梅克纳河发源于靠近印度曼尼普尔邦北部曼尼普尔山，源流名叫伯拉格（Barak）河，河流先向西流，再转向西南流入米佐拉姆中央直辖区，然后转向北，流入阿萨姆邦的加贾尔县，再转向西流经锡尔杰尔市。在接纳支流托莱斯沃里河之后，河流分成二支，北支叫苏尔马河（Surma）河，南支叫拘尸亚拉河（Kusiyara）河，南、北两支河流均流入孟加拉国，然后转向西南流。其中，苏尔马河流经锡尔赫特茂密的茶林河谷，拘尸亚拉河再分成2条支流，后来又汇入苏尔马河。苏尔马河向西南流，在孟加拉国中东部的派罗布巴扎尔附近与布拉马普特拉老河道汇合后始称梅克纳河。梅克纳河继续向西南流，在坚德布尔（Chandpur）附近与博多河（恒河）和贾木纳河（布拉马普特拉河）汇合后的水流相汇，最后分成4条汊河-代杜利亚（Tetulia）河、沙赫巴兹布尔（Shahbazpur）河、哈蒂亚（Hatia）河及巴莫尼（Bamni）水道-注入孟加拉湾。干流全长264km，以伯拉格河为源计算，河流全长约902km，孟加拉国境内长407km，总流域面积约8万平方公里，其中孟加拉国3.5万平方公里，印度为4.4万平方公里。流域内多年平均降雨量约3500mm，多年平均径流量1418亿立方米，其中枯季径流量为239亿立方米，实测最大流量为14716立方米/秒，输沙量130万t。流域地理位置为东经90°07′～94°25′，北纬22°50′～25°40′。下游主要支流有托莱索里（Dhaleswari）河、古姆蒂（Gumti）河以及芬尼（Fenny）河等。