20世纪50年代，闽南语歌曲的发展受到政治方面的限制与打压。一直对闽南语音乐十分喜爱的伍佰便想象着如果闽南语歌曲没有受限会如何发展，并怀揣着这种想法制作了音乐专辑《树枝孤鸟》。该专辑是伍佰自出道以来发行的首张闽南语音乐专辑。伍佰对只是把普通话歌曲的曲调填上闽南语歌词的做法表示不满，认为这样的音乐没有“香味”，他也由此获得了制作该专辑的动力。专辑制作期间，伍佰常常幻想着自己处在闽南语音乐兴盛的年代里，并尝试着用过去的语言咀嚼当下的时事。而专辑母带的后期处理工程则由美国母带处理工程师Stephen Marcussen完成。

专辑同名歌曲《树枝孤鸟》是伍佰在中国台湾外交屡次受挫之时创作的。在创作过程中，伍佰通过该曲中的歌词“爱人你是去佗位，无代念我情，无代念我意”来形容在国际间屡遭背叛、势单力孤的故乡台湾。伍佰从小就爱看黄俊雄表演的布袋戏，并深受其中对白的影响；在这种影响下，他创作了专辑歌曲《断肠诗》，并通过其中的歌词“下埔雷雨落满墘、日头犹原光晴晴、照着南国的都市、照着流浪的男儿”来描写在高雄市工作的业务员的辛酸。