生物大分子在一定pH条件下，通常带电荷，将其置于电场中，会以一定的速度向与其电荷性质相反的电极迁移，迁移速度称电泳速率。

电泳速率与电场强度、分子所带的净电荷数成正比，与分子与介质的摩擦系数成反比。　摩擦系数与分子的大小、构型及介质的粘度有关。

在生理条件下，DNA分子糖-磷酸骨架中的磷酸基团呈离子化状态，故DNA实际上呈多聚阴离子状态，在电场中向 正极方向迁移。

糖-磷酸骨架在结构上重复，故等量的双链DNA几乎带等量的净电荷。

如电场强度一定、电泳介质相同，电泳速率就取决于核酸分子的大小和构型。　构型相似的分子：分子量越大、迁移越慢。

分子量相同的分子(如质粒)：

cccDNA迁移最快、L-DNA次之、ocDNA最慢。