格列高利大学的前身为罗马学院（Roma College）。1551年2月18日，在当时还是加泰罗尼亚总督的圣·弗兰西斯·波吉亚（Saint Francis Borgia，第三任耶稣会总会长）的资助下，耶稣会创始人罗耀拉·圣依纳爵（Saint Ignatius of Loyola）在位于卡比托利欧山（Capitoline Hill，罗马七丘之一）的一所房子里建立了传授语法、人文科学以及基督教义的学校（“School of Grammar, Humanity, and Christian Doctrine”）。这所学校被称为罗马学院（Collegium Romanum），连同与之相邻的一个小型的图书馆。

1556年1月，教皇保罗四世授权学院授予神学和哲学学位，从而使学校提升为大学等级。在接下来的二十年里，由于越来越多的学生，不得不两次迁址。在此期间，在已有拉丁语、希腊语和希伯来语学科的基础上又增添了道德哲学和阿拉伯语两门学科。

学生超过千名后，罗马教皇格列高利十三世计划为它选一个更适合的地址。于是，罗马Via del Corso大街附近的两个街区被征用，并委托建筑师Bartolomeo Ammannati设计全新的更宏伟的大楼。新大楼于1584年落成，在后来被称为罗马学院广场， 在多利亚潘普利宫殿（Palazzo Doria Pamphilj）的对面。因为教皇格里高利十三世的赞助，因为他也成为了格列高利大学著名的奠基者 （“founder and father”），格列高利也因此成为这所大学的名字。由于获得了更大的空间，学校增设了教会史和教会礼仪两门学科。这时，学校在数学，物理，天文学也取得了巨大的声望。目前世界通用的公历就是，1582年教皇格列高利十三世在当时的大学教授日耳曼数学家、耶稣会士克拉维（Christopher Clavius）的协助下，改正公元前46年所颁行的儒略历的错误而颁行的格列高利历 。此间，杰出的数学家、物理学家、发明家、耶稣会士基歇尔（Athanasius Kircher）也在此任教。没多久，学校新宿舍也相继开放，住宿学生达两千多人。由于大学礼拜堂无法容纳这么多学生，在1626和1650年间，罗马圣依纳爵堂（Church of Sant'Ignazio）被重建，后来它成为该地区主要的巴洛克式的教堂之一。

在1773年，耶稣会被压制之后，大学被转交给了罗马教区的神职人员。1824年年5月17日，它又由教皇利奥十二（Pope Leo XII）还给了耶稣会。继1870年新意大利王国的革命军队管制罗马后，意大利新政府没收了该大学的财产，这迫使大学再度转手，这次是学院街（ Via del Seminario）上的鲍罗麦欧宫（Palazzo Borromeo ）。正是在这一点上，教皇庇护九世（Pope Pius IX）允许学校承担的“宗座大学”称号。随着罗马的管制后的困难局面，大学的学术研究也受到显着的影响。由于缺乏空间，大学不得不放弃所有院系，除了神学和哲学。因为混乱，导致学生人数急剧下降，在1875年只有不足250名学生。然而，大学自身亦开始逐步重塑。1876年，教会法律学院从罗马智慧大学（University of Rome La Sapienza）调到格里高利大学，大学逐渐能够重新担负许多学科的教学。

在第一次世界大战后，教皇本笃十五世以及后来的教皇庇护十一世（Pope Pius XI）致力于创建一个全新的大学，以更好的适应其发展的需求，因为格列高利大学仍在使用之前的的鲍罗麦欧宫。本笃十五收购了位于罗马奎利那雷山（Quirinal Hill，著名的罗马七丘之一）的一块地区作为新校址，与另一所耶稣会名下的宗座圣经学院（Pontifical Biblical Institute或称为Biblicum，于1509年成立）相毗邻。1924年12月27日，本笃十五的继任者，庇护十一世，为大学新大楼的建设奠定了基石。这栋具有新古典主义风格的大楼由建筑师朱利奥（Giulio Barluzzi）设计，并于1930年落成。自从新校区成立后，格列高利大学在院系和教授，以及在其地域学科的数量，继续扩大。

今天，格列高利大学，包括6个院系和4个研究所，分布于著名的“Piazza della Pilotta”广场区域的四周。

如今，大学有来自150多个国家和地区约3800学生。大多数学生是神父，修士以及专业从事宗教活动的人员。梵蒂冈第二次会议后，在格列高利大学获得博士学位的第一位女性桑德拉（Sandra Schneiders）和玛丽·米利根（Mary Milligan）称为了《新约神学》和《修灵学》的学术权威。大多数教授是来自耶稣会信徒，然而近年来，平信徒在教师和学生团体中的作用越来越突出。今天，世俗男子和女性约占学生团体的20%。

由于格列高利大学是一所宗座大学，所以其课程均由教廷鉴定，并受到教会法规的全面影响。

格列高利协会

宗座格列高利大学是格列高利协会的三个成员机构的其中之一，其他两个为宗座圣经学院（成立于1909年）和宗座东方学院（成立于1917年）。该协会由教皇庇护十一世于1928年所创。

院系、课程及其他

格列高利大学院系保留了神学、教会法、哲学、教会、宣教、社会科学的历史和文化遗产。此外，它具有神学院的本质，设有心理学、宗教学、宗教和文化学。及其包括一些其他研究机构，包括社会交流，犹太研究 （Jewish studies）以及Laïkos（希腊文化和历史）。

图书馆

格列高利协会的三个图书馆有近120万册图书，特别在神学、哲学、文化、文学等领域。这些图书馆始建于罗马学院。然而，在1872年，图书馆的45,000册手稿、档案被意大利新政府没收；他们被四处分散，其中一部分被存放于罗马维托里奥·埃马努埃莱二世国家图书馆（Vittorio Emanuele II National Library）。自1928年以来，图书馆坐落于大学的新校区。多数图书馆的馆藏（820000卷），是被安置在与Palazzo Centrale 毗邻的一个六层高塔上。另外的6万册，被安置在六个阅览室内，每个具有容纳多达400名学生座位。储备库的包含许多古老而珍贵的书籍，以及包括16世纪的许多珍稀版本。

根据“拉特兰条约”（Lateran Treaty），1929年意大利政府和罗马教廷之间的协议第16条，格列高利大学享有一定程度的治外法权。根据条约，意大利承认教皇的权威和教廷对梵蒂冈的主权，教皇拥有世俗统治权、外交权、与外国自由来往权，同时对拉特兰宫和十几座教会建筑有治外法权和免税权。