梅特龙星人JR在从地底突然出现，将TAC所开发的妖星考拉的迎击导弹·玛利亚1号和导弹基地一同破坏，之后，缩小至等身大小杀害山中队员的未婚妻·高阶玛雅，借用其身体在TAC基地内部展开破坏活动，并从山中队员那里打听到即将制造玛利亚2号后，企图利用山中潜入玛利亚2号的秘密基地。在入口将要进入时被北斗阻止，南夕子许可只有玛雅交出手上和山中的订婚戒指便可其进入基地，因梅特龙星没有这样的习惯便毫不犹豫的答应，梅特龙星人JR的目的被揭露而巨大化，朝着地下导弹工厂前进，与此同时，亚波人派遣出蛾超兽多拉格利和梅特龙星人JR联手出击，北斗和南变身为艾斯奥特曼迎击宇宙人和超兽，激战时怪兽穆鲁奇二世也苏醒加入战斗，使艾斯陷入大苦战，但由于穆鲁奇二世误撞多拉格利导致被超兽四分五裂的杀死，危机时刻艾斯再次使用「艾斯屏障」将梅特龙星人JR和多拉格利一起封印。