1998和1999年该刊的总被引次数为891和1132，分别获得国家科技部颁发的第10名和第16名证书；被列为生物科学类、植物学类、农作物类和园艺学类的核心期刊。1998、1999两年发表的论文被SCI CDE引用36次，收录刊的国内外检索系统达19个之多。经新闻出版总署批准(新出审字[2010]476 号)， 《植物生理学通讯》于2011 年更名为《植物生理学报》， 英文刊名为Plant Physiology Journal。