后一致认为该研究达国际领 先水平，中央、省、市电视台以及全国各大新闻媒体都对此作了专题报道，在社会上产生广泛影响，并入选武汉市2000年度10大科技新闻。研 究论文发表在《武汉植物学研究》上，并在2000年北京举行的国际园艺作物学术研讨会上宣讲，引起国内外专家学者的关注。2002年，“莲藕 微型种苗工厂化生产技术中试”获得国家成果转化基金项目资助。2000年7月世界首例试管藕在武汉市蔬菜科学研究所水生蔬菜研究室诞生。

20多年来，柯卫东等系统地开展水生蔬菜种质资源分类、鉴定、评估研究，调查积累科研数据在10万个以上，为我国水生蔬菜种质研究积累了大量原始资料，发现特异资源10余份，评选出优异资源2份并获农业部优异资源奖、优良资源25份。

2005年，由孔庆东教授任主编，由柯卫东任副主编的水生蔬菜种质资源专著《中国水生蔬菜品种资源》（中英文对照）问世，该书是我国第一部系统阐述我国水生蔬菜种质资源著作，对国内外水生蔬菜研究和生产有较高的参考价值。

在茭白种质资源研究过程中，柯卫东系统整理我国茭白种质资源，并于1994年提出茭白种质资源的分类体系，在国内首次提出茭白不同黑粉菌之间存在差异的新观点，由此提出茭白育种的创新途径。

柯卫东等人还较早地运用RAPD分子标记等分子生物学方法研究莲藕种质资源的遗传多样性，认为美洲莲与中国莲的花莲之间在DNA水平上差异不大，遗传背景与花莲相似。藕莲、子莲、花莲可能由不同遗传背景的野生莲演化而来。他的这种观点对深入研究我国莲种质资源具有开启作用 。

2003年，柯卫东主持承担了国家科技部和财政部科研项目“主要水生蔬菜种质资源描述规范和数据标准”的制定。在以往研究的基础上，经过2年多的紧张编写，《莲种质资源描述规范和数据标准》、《茭白种质资源描述规范和数据标准》、《芋种质资源描述规范和数据标准》、《蕹菜种质资源描述规范和数据标准》、《水芹种质资源描述规范和数据标准》等5部专著已完稿，作为国家农作物种质资源技术规范丛书。

在研究莲试管藕诱导技术的同时，柯卫东还主持开展了芋、慈姑、荸荠等水生蔬菜组织培养的研究工作，在国内较早掌握了芋、慈姑、荸荠等 微型营养器官诱导的关键技术。

20多年来，柯卫东主持开展了水生蔬菜的系统选育、杂交育种、突变育种、多倍体育种、单倍体育种等多途径育种研究，主持或主要参与选育 水生蔬菜新品种（系）20余个。其中，鄂莲1~5号及鄂茭1~2号是国内水生蔬菜中率先通过省级品种审定委员会审定的7个品种，鄂莲系列莲藕新 品种已成为国内莲藕主栽品种。

水生蔬菜新品种的选育多在水中进行，又正值炎热高温季节，工作又脏又累。柯卫东不仅亲自设计制定育种方案，而且还下到水田，同研究人 员一起杂交、选种、调查，一顶草帽，一身泥衣，完全像个长年种地的农民，许多人见到他时，还真不敢相信眼前这位青年人就是一位知名的 蔬菜专家。

针对湖北省、武汉市发展水生蔬菜得天独厚的自然条件，依托国家种质武汉水生蔬菜资源圃技术和资源力量，打造水生蔬菜强省强市战 略，是柯卫东迫切思考和解决的问题。特别是1998年他走上水生蔬菜研究室领导岗位以后，更觉责任重大。借助我国农业产业结构调整的契机 ，柯卫东经常深入到湖北省的孝感、汉川、洪湖、宜昌、沙洋等县市以及武汉市东西湖、蔡甸、新洲、江夏等地，走访当地政府部门和农户，积 极宣传、推广水生蔬菜新品种和新技术。

为推动湖北省和武汉市水生蔬菜的发展，2001年，柯卫东成功组织策划了“首届全国水生蔬菜学术 和产业化研讨会”。2003年，他自己动手主编《绿色水生蔬菜标准化生产技术》，送到农民手中。2004年，他主持编写农业部莲藕、茭白无公 害食品和栽培技术规程等3部行业标准。

据统计，2003年湖北省莲藕种植面积为102万亩，武汉市为30万亩，为全国之冠。产品不仅能满足本地市场，而且还远销广东、深圳、香港、北 京等全国各地以及日本、美国和东南亚国家。到2009年，鄂莲系列新品种已成为我国莲藕主栽品种，近5年累计推广2000万亩，新品种产区覆盖率80%以上。

2024年7月7日，参演的综艺节目《三餐四季》播出。

发表研究论文60多篇，编著出版水生蔬菜种质资源评价技术专著5部、《绿色食品水生蔬菜标准化生产技术》及其它专著多部，制定水生蔬菜生产及产品行业标准8部、省、市地方标准20多部，构建了我国水生蔬菜种质资源评价和安全生产技术标准体系。

湖北科学技术出版社2006年12月1日出版了他的作品《栽培水生蔬菜必读》。

2011年中国农业出版社出版了他与人合著的《茭白安全生产技术问答》。

柯卫东同志曾获得国家科技进步二等奖1项、农业部科技进步二等奖1项、三等奖2项、湖北省科技进步一等奖1项、二等奖2项、武汉市科技进步奖一等奖2项等成果奖，曾荣获“武汉市十佳优秀科技青年标兵”、“湖北省优秀科技工作者”等称号，入选武汉市“213人才工程”和湖北省“111人才工程”，两度获“武汉市政府专项津贴”，被评为“武汉市优秀市管专家”，2002年获“国务院政府津贴”，2008年荣获湖北省优秀科技工作者等，2009年成为中国工程院院士有效候选人，2009年度获第四届全国杰出专业技术人才奖，2010年获全国优秀科技工作者荣誉称号，2010年获武汉五一劳动奖章，2009年度入选“2009年度武汉市十大新闻人物”等。

2012年4月28日，武汉市举行庆祝“五一”国际劳动节暨第十五届劳动模范命名表彰大会。会上，武汉市蔬菜科学研究所副所长兼水生蔬菜研究室主任、“水生蔬菜产业技术体系研究与示范”项目首席科学家柯卫东研究员荣获武汉市第十五届劳动模范称号。

2023年7月，入选“最美科技工作者”名单。