1960年—1965年，安阳地区医院先后被吸收加入华北心血管外科协作组；被评为全国卫生系统先进单位，梅庚年因此出席了全国群英会；河南省外科学术会议、全国食管癌防治工作会议、全国药剂工作现场会相继在安阳地区医院召开；梅庚年也于1961年被聘为中国医科院心血管研究委员会委员。

1972年，安阳地区食管癌的高发率引起了国家有关部门的高度重视。8月，安阳肿瘤医院筹建组成立。梅庚年被任命为组长。此时他已年届50岁，且患有高血压、心脏病，加上“文革”中遭受精神摧残，已是心力交瘁。但当他接到任命时，却欣然允诺。

这是他人生中更为艰难的第二次创业。由于长期动乱，国民经济当时已处于崩溃的边缘，加上计划经济的严重束缚和不正之风的恶性蔓延，使许多原本就难办的事变得更加难办：有了院址，没有设计图纸；有了图纸，没有计划指标；有了指标，没有钱；有了钱，却又搞不到建筑材料……面对一系列的困难，梅庚年不等不靠，亲自迈开双脚，踏进了一个接一个的“门槛”。他亲自设计和制定了“二十年不落后”的总体思想。

医院的建设资金是上级财政按计划下拨的，与实际需要相差很大。为此，梅庚年不失时机地向前来观察指导工作的卫生部、全国肿瘤防办等部门的领导和专家详细介绍情况，借此扩大融资渠道，使工程在资金紧张的情况下，一刻也没有停歇。

对于建立肿瘤医院所需的专业人才的引进和培养，梅庚年一贯舍得下本钱。但是，当时“知识越多越反动”的论调十分流行，而且他还戴着一顶“资产阶级反动学术权威”的黑帽子，但他顶住压力把技术人员派往重庆、太原、北京等军、地医院学习进修。

安阳肿瘤医院是河南省最早建的肿瘤专科医院，也是全国建院最早的地市级肿瘤医院。对梅庚年来说，这是一种机遇，但更是一种挑战。为了建好医院，保证医院日后能正常运行，他多方努力，与北京日坛医院(中国医科院肿瘤医院的前身)建立了良好的合作伙伴关系。他根据本地区肿瘤的发病特点和自己多年的工作经验，并借鉴了日坛医院先进的管理措施，很快完成了科室设置、业务立项和建章立制等项工作。

按照国家统一部署，河南省自1973年开始，陆续承担向埃塞俄比亚、赞比亚、厄立特里亚三个国家派遣医疗队任务。1974年3月29日，按照河南省卫生厅的安排，梅庚年率领一支由13人组成的中国医疗队，远涉重洋，到达埃塞俄比亚卡法省省会季马市医院从事援外医疗工作。

季马市自然环境恶劣，医疗条件和水平都很差，当地群众对中国医生的医术也是陌生的。时任中国医疗队队长兼党支部书记的梅庚年首先组织队员学习《纪念白求恩》一文，告诫大家“放下专家架子，以实际行动增进相互了解”，并决定用中国传统的针灸疗法打开局面。为消除患者的疑虑，他们反复在自己身上做示范，并且主动出诊。很快，他们便赢得了各方面的信任和赞誉。卡法省副省长阿巴比耶亲自把自己长期患坐骨神经痛的父亲送到季马。经中国医疗队针灸治愈后，老人专程赶到首都亚的斯亚贝巴，通过电台赞扬中国医疗队和针灸疗法。亚的斯亚贝巴电视台也为中国医疗队拍了电视片，向全国播放。6月22日，卡法省省长格布里率省、市官员和宗教界人士70多人，在吉昂饭店宴请中国医疗队全体成员以示感谢。埃国卫生大臣贾马尔在视察了季马医院后，称赞“中国医疗队做出了出色的工作”。另一位埃方高级官员看到前来就诊的人群络绎不绝，则风趣地说：“季马成了朝圣的地方”。

1974年国庆节来临，卫生局长莫加安排中国医疗队放假。但当梅庚年看到露宿草地等待就诊的病人时，便决定全队不休息。莫加局长得知这一消息，竟感动得落下泪来，说：“请原谅我今天的激动，这是我14年来第一次。我真正感到你们同别国专家不一样：你们是来工作的，不是来享受的。我代表卫生局和季马医院全体工作人员以及病人向你们表示衷心感谢!假如医院所有的人都像你们中国人那样工作就好了!”

