清同治十三年(1874)任建宁知县。当时建宁几经战乱，地荒民贫。柯抡到任后，轻装简从。外出时，由二差役前面开路，各扛一牌，分别写着“愿闻己过”，“求通民情”。有时还到郊野访民间疾苦。有案件必抓紧审理，历年积压之案审断一清。曾误结一案，结案后不久得知真情，便立即重新审理，公开平反，承认错误。创立义塾，建义塾于奎星阁东。闲暇时还挖地种菜。不到半年，政绩显著。郡守建官府，行文要建宁捐银3800两，柯抡详细禀报兵荒之后民间疾苦，表示不能奉命。不久，一姓冯的学宪至建宁视察，按照惯例，需花费千金招待，柯将各项开支加以裁减。由于一再触犯上司，不久柯抡被撤职。走时行李萧然，城乡绅民为之送行。尝捐廉创立四门义学，总督李鹤年以柯抡为“闽省第一清官”入奏 。