棉花播种后，种子萌动但还未出土之前，就可因立枯病菌侵害造成烂种烂芽。棉苗出土后，在接近地面的幼茎基部出现黄褐色病斑，逐渐扩大，凹陷，腐烂，严重的可以扩展到茎的四周，凹陷加深，颜色黑褐，棉苗枯死。病株叶片一般不表现特殊症状，仅仅表现枯萎；但也有棉苗受害后，在子叶上有黄褐斑，最后病斑破裂，脱落，形成穿孔。受害棉苗及周围土壤中常有菌丝粘附。多雨年份，现蕾开花期的棉株也可受害，茎基部出现黑褐色病斑，表皮腐烂，露出木质纤维，严重的可折断死亡。感病部位，有时出现瘤状病变。

棉苗立枯菌主要营寄生生活，也可腐生。在土壤中形成的菌核存活可数月至几年。带菌土壤和土壤中的病残组织是本病的主要初侵染源，带菌种子也可传染。在16～25℃时，侵染发病严重。耐酸、碱性强，在pH2.4～9.2均可生长，因此分布很广。在低温多雨年份，常造成严重为害。初次侵染来源主要是带菌土壤，病菌在土壤中以菌丝、菌核腐生越冬，次年侵染棉苗，并可当年在田间再侵染。