嘉靖三十四年戚继光调浙江，楼楠也回到浙江。胡宗宪诱降海匪王直、毛海峰、徐碧溪时，楼楠在胡宗宪前表示愿孤身一人去见汪五峰，并带了胡宗宪的信。在诱降王直等人时楼楠有功。在戚继光剿台州之倭时，楼楠任把总。后因功升云南副总兵。上任不久，因寡母病重，请求回家服侍，几个月后母亲病逝。正值此时云南闹荒，赤地千里，民不聊生，纷纷要求官方开仓救济。朝廷下令楼楠马上回云南剿除闹事的灾民，楼楠到云南一看，所谓闹事的都是缺吃少穿的农民，老的少的已有不少饿死，他怎么下得了手?因此迟迟没有行动，并向朝廷上疏要求救灾。结果朝廷反怪楼楠行动不力，被朝廷所杀。