1993年，梅州站动工兴建。

1994年，梅州站正式开通货运，并于同年12月28日正式开通客运。

1997年，梅州站建成通车。

2019年12月19日，梅州火车站升级改造项目正式动工，总投资389万元。

2020年6月20日，梅州站开始实行电子客票，并于同年8月1日正式使用新版车票。

2022年9月30日，瑞梅铁路广东段正式开工建设，设梅州站。

2023年12月28日，龙龙高铁武平至梅州段正式开工建设，设梅州站。

梅州火车站自1995年开通运营，随着时间推移，火车站建筑外观陈旧、设施日渐退化，影响旅客出行体验。为解决这些问题，擦亮城市形象“展示窗口”，梅州市委市政府结合主题教育，对梅州火车站进行了升级改造。此次升级改造工程总投资约389万元，主要是对火车站一楼候车厅进行装修，总面积约2694平方米。改造内容包括吊顶天棚、墙面装饰、安装钢结构采光天棚，以及候车厅、售票厅、商店招牌、门窗和电气设备及管线的更换等，同时加装了2部电梯。