当时，在埃国设立医疗机构的国家不止中国一个，所以每个队员肩上的责任都非同一般。为了确保万无一失，梅庚年要求凡重大病例都要集体研究并制定周密的治疗方案。对手术病例，他更是要求从一刀一剪到一针一线都要严格进行检查和操作。这也是他在国内20多年临床工作中养成的一贯作风。

短短的几个月，他们诊治了无数病人，其中为两名农村妇女切除了重达26公斤的巨大卵巢囊肿和重达3公斤的巨甲状腺囊肿。这样的手术在季马医院的历史上是没有过的。当这些被疾病长期折磨的病人痊愈出院时，一个个激动的心情无以言表。

一天，一位在苏联主办的巴尔查红十字医院经多方治疗无效的脊髓炎截瘫病人，被抬着来到医疗队。梅庚年得知这位“特殊病人”的情况后，当即指示：全力救治!他们为病人制定了一套中西医结合的治疗方案，几个疗程下来，患者完全瘫痪了的双下肢奇迹般地恢复了功能!出院时，这位患者兴奋地像时装表演一样走来走去，连连高呼：“柴那都噜诺(中国好)……”

紧张的工作，长期的劳累，使梅庚年的高血压、心脏病几次复发，身体也日渐消瘦。队员们劝他去首都住几天，他说：“我的岗位在季马!”他只是吃片药，坚持上手术，坚持夜查房。在埃期间，他很少去亚的斯亚贝巴，即使去也是因工作关系。而且到那里他最忙，白天去使馆汇报工作，晚上写材料，从不逛市场、看电影。

1974年11月，梅庚年在卡法省农村考察时，发现这里缺医少药现象严重，便主动申请走出医院下乡搞巡回医疗，使馆党委经研究批准了他的申请。

1975年6月24日，由他率领的4人巡回医疗队开始下乡巡回医疗。他们每到一地，都被贫苦的农民围得水泄不通。一天下来，要接诊300多人次，还要做4至7例手术。除了吃饭，一刻都不能休息。乡村的条件很艰苦，他们经常在树荫下支张桌子，站着为病人接诊。在季马东55公里的阿森达波，他们遇到一位因胎盘滞留、失血过多而处于昏迷状态的产妇。恰逢产科医生不在，梅庚年当即决定：“救人要紧!”在低矮的房子里，他坚持弯着腰做完了手术。产妇得救了，他却大汗淋漓，险些休克。

8月1日晚，梅庚年刚从150里以外的巡回点回到季马，便接到使馆指示：埃政府因加木戈法省发生旱灾而向各国发出求援呼吁，中国政府决定派一支由7人组成的医疗队赴埃，为抢时间，由驻季马医院医疗队临时抽派部分人员先行赶赴灾区，并让他于3至4号到使馆接受任务。梅庚年连夜召开紧急支委会决定救灾人选，会上他第一个报了名。他哪里还等得到3号!当即决定第二天一早就出发。这一夜，他通宵未眠，起草了给使馆党委的报告。使馆党委得知他要下去救灾，考虑到整个工作和他的身体状况，劝他留下。但他坚持要去。杨守正大使只好说：“下次一定不要再去了。”他笑了笑说：“考察以后再说吧。”

1975年8月9日，梅庚年率领救灾医疗队到达加木戈法省。他见到省长的第一句话是：“请告诉我，这里灾情最重的地方在哪里?我们要到那里去!”省长对中国医疗队的率先到达再三表示谢意、并详细地向他介绍了情况。之后，他们便立即赶往了灾区。

1974年3月，中国国务院应埃塞俄比亚王国的邀请，派遣一支医疗队赴埃，梅庚年被任命为队长兼党支部书记。在埃工作的一年多时间内，梅庚年率领医疗队做出了突出成绩，受到了埃塞俄比亚政府和人民的高度赞扬。在索戈逻巡回医疗时，有一天共看病人313名，还做了7项手术。

1975年8月，梅庚年带领医疗队到该国灾情严重的加木戈法省考察后，在返回亚的斯亚贝巴途经沙沙乌纳镇时，突然发生意外车祸，不幸以身殉职。埃塞俄比亚政府为梅庚年举行了隆重的追悼会。安葬仪式在季马举行。季马人民为了纪念他，在他的墓前分别用中文、英文、阿姆哈拉文树立了3块大理石墓碑。

长子：梅学谦

2018年4月5日，中国政府为守护梅庚年烈士陵墓的埃塞村民修建的“梅庚年路”开通仪式在季马市郊的巴吉村举行。驻埃塞俄比亚大使谈践、季马市长麦基尤、梅庚年路承建方中国交通建设公司代表和村民代表分别致辞，季马市政府官员、当地村民及中交公司员工等上百人出席活动。

2019年8月16日，梅庚年铜像揭幕仪式在河南省安阳市肿瘤医院举行。

中国政府在埃塞俄比亚设立了“梅庚年奖学金”，修建并命名了“梅庚年路”，以纪念梅庚年同志为中非友好合作事业作出的贡献。

2023年，以梅庚年烈士为原型、国内首部反映援外医疗工作题材的电影——《无界》已通过国家广播电视总局审核，将在国内上映